SARS-CoV-2 カッパ変異株

Type of the virus detected in 2020

カッパ変異体^[1]は、COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2の変異体です。パンゴ系統B.1.617の3つの亜系統の1つです。SA​​RS-CoV-2カッパ変異体は系統B.1.617.1としても知られ、2020年12月にインドで初めて検出されました。^[2] 2021年3月末までに、カッパ亜変異体はインドから提出された配列の半分以上を占めました。^{[3] 2021年4月1日、イングランド公衆衛生局によって調査中の変異体（} VUI-21APR-01 ）に指定されました。^[4]

変異

• 
  SARS-CoV-2カッパ変異体のアミノ酸変異を、スパイク部に焦点を当ててSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットした図。^[5]

SARS-CoV-2カッパ変異体の変異の定義

遺伝子	ヌクレオチド[6]	アミノ酸[6] [7]
ORF1ab	C3457T	-
	C4957T	T1567I
	A11201G	T3646A
	G17523T	M5753I
	A20396G	K6711R
		P314L
		G1129C
		M1352I
		K2310R
		S2312A
スパイク	T21895C	-
	T21895C	E154K
	T22917G	L452R
	G23012C	E484Q
		D614G
	C23604G	P681R
		Q1071H
N	G28881T	R203M
		D377Y
M		I82S
ORF3a	C25469T	S26L
ORF1a		T1567I
		T3646A
ORF7a	T27638C	V82A
出典: covariants.org [7]およびPHE Technical Briefing 9 [6]

カッパ変異体ではアミノ酸配列に3つの注目すべき変化があり、そのすべてがウイルスのスパイクタンパク質コードにあります。^[5]

注目すべき3つの置換は、L452R、E484Q、P681Rである^[8]

• L452R。452番目のアミノ酸のロイシンからアルギニンへの置換。この置換により、スパイクタンパク質のACE2受容体に対する親和性が高まり、免疫系の認識能力が低下する。^{[9] [10]}
• E484Q。484番目のアミノ酸残基におけるグルタミン酸からグルタミンへの置換。この変異により、変異体はアンジオテンシン変換酵素2への結合能が強化され、宿主の免疫系を回避する能力も向上する。^{[11] [12]}
• P681R . 681番目の位置の置換、プロリンからアルギニンへの置換。^{[13] [11]}

欧州疾病予防管理センター（ECDC）は、4つ目の興味深いスパイク変異も挙げている。^[14]

• D614G。これは614番目の位置における置換であり、アスパラギン酸からグリシンへの置換である。^[15] D614G変異を持つ他の変異体にはベータ変異体とデルタ変異体があり、この変異は感染性の増加と関連している。^{[16] [17]}

スパイク領域の両端に近い位置で見られる他の2つの変異はT95IとQ1071Hである。^[5]

歴史

国際的な検出

カッパ変異株は2020年12月にインドで初めて確認されました。^[2]

2021年5月11日までに、WHOの週間疫学的更新では、亜変異株の検出が34カ国で報告されていたが、^[18] 2021年5月25日までにその数は41カ国に増加した。^{[19] [20]} 2021年5月19日現在^[update]、英国では合計418人のSARS-CoV-2カッパ変異株の確認症例が確認されている。^[21] 2021年6月6日、オーストラリアのメルボルン市で確認された60件の症例クラスターがカッパ変異株に関連していた。^{[22] 2021年7月の}GISAIDによると、インドは他のどの国よりも多くのカッパ変異株の遺伝子サンプルを提出していた。^[23]

市中感染

2021年4月22日付のイングランド公衆衛生局の技術報告書によると、イングランドで亜変異株の症例が119件確認され、ロンドン地域とイングランド北西部および東部に集中している。119件のうち94件は旅行との関連が確立されており、22件はまだ調査中だが、残りの3件は旅行との関連が不明であることが判明している。^[6]

6月2日、ガーディアン紙は、オーストラリアのビクトリア州で発生したアウトブレイクの症例のうち少なくとも10件中1件は、見知らぬ人との接触が原因であり、市中感染はカッパ変異株のクラスターに関連していると報じた。しかし、感染症専門家のグレッグ・ドーレ教授は、カッパ変異株はオーストラリアの他の変異株と比較して「これまで見てきたものと同じ」動きをしていると述べた。^[24]

ワクチンの有効性

2021年6月にオックスフォード大学が実施した研究によると、オックスフォード・アストラゼネカのワクチンとファイザー・ビオンテックのワクチンはカッパ型とデルタ型の変異株に対して有効であり、現在のワクチンは中和効果がわずかに低下しているものの、これらの変異株に対する防御力を提供していることを示唆しています。^[25]

