XYZファイル形式

XYZ形式（化学）
XYZ形式（化学）
ファイル名拡張子	.xyz
インターネットメディアの種類	化学物質/x-xyz
フォーマットの種類	化学ファイル形式

XYZファイル形式は化学ファイル形式です。正式な標準はなく、いくつかのバリエーションがありますが、典型的なXYZ形式では、1行目に読み込まれる原子の数と直交座標、2行目にコメント、3行目に原子座標の行を記述することで分子構造を指定します。 ^{[1]このファイル形式は}、計算化学プログラムで構造のインポートとエクスポートに使用されます。単位は通常オングストロームです。バリエーションとしては、原子記号の代わりに原子番号を使用するものや、コメント行を省略するものなどがあります。XYZ形式を使用するファイルは、通常、.xyz拡張子を持ちます。

形式

.xyz ファイル形式のフォーマットは次のとおりです。

<原子の数>コメント行<要素> <X> <Y> <Z>...

XYZファイル形式の接続情報は明示的ではなく暗黙的に示されます。XYZ（XMolの一部）のメインページによると、

XYZ形式には結合情報が含まれていないことに注意してください。この意図的な省略により、柔軟性が向上します。XYZファイルを作成するために、分子の結合がどこにあるかを知る必要はなく、原子がどこにあるかを知るだけで済みます。結合情報は、XYZファイルがXMol関連アプリケーションに読み込まれる際に自動的に生成されます。簡単に言うと、2つの原子間の距離がそれらの共有結合半径の合計よりも小さい場合、それらは結合しているとみなされます。^[2]

例

ピリジン分子は、 XYZ 形式で次のように記述できます。

11C -0.180226841 0.360945118 -1.120304970C -0.180226841 1.559292118 -0.407860970C -0.180226841 1.503191118 0.986935030N -0.180226841 0.360945118 1.29018350C -0.180226841 -0.781300882 0.986935030C -0.180226841 -0.837401882 -0.407860970H -0.180226841 0.360945118 -2.206546970H -0.180226841 2.517950118 -0.917077970H -0.180226841 2.421289118 1.572099030H -0.180226841 -1.699398882 1.572099030H -0.180226841 -1.796059882 -0.917077970

アニメーション

JmolやVMDなどのほとんどの分子ビューアは、.xyzファイルを使用してアニメーションを表示できます。以下は、アニメーションとしてレンダリング可能なm個の連続スナップショットのxyz形式の例です。

<原子の数>コメント行原子記号₁₁ x座標₁₁ y座標₁₁ z座標₁₁原子記号₁₂ x座標₁₂ y座標₁₂ z座標₁₂...原子記号_1n x座標_1n y座標_1n z座標_1n<原子の数>コメント行原子記号₂₁ x座標₂₁ y座標₂₁ z座標₂₁原子記号₂₂ x座標₂₂ y座標₂₂ z座標₂₂...atom_symbol _2n x 座標_2n y 座標_2n z 座標_2n。。。<原子の数>コメント行原子シンボル_m1 x座標_m1 y座標_m1 z座標_m1原子シンボル_m2 x座標_m2 y座標_m2 z座標_m2
...
原子シンボル_mn x座標_mn y座標_mn z座標_mn

xyz 標準では、原子の数や化学的性質が後続のスナップショットで同じである必要がないことに注意してください。これにより、アニメーション中に原子が視野から消えたり視野に入ったりすることが許容されます。

さらに読む

拡張XYZ形式

拡張XYZファイル形式

参考文献

^ 「XYZファイル仕様」OpenBabel . 2011年9月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2011年8月24日閲覧。
^ 「XYZ manページ（XMolの一部）」。 2015年9月22日閲覧。

[1] 「XYZファイル仕様」OpenBabel . 2011年9月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2011年8月24日閲覧。

[2] 「XYZ manページ（XMolの一部）」。 2015年9月22日閲覧。