RBP3

RBP3
識別子
エイリアスRBP3、D10S64、D10S65、D10S66、IRBP、RBPI、RP66、レチノール結合タンパク質3
外部IDオミム：180290; MGI : 97878;ホモロジーン: 9261;ジーンカード：RBP3; OMA :RBP3 - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

5949

19661

アンサンブル

ENSG00000265203

ENSMUSG00000041534

ユニプロット

P10745

P49194

RefSeq (mRNA)

NM_002900

NM_015745

RefSeq（タンパク質）

NP_002891

NP_056560

場所（UCSC）10章: 47.35 – 47.36 Mb14章: 33.68 – 33.69 MB
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
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レチノール結合タンパク質3間質（RBP3 ）は、光受容体間レチノイド結合タンパク質（IRBP）としても知られ、ヒトではRBP3遺伝子によってコードされるタンパク質です。[5] RBP3相同遺伝子[6]は、テンレックとアルマジロを除くほとんどの真獣類で同定されています。脊索動物の眼の進化を説明するために、細菌からの水平遺伝子伝播が提唱されています。[7]

関数

光受容体 間レチノイド結合タンパク質は、レチノイドと結合することが知られている大きな糖タンパク質であり、主に網膜の網膜色素上皮（RPE）と光受容体細胞の間の光受容体間マトリックスに存在します。RPEと光受容体の間でレチノイドを輸送すると考えられており、これは視覚プロセスにおいて重要な役割を果たしています。[8] [9]

遺伝子

ヒトIRBP遺伝子は約9.5 kbpの長さで、 3つのイントロンで区切られた4つのエクソンで構成されています。イントロンの長さは1.6～1.9 kbpです。この遺伝子は、光受容体細胞および網膜芽細胞腫細胞によって約4.3 kbpのmRNAに転写され、翻訳・プロセシングを受けて135,000 Daの糖鎖タンパク質となります。

構造

ヒトIRBPのアミノ酸配列は、33～38%の相同性を持つ4つの連続した相同ドメインに分けられ、一連の遺伝子重複が示唆されています。この遺伝子では、これらのドメインの境界は、予想されていたようにエクソン-イントロン接合部によって定義されていません。最初の3つの相同ドメインと4番目の相同ドメインの一部はすべて、3,180塩基対の長さを持つ最初の大きなエクソンによってコードされています。4番目のドメインの残りの部分は、それぞれ191、143、約740塩基対の長さを持つ最後の3つのエクソンによってコードされています。[5]

応用

rbp3遺伝子は、動物において核DNA系統マーカーとして一般的に使用されています。[6]エクソン1は、翼手目の単系統性の証拠を提供するための先駆的な研究で初めて使用されました。[10]その後、有胎盤哺乳類目[11] [12]や齧歯目[13]、大型ネズミ目[14] 、霊長類[15 ]の主要系統群の 系統を推測するために使用されました。RBP3は、ネズミ目齧歯類[16]やマダガスカル霊長類[17] 、ゲオミス属およびアカネズミ属齧歯類の系統地理学レベル[ 18 ] [19]、さらには食肉目種の同定目的にも有用です。[20]

RBP3イントロン1は、広鼻霊長類の系統発生の研究にも使用されていることに注意する必要がある。[21]

参考文献

  1. ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000265203 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000041534 – Ensembl、2017年5月
  3. ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  5. ^ ab 「Entrez Gene: RBP3 レチノール結合タンパク質 3、間質」。
  6. ^ ab 「OrthoMaM系統マーカー：RBP3遺伝子、エクソン1」。[永久リンク切れ]
  7. ^ Kalluraya CA, Weitzel AJ, Tsu BV, Daugherty MD (2023-04-18). 「脊椎動物の眼の進化における重要なイノベーションの細菌起源」. Proceedings of the National Academy of Sciences . 120 (16) e2214815120. Bibcode :2023PNAS..12014815K. doi : 10.1073/pnas.2214815120 . ISSN  0027-8424. PMC 10120077. PMID 37036996  . 
  8. ^ Pennisi E (2023年4月10日). 「細菌から盗まれた古代遺伝子が人間の視覚の基盤を築く」 . Science . doi :10.1126/science.adi2029 . 2023年4月11日閲覧。
  9. ^ 日下部 TG, 滝本 暢, 神 正, 津田 正之 (2009年10月). 「脊椎動物における視覚レチノイドサイクルの進化と起源」. Philosophical Transactions B. 364 ( 1531): 2897– 2910. doi :10.1098/rstb.2009.0043. PMC 2781855. PMID  19720652 . 
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  13. ^ Huchon D, Madsen O, Sibbald MJ, Ament K, Stanhope MJ, Catzeflis F, de Jong WW, Douzery EJ (2002年7月). 「齧歯類の系統発生とグリレスの進化のタイムスケール：3つの核遺伝子を用いた広範な分類群サンプリングによる証拠」. Molecular Biology and Evolution . 19 (7): 1053–65 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004164 . PMID  12082125.
  14. ^ Douady CJ, Catzeflis F, Raman J, Springer MS, Stanhope MJ (2003年7月). 「哺乳類目Macroscelidea（ゾウトガリネズミ）の多様化における、サハラ砂漠を媒介とした分断要因と中新世の気候イベントの役割」米国科学アカデミー紀要. 100 (14): 8325–30 . Bibcode :2003PNAS..100.8325D. doi : 10.1073 /pnas.0832467100 . PMC 166228. PMID  12821774. 
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さらに読む

  • Fong SL, Fong WB, Morris TA, Kedzie KM, Bridges CD (1990年3月). 「ヒト間質レチノール結合タンパク質遺伝子の特性解析と比較構造的特徴」. The Journal of Biological Chemistry . 265 (7): 3648–53 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)39642-5 . PMID  2303470.
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  • Howard OM, Dong HF, Su SB, Caspi RR, Chen X, Plotz P, Oppenheim JJ (2005年6月). 「自己抗原はケモカイン受容体を介してシグナル伝達する：ぶどう膜炎抗原はCXCR3およびCXCR5を発現するリンパ球および未熟樹状細胞の遊走を誘導する」Blood . 105 (11): 4207–14 . doi :10.1182/blood-2004-07-2697. PMC 1895027.  PMID 15713799  .
  • GeneReviews/NCBI/NIH/UW の網膜色素変性症に関するエントリーの概要
  • 「RBP3マーカーのコーディングDNAおよびタンパク質配列アライメントの概要」。OrthoMaMは、哺乳類の相同マーカーの生物学的データベースです。RBP3進化マーカーは、対応する遺伝子系統樹とともに検索できます。[永久リンク切れ]
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