オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアのリスト

これは、バイオインフォマティクス用に作成され、Wikipedia の記事とともにオープンソース ソフトウェアライセンスの下でリリースされているコンピュータソフトウェアのリストです。

ソフトウェア説明プラットフォームライセンス開発者
.NET バイオ開発者、研究者、科学者を支援するために Microsoft 4.0 .NET Framework を使用して構築された言語に依存しないツールキット.NET フレームワークアパッチ共同プロジェクト
アンフォラメタゲノミクス解析ソフトウェアリナックスGPLジョナサン・アイゼン
アンドゥリルデータ分析のためのコンポーネントベースのワークフローフレームワークLinux、macOS、WindowsGPLヘルシンキ大学
アパッチ・タベルナJavaで書かれたLinux、macOS、WindowsApacheライセンス2.0Apacheソフトウェア財団、myGrid
アスカラフデザイナー分子設計およびシミュレーションのための汎用分子モデリング用コンピュータ プログラム。ウィンドウズGPLv2アジャイル分子
オートドック自動ドッキングツールスイートLinux、Mac OS X、SGI IRIX、WindowsGPLスクリップス研究所
アボガドロ計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、および関連分野向けのC++ ( Qt ) ベースの分子エディターおよびビジュアライザー。Linux、macOS、Unix、Windows3条項BSDライセンスオープンケミストリープロジェクト
BEDツール「ゲノム演算」 - 座標セットの操作と BED ファイルからの配列の抽出。リナックスマサチューセッツ工科大学ユタ大学クインランラボ
バイオクリプスEclipse Rich Client Platform (RCP)に基づく化学およびバイオインフォマティクス用のビジュアル プラットフォームLinux、macOS、Windows [1]エクリプスパブリックバイオクリプスプロジェクト
バイオコンダクターR（プログラミング言語）言語ツールキットLinux、macOS、Windowsアーティスティック2.0フレッド・ハッチンソンがん研究センター
バイオジャバ配列、タンパク質構造、ファイルパーサー、CORBA相互運用​​性、分散アノテーションシステム（DAS）、AceDBへのアクセス、動的プログラミング、および単純な統計ルーチンを操作するためのJavaライブラリ関数Linux、macOS、WindowsLGPL v2.1オープンバイオインフォマティクス財団
バイオJS生物学的データを視覚化するためのコンポーネントのJavaScriptライブラリウェブブラウザアパッチBioJSコミュニティ
バイオモビーウェブサービスのレジストリウェブブラウザ芸術的オープンバイオインフォマティクス財団
バイオパールPerl言語ツールキットクロスプラットフォーム芸術的、GPLオープンバイオインフォマティクス財団
バイオPHPDNA およびタンパク質配列解析、アライメント、データベース解析、その他のバイオインフォマティクス ツール用のクラスを備えたPHP言語ツールキットクロスプラットフォームGPL v2オープンバイオインフォマティクス財団
バイオパイソンPython言語ツールキットクロスプラットフォームバイオパイソン[2]オープンバイオインフォマティクス財団
バイオルビーRuby言語ツールキットLinux、macOS、Windows [3]GPL v2 またはRubyオープンバイオインフォマティクス財団
ブラストDNA やタンパク質の配列を含む主要な生物学的配列情報を比較するためのアルゴリズムとプログラム。クロスプラットフォームパブリックドメイン国立バイオテクノロジー情報センター
CP2KFortran 2003 で記述された、固体、液体、分子、生物システムの原子シミュレーションを実行します。Linux、macOS、WindowsGPLとLGPL無料のオープンソースGNU GPLv2以降
エンボスC言語で書かれたシーケンス、検索などのパッケージスイートLinux、macOS、Unix、Windows [4]GPLとLGPL共同プロジェクト
銀河科学的なワークフローとデータ統合システムUnixライク学術無料共同プロジェクト
遺伝子パターン数百のゲノム解析ツールへのアクセスを提供する科学的ワークフローシステムUnixライク（パブリックサーバー）; Linux、macOS、Windowsマサチューセッツ工科大学ブロード研究所、カリフォルニア大学サンディエゴ校
Geworkbenchゲノムデータ統合プラットフォームLinux、macOS、WindowsGeWorkbenchライセンス[5]コロンビア大学
GMOD生物学データベースにおける多くの共通課題に対処するためのツールキットUnixライク（サーバー）、Webブラウザ（クライアント）ツールによって異なる共同プロジェクト
ジェンGISデジタルマップデータと環境から収集された生物学的配列の情報を組み合わせることを可能にするアプリケーションWindows、macOSGPL共同プロジェクト
ジェノキャド文法規則に基づいて遺伝子構造を設計するために使用される、合成生物学用のコンピューター支援設計 (CAD) ツール。Linux、macOS、WindowsApacheライセンス2.0GenoCAD チーム (バージニアバイオインフォマティクス研究所)