コバキシンは他の変異株と同様にカッパ変異株（B.1.617.1）に対しても有効であることが判明した。^[26]

モダナ社のCOVID-19ワクチンもカッパ変異株に対して効果があることがわかったが、中和効果は3.3～3.4倍減少した。^[27]

統計

国別症例数（2021年9月13日更新）GISAID ^[28]

国	確認された症例	採取日
経済的影響	4,437	2021年5月26日
イギリス	545	2021年5月31日
アメリカ合衆国	308	2021年6月24日
カナダ	372	2021年5月12日
アイルランド	206	2021年6月8日
オーストラリア	128	2021年6月15日
ドイツ	102	2021年6月22日
シンガポール	59	2021年5月13日
フェロー諸島	28	2021年5月31日
オランダ	27	2021年6月12日
タイムライン	27	2021年5月7日
ボツワナ	6	2021年4月20日
フランス	16	2021年5月20日
ベルギー	17	2021年5月13日
中国	13	2021年4月18日
カタール	7	2021年5月17日
マカオ	12	2021年4月27日
マイクロステート	10	2021年5月4日
ルーマニア	9	2021年5月4日
イタリア	19	2021年5月24日
バーレーン	8	2021年4月10日
メキシコ	7	2021年6月2日
死亡者リスト	15	2021年6月18日
フィンランド	11	2021年5月23日
ルクセンブルク	10	2021年4月26日
アストゥリアス	5	2021年5月19日
オペレーション・グロリア	5	2021年4月17日
タイムライン	5	2021年4月20日
マダガスカル	7	2021年4月29日
チェコ共和国	4	2021年5月4日
ヨルダン	4	2021年4月25日
ミャンマー	4	2021年6月2日
ニュージーランド	4	2021年4月8日
マレーシア	4	2021年6月1日
インドネシア	2	2021年4月29日
グアドループ	2	2021年3月10日
パキスタン	2	2021年5月9日
シント・マールテン	2	2021年4月3日
オーストリア	2	2021年8月1日
キュラソー	1	2021年4月23日
ギリシャ	1	2021年4月6日
スロベニア	1	2021年4月19日
スペイン	2	2021年4月6日
タイ	1	2021年4月26日
南部	1	2021年3月26日
ジンバブエ	1	2021年5月2日
スロバキア	1	2021年5月5日
スーダン	1	2021年4月22日
ケイマン諸島	3	2021年4月16日
ポルトガル	1	2021年5月6日
トルコ	1	2021年3月12日
ブラジル	2	2021年2月10日
イスラエル	2	2021年1月2日
サウジアラビア	1	2021年4月14日
1月～6月	1	2021年4月11日
サントメ・プリンシペ	1	2021年4月14日
オマーン	2	2021年5月16日
セントヘレナ・アセンション島およびトリスタンダクーニャ	1	2021年4月21日
フィリピン	1	2021年11月8日
世界（58カ国）	合計：6,476	2021年9月13日時点の合計

こちらもご覧ください

• COVID-19ポータル
• 医薬品ポータル
• ウイルスポータル

• SARS-CoV-2 の変異体:アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、イプシロン、ゼータ、イータ、シータ、イオタ、ラムダ、ミュー、オミクロン

