RacCS203は、タイの コウモリ から採取され 、リンファ・ワン氏のチームによって配列決定された、 重症急性呼吸器症候群（SARS）関連コロナウイルスのコウモリ 由来株です。SA RS-CoV-2 との 配列相同性は91.5%で、 RmYN02 株と最も類似しています 。RacCS203の スパイクタンパク質 はRmYN02のスパイクタンパク質と密接に関連しており、どちらもSARS-CoV-2のスパイクタンパク質とは大きく異なります。 [1] [2]
系統学
系統樹 SARS-CoV-2および関連コロナウイルスの全ゲノム配列に基づく系統樹は以下のとおりである: [3] [4]
SARS-CoV-2関連コロナウイルス ( コウモリ ) Rc-o319 、SARS-CoV-2 に対して 81%、 Rhinolophus cornutus 、 岩手 、日本 [5]
センザンコウ SARSr-CoV-GX、SARS-CoV-2 に対して 85.3%、 ジャバニカ 、東南アジアから密輸 [7]
センザンコウ SARSr-CoV-GD、SARS-CoV-2 に対して 90.1%、 ジャバニカ 、東南アジアから密輸 [8]
コウモリ RshSTT182、SARS-CoV-2 に対して 92.6%、 Rhinolophus シャメリ 、 ストゥン・トレン 、カンボジア [9]
Bat RshSTT200、SARS-CoV-2 に対して 92.6%、 Rhinolophus シャメリ 、ストゥン・トレン、カンボジア [9]
(コウモリ) RpYN06 、SARS-CoV-2、 Rhinolophus pusillus 、 西双版納 、雲南省に対して 94.4% [3]
SARS-CoV-1 、SARS-CoV-2 に対して 79%
ゲノム比較 SARS-CoV-2と他のSARSr-CoVとの比較（ヌクレオチド％による） [13] 歪み 全長ゲノム ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 北 ORF10 RaTG13 96.10% 96.50% 92.30% 86.30% 96.30% 99.60% 95.50% 98.40% 95.60% 99.20% 97.00% 96.90% 99.20% RmYN02 93.60% 97.10% 72.50% 61.90% 96.40% 98.70% 94.80% 96.80% 96.20% 91.00% 48.70% 97.30% 99.20% ラックCS203 91.50% 94.30% 71.30% 61.60% 91.90% 99.10% 94.60% 96.20% 92.40% 93.90% 91.60% 93.20% 99.20% 2019年1月GD 90.20% 90.20% 83.70% 86.90% 93.20% 99.10% 93.30% 95.70% 93.40% 91.70% 92.10% 96.20% 99.20% SL-ZC45 87.70% 89.00% 75.50% 62.50% 87.80% 98.70% 93.40% 94.60% 88.80% 94.70% 88.50% 91.10% 99.20% SL-ZXC21 87.50% 88.70% 74.90% 61.60% 88.90% 98.70% 93.40% 94.60% 89.10% 95.50% 88.50% 91.20% 99.20% GX-P4L 85.40% 84.80% 83.60% 80.00% 86.80% 97.40% 91.30% 90.90% 86.60% 83.50% 81.30% 91.00% 88.90% GX-P5L 85.20% 84.60% 83.30% 79.90% 87.00% 97.40% 91.30% 90.90% 86.40% 83.50% 80.70% 91.00% 94.00% SARSコロナウイルス 79.30% 79.70% 72.30% 71.90% 75.30% 93.50% 85.50% 75.50% 82.10% 83.80% 45.80% 88.20% 93.20% Rc-o319 79.20% 79.80% 72.20% 70.10% 83.30% 97.40% 86.60% 86.60% 78.40% 77.30% 52.30% 88.30% 94.90%
SARS-CoV-2と他のSARSr-CoVとの比較（アミノ酸％） [13] 歪み 全長ゲノム ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 北 ORF10 RaTG13 98.50% 97.30% 90.10% 97.80% 100.00% 99.60% 100.00% 97.50% 97.70% 95.00% 99.10% 97.40% RmYN02 98.80% 72.40% 63.20% 96.70% 100.00% 98.70% 96.70% 95.90% 83.70% 28.20% 98.60% 97.40% ラックCS203 97.30% 72.30% 63.70% 97.50% 100.00% 99.10% 98.40% 95.90% 93.00% 94.20% 95.70% - 2019年1月GD 96.70% 90.00% 96.90% 97.10% 100.00% 98.70% 96.70% 97.50% 95.40% 95.00% 97.90% 97.40% SL-ZC45 95.60% 80.20% 65.90% 90.90% 100.00% 98.70% 93.40% 87.60% 93.00% 94.20% 94.30% 97.40% SL-ZXC21 95.20% 79.70% 65.90% 92.00% 100.00% 98.70% 93.40% 88.40% 93.00% 94.20% 94.30% - GX-P4L 92.50% 92.30% 86.60% 89.50% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% - 87.60% 93.60% 73.70% GX-P5L 92.50% 92.40% 86.60% 89.80% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% 72.10% 87.60% 93.80% 84.20% SARSコロナウイルス 86.10% 75.80% 73.10% 72.40% 94.70% 90.50% 67.20% 85.30% 81.40% - 90.50% 81.60% Rc-o319 87.60% 76.20% 73.50% 87.00% 98.70% 91.00% 83.60% 73.80% 69.80% 26.80% 89.50% 86.80%
参照