ゲノムスペースデータ形式の変換を提供し、他のバイオインフォマティクスツールとの接続を容易にする集中型ウェブアプリケーションウェブブラウザLGPLブロード研究所、共同プロジェクト
優しいDNA配列ファイルを解析・編集するツールである独自のVector NTIに相当するものLinux、macOS、WindowsGPLマグナス・マンスケ
ゲットUniProt、国立生物工学情報センター、Ensemblゲノムデータベースプロジェクトなどのゲノム参照データベースの効率的なクエリLinux、macOS、WindowsBSDローラ・リューバートとリオール・パクター
グロマックス主にタンパク質、脂質、核酸のシミュレーション用に設計された分子動力学パッケージ。Linux、macOS、Windowsコモンパブリック1.0ジェノビズ
統合ゲノムブラウザJavaベースのデスクトップゲノムブラウザLinux、macOS、Windowsコモンパブリック1.0ジェノビズ
インターマインJava と JavaScript で記述された生物学的データセットの分析と統合のための広範なデータ ウェアハウス システムクロスプラットフォームLGPLケンブリッジ大学
LabKeyサーバーソフトウェアプラットフォームは、組織が複雑な生物医学データを統合、分析、共有することを可能にしますLinux、macOS、WindowsアパッチLabKeyソフトウェア財団
ランプスC++で書かれた分子動力学プログラムLinux、macOS、Windowsアパッチサンディア国立研究所。
母16S rRNA遺伝子アンプリコン配列データ解析用ソフトウェアLinux、macOS、WindowsGPLミシガン大学
ネクストフロー特にクラウドやハイパフォーマンス コンピューティング環境で、スケーラブルかつ再現可能なバイオインフォマティクス パイプラインを構築および実行するために使用されるワークフロー管理システム。Linux、macOS、WindowsApacheライセンス2.0ネクストフローチーム[6]
パスビジオ生物学的経路を描画、分析、視覚化するためのデスクトップソフトウェアLinux、macOS、Windowsアパッチ2.0マーストリヒト大学
オレンジC++で書かれたコンポーネントベースのデータマイニングおよび機械学習ソフトウェアスイート。探索的データ分析とインタラクティブな視覚化のためのビジュアルプログラミングフロントエンドと、スクリプト用のPythonバインディングとライブラリを 備えています。Linux、macOS、WindowsGPLリュブリャナ大学
SAMツールsam/bam形式の高スループットシーケンスデータとアライメントを操作するためのユーティリティUnix / Linuxマサチューセッツ工科大学共同プロジェクト
SOAPスイートショートリード次世代シーケンシングデータのアセンブリ、アライメント、分析のためのツールスイートUnix / Linux、macOSGPLBGI
シュターデンパッケージ主にgap4、gap5、spinからなる配列のアセンブリ、編集、解析。C、C++、Fortran、Tclで記述。Linux、macOS、WindowsBSDウェルカムトラスト・サンガー研究所、医学研究評議会
タベルナの作業台ワークフローを設計および実行するためのツールLinux、macOS、WindowsLGPLマイグリッド
トレーサーバイオインフォマティクス ワークフローのパフォーマンスとリソース使用状況を監視するためのオープンソースの eBPF ベースの可観測性クライアント。リナックスカスタムライセンス（GitHubを参照）トレーサープロジェクト GitHub
T-REX（ウェブサーバー）系統樹と系統ネットワークの推論、検証、可視化ウェブブラウザ、WindowsGNU（GPL） v3ケベック大学モントリオール[7]
ウゲネC++ ( Qt )で書かれた統合バイオインフォマティクスツールLinux、macOS、WindowsGPL2​ユニプロ
ユニペプトRubyとJavaScriptで書かれたメタプロテオミクス生物多様性解析ウェブブラウザマサチューセッツ工科大学ゲント大学
VOTCAC++、Perl、BASHで書かれた分子動力学のための粗粒度モデリングパッケージLinux、macOS、Windows、その他のUnix系OSApacheライセンス2.0マックス・プランク高分子研究所

参照

参考文献

  1. ^ https://www.researchgate.net/publication/6490579_Bioclipse_An_open_source_workbench_for_chemo-_and_bioinformatics
  2. ^ Biopythonライセンス
  3. ^ 後藤 直久; プリンス ピョートル; 中尾 光輝; ラウル ボナル; ヤン アーツ; 片山 俊明 (2010). 「BioRuby: Rubyプログラミング言語向けバイオインフォマティクスソフトウェア」.バイオインフォマティクス. 26 (20): 2617– 2619. doi :10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089.  PMID 20739307  .
  4. ^ 「EMBOSS ダウンロード」。
  5. ^ 「GeWorkbenchライセンス」. geWorkbench . コロンビア大学. 2014年6月15日.
  6. ^ 「Nextflow + AIによる科学研究の強化」2024年12月3日。
  7. ^ http://www.trex.uqam.ca/
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