参考文献

1. 「SARS-CoV-2変異株の追跡」www.who.int . 2021年5月31日. 2021年6月5日閲覧
2. 「COVID-19に関する週間疫学的アップデート - 2021年4月27日」(PDF) .世界保健機関. 2021年4月27日. 2021年6月6日閲覧。
3. Le Page, Michael (2021年6月4日). 「インドにおけるCOVID-19変異株（B.1.617）」. New Scientist . 2021年6月8日閲覧。
4. 世界保健機関（WHO）は2022年3月に、この変異株を以前から懸念されるものとして分類した。SARS -CoV-2の懸念される変異株とイングランドで調査中の変異株 - 技術概要10 （PDF）（報告書）。ロンドン：イングランド公衆衛生局。2021年5月7日。 2021年6月5日閲覧。インドで初めて検出された変異株は、2021年4月1日にVUI-21APR-01（B.1.617.1）として調査対象に指定された。  この記事には、British Open Government Licence  v3.0 に基づいて公開されたテキストが組み込まれています。
5. 「スパイク変異体：カッパ変異体、別名B.1.617.1」。covdb.stanford.edu 。スタンフォード大学コロナウイルス抗ウイルス・耐性データベース。2021年7月1日。 2021年7月3日閲覧。
6. SARS-CoV-2 イングランドにおける懸念される変異株と調査中の変異株 - 技術ブリーフィング9 (PDF) (レポート). ロンドン:イングランド公衆衛生局. 2021年4月22日. 2021年6月9日閲覧。  この記事には、British Open Government Licence  v3.0 に基づいて公開されたテキストが組み込まれています。
7. "Dedicated 21A/S:154K Nextstrain build". covariants.org . 2021年6月8日. 2021年6月11日閲覧。
8. Nuki, Paul; Newey, Sarah (2021年4月16日). 「インドにおける『二重変異』の出現は変異株の苦境に拍車をかけるが、脅威の実態は依然として不明瞭」 . The Telegraph . ISSN  0307-1235. 2022年1月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年6月7日閲覧。
9. Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (2021年4月). 「モノクローナル抗体LY-CoV555およびLY-CoV016との混合抗体を回避するSARS-CoV-2 RBD変異の完全マップ」. Cell Reports Medicine . 2 (4) 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . PMC 8020059. PMID  33842902 . 
10. Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (2021年4月6日). 「南カリフォルニアにおけるSARS-CoV-2の新規変異株の出現」. JAMA . 325 (13): 1324– 1326. doi : 10.1001/jama.2021.1612 . PMC 7879386. PMID  33571356 . 
11. ウィリアム・ハゼルティン「インド由来のSARS-CoV-2変異株がカリフォルニアに上陸。さらなる危険は迫っているか？」フォーブス。 2021年6月7日閲覧。
12. Harvey, WT; Carabelli, AM; Jackson, B; Gupta, RK; Thomson, EC; Harrison, EM; et al. (2021). 「SARS-CoV-2 変異体、スパイク変異、そして免疫逃避」Nat Rev Microbiol . 19 (7): 409– 424. doi :10.1038/s41579-021-00573-0. PMC 8167834. PMID 34075212. 例えば、最近検出されたB.1.617.1系統のウイルスは、抗体認識に影響を与えるとされるL452RおよびE484Qの置換の存在により、抗原性が変化することが予想されていました。 
13. 「SARS-CoV-2変異株の分類と定義」cdc.org .米国疾病予防管理センター. 2020年2月11日. 2021年6月7日閲覧。
14. 「2021年6月3日現在における懸念されるSARS-CoV-2変異株」欧州疾病予防管理センター（ECDC）2021年6月3日。 2021年6月8日閲覧。
15. サンチャリ・シンハ・ダッタ博士（2021年3月15日）「SARS-CoV-2スパイクタンパク質のD614G変異」News Medical . 2021年6月8日閲覧。
16. Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner; et al. (2020年8月20日). 「SARS-CoV-2スパイクの変化の追跡：D614GがCOVID-19ウイルスの感染力を高めるという証拠」. Cell . 182 (4): 812– 827. doi :10.1016/j.cell.2020.06.043. PMC 7332439. PMID  32697968 . 
17. 「SARS-CoV-2 変異株の分類と定義」cdc.gov 2021年6月4日閲覧。 2021年6月8日これらの変異株は、D614Gと呼ばれる特定の変異を共有しています。…この変異を持つ変異株は、この変異を持たないウイルスよりも速く拡散するという証拠があります。
18. 「COVID-19に関する週間疫学的アップデート - 2021年5月11日」(PDF) .世界保健機関. 2021年5月11日. p. 4 . 2021年6月8日閲覧。
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22. テイラー、ジョシュ（2021年6月6日）「オーストラリアで最初のCOVID-19デルタ変異株の症例はどこから来たのか、そして感染力はどの程度か？」ガーディアン紙、メルボルン。 2021年6月8日閲覧。
23. Baro, Dimple (2021年7月11日). 「COVID-19カッパ変異株について知っておくべきことすべて」EastMojo .
24. Davey, Melissa (2021年6月2日). 「専門家、カッパ変異株は過去の新型コロナウイルス感染症の発生よりも感染力が高いというビクトリア州の主張に異議を唱える」ガーディアン紙. ビクトリア州. 2021年6月9日閲覧。
25. 「コロナウイルス：アストラゼネカとファイザーのワクチンはデルタ株とカッパ株に有効、研究で判明」2021年6月23日。
26. 「コバキシンがSARS-CoV-2の二重変異株を中和：ICMR研究」2021年4月21日。
27. 「小規模な研究で、モデルナ社のCOVID-19ワクチンがデルタ、カッパ、エータ変異株に有効である可能性が示唆された」2021年7月。
28. 「GISAID - hCov19 変異株」www.gisaid.org . 2021年9月13日閲覧。

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