参考文献 ^ Wacharapluesadee、S;タン、CW;マニーオーン、P;ドゥエンケ、P;朱、F;ジョイジンダ、Y;ケウポム、T;ウィスコンシン州チア。アンプート、W;リム、BL;ウォラチョツエプトラクン、K;チェン、VC。シリチャン、N;ルチスリサロッド、C;ロッパン、A;ノラデカノン、K;ファイチャナ、T;ジャンタラット、N;トンヌムチャイマ、B;トゥ、C;クラメリ、G;ストークス、MM;ヘマチュダ、T;ワン、LF（2021年2月9日）。 「東南アジアのコウモリやセンザンコウで循環しているSARS-CoV-2関連コロナウイルスの証拠」。 ネイチャーコミュニケーションズ 。 12 (1): 972. Bibcode :2021NatCo..12..972W。 doi : 10.1038/s41467-021-21240-1 . PMC 7873279 . PMID 33563978 . ^ 「コロナウイルス：コウモリの科学者が新たな証拠を発見」 BBCニュース 、2021年2月10日。 ^ ab Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q, et al. (2021年8月). 「新規コウモリコロナウイルスの同定は、SARS-CoV-2および関連ウイルスの進化的起源を明らかにする」. Cell . 184 (17): 4380–4391.e14. doi :10.1016/j.cell.2021.06.008. PMC 8188299. PMID 34147139 . ^ ab Wacharpluesadee S、Tan CW、Maneeorn P、Duengkae P、Zhu F、Joyjinda Y、他。 （2021年2月）。 「東南アジアのコウモリやセンザンコウで循環しているSARS-CoV-2関連コロナウイルスの証拠」。 ネイチャーコミュニケーションズ 。 12 (1): 972. Bibcode :2021NatCo..12..972W。 土井 : 10.1038/s41467-021-21240-1 。 PMC 7873279 。 PMID 33563978。 ^ 村上 聡、北村 剛、鈴木 潤、佐藤 亮、青井 剛、藤井 正之、他 (2020年12月). 「SARS-CoV-2と系統学的に関連するコウモリサルベコウイルスの検出と特性評価、日本」. 新興感染症 . 26 (12): 3025– 3029. doi :10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796 . ^ ab Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, et al. (2020年6月). 「SARS-CoV-2に密接に関連する新規コウモリコロナウイルスは、スパイクタンパク質のS1/S2切断部位に天然挿入物を含む」. Current Biology . 30 (11): 2196–2203.e3. doi :10.1016/j.cub.2020.05.023. PMC 7211627. PMID 32416074 . ^ ラム・TT、ジア・N、チャン・YW、シャム・MH、ジャン・JF、朱・HC、他。 （2020年7月）。 「マラヤセンザンコウにおけるSARS-CoV-2関連コロナウイルスの同定」。 自然 。 583 (7815): 282–285 。 ビブコード :2020Natur.583..282L。 土井 ：10.1038/s41586-020-2169-0。 PMID 32218527。S2CID 214683303 。 ^ Xiao K、Zhai J、Feng Y、Zhou N、Zhang X、Zou JJ、他。 （2020年7月）。 「マラヤセンザンコウからのSARS-CoV-2関連コロナウイルスの分離」。 自然 。 583 (7815): 286–289 。 Bibcode :2020Natur.583..286X。 土井 ：10.1038/s41586-020-2313-x。 PMID 32380510。S2CID 256822274 。 ^ ab Delaune D、Hul V、Karlsson EA、Hassanin A、Ou TP、Baidaliuk A、他。 （2021年11月）。 「カンボジアのコウモリから感染した新型SARS-CoV-2関連コロナウイルス」。 ネイチャーコミュニケーションズ 。 12 (1): 6563. Bibcode :2021NatCo..12.6563D。 土井 ：10.1038/s41467-021-26809-4。 PMC 8578604 。 PMID 34753934。 ^ Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, et al. (2020年6月). 「SARS-CoV-2に密接に関連する新規コウモリコロナウイルスは、スパイクタンパク質のS1/S2切断部位に天然挿入物を含む」. Current Biology . 30 (11): 2196–2203.e3. doi :10.1016/j.cub.2020.05.023. PMC 7211627. PMID 32416074 . ^ Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, 他 (2020年3月). 「コウモリ起源と考えられる新型コロナウイルスによる肺炎の発生」. Nature . 579 (7798): 270– 273. Bibcode :2020Natur.579..270Z. doi :10.1038/s41586-020-2012-7. PMC 7095418. PMID 32015507 . ^ Temmam S、Vongphayloth K、Baquero E、Munier S、Bonomi M、Regnault B、他。 (2022 年 4 月)。 「コウモリコロナウイルスはSARS-CoV-2に関連しており、ヒトの細胞に感染する」。 自然 。 604 (7905): 330–336 。 ビブコード :2022Natur.604..330T。 土井 ：10.1038/s41586-022-04532-4。 PMID 35172323。S2CID 246902858 。 ^ ab Wacharpluesadee、Supaporn;タン、チーワー。マニーオーン、パタラポール;ドゥエンケー、プラティープ。朱、鳳。ジョイジンダ、ユッタナ。ケオポム、トンチャイ。チア、ワンニー。アンプート、ウィーナサリン。リム、ベン・リー。 Worachotsueptrakun、Kanthita (2021-02-09)。 「東南アジアのコウモリやセンザンコウで循環しているSARS-CoV-2関連コロナウイルスの証拠」。 ネイチャーコミュニケーションズ 。 12 (1): 972. Bibcode :2021NatCo..12..972W。 土井 ：10.1038/s41467-021-21240-1。 ISSN 2041-1723。 PMC 7873279 。 PMID 33563978。
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