28SリボソームRNA

真核生物の大サブユニットリボソームRNA
識別子
シンボルLSU_rRNA_真核生物
RfamRF02543
その他のデータ
RNA型遺伝子; rRNA
ドメイン真核生物
それでSO:0000653 SO:0001002
PDB構造PDBe

28SリボソームRNAは、真核生物の細胞質リボソームの大サブユニット（LSU）を構成する構造リボソームRNA（rRNA）であり、すべての真核細胞の基本構成要素の一つである。植物では25S、哺乳類では28Sのサイズを持つため、25S-28S rRNAとも呼ばれる。[ 1 ]

5'側に5.8S rRNAが結合したもので、原核生物の23Sおよびミトコンドリアの16SリボソームRNAの真核生物核相同体である。[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]

系統発生における使用

Waldo属に属する 3 種の軟体動物のミトコンドリア16Sおよび核 28S リボソーム DNA の系統発生。

28S rRNAをコードする遺伝子は28S rDNAと呼ばれます。これらの遺伝子の配列比較は、分子解析において系統樹を構築するために用いられることがあります。例えば、原生生物[ 5 ] 、真菌[ 6 ] 、昆虫[ 7 ] 、クモ類[ 8 ] 、クマムシ[ 9 ]、脊椎動物[ 10 ] 、[ 11 ]などです。

構造

28S rRNAは通常4000～5000ヌクレオチド長である。[ 12 ]

一部の真核生物は28S rRNAを2つに切断してからリボソームに組み立てる。この現象は「隠れた切断」と呼ばれる。[ 12 ]

データベース

いくつかのデータベースでは、比較のために LSU rRNA 配列のアラインメントと注釈を提供しています。

  • RDP、[ 13 ]リボソームデータベースプロジェクト、[ 14 ] [ 15 ]
  • SILVA、リボソームRNA遺伝子データベースプロジェクト。[ 16 ]

参考文献

  1. ^ロディッシュ, ハーヴェイ F.; ダーネル, ジェームズ E. (1995-01-01).分子細胞生物学. サイエンティフィック・アメリカン・ブックス. ISBN 978-0-7167-2380-6. OCLC  30783343 .
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