CCDC109B

コイルドコイルドメイン109B （CCDC109B）は、ヒト細胞膜に存在するカルシウムユニポータータンパク質であり、CCDC109B遺伝子によってコードされています。CCDC109Bは膜貫通タンパク質ですが、細胞膜内かミトコンドリア膜内かは不明です。

MCUB
識別子
エイリアスMCUB、EMRE、MCUb、CCDC109B、Ccdc109b、コイルドコイルドメイン含有109B、ミトコンドリアカルシウムユニポーター優性負性βサブユニット、ミトコンドリアカルシウムユニポーター優性負性サブユニットβ
外部IDMGI : 1914065 ; HomoloGene : 23056 ; GeneCards : MCUB ; OMA : MCUB - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

55013

66815

アンサンブル

ENSG00000005059

ENSMUSG00000027994

ユニプロット

Q9NWR8

Q810S1

RefSeq (mRNA)

NM_017918

NM_001293644 NM_025779

RefSeq（タンパク質）

NP_060388

NP_001280573 NP_080055

場所（UCSC）4号線: 109.56 – 109.69 Mb3 章: 129.71 – 129.76 Mb
PubMed検索[ 3 ][ 4 ]
ウィキデータ
人間の表示/編集マウスの表示/編集

遺伝子情報

CCDC109Bは4q25に位置し、長さは128,520塩基対です。CCDC109Bは8つのエクソンを含み、4番染色体のプラス鎖に位置しています。CCDC109Bには、選択的スプライシングにより9つの転写バリアントが存在します。[ 5 ] この遺伝子のスプライスされていないバージョンは、ヒト細胞で見つかる最も長く最も一般的なバリアントであり、長さは1298塩基対です。

4番染色体上のCCDC109B遺伝子の位置。

タンパク質情報

CCDC109Bタンパク質は翻訳されると336個のアミノ酸から構成され、分子量は39.1 kDaです。このタンパク質の3'末端は高度に保存されており、タンパク質機能に不可欠なドメインを含んでいます。

タンパク質ドメイン

  • 機能不明ドメイン607（DUF607）：このドメインの機能はほとんど不明ですが、CCDC109Bがホモオリゴマーを形成する際にカルシウムトランスポーターとして機能する可能性があります。DUF607は相同遺伝子間で保存されており、タンパク質の全長にわたって存在するにもかかわらず、3'末端に近い位置にあります。[ 6 ]
CCDC109B に存在する主要ドメインの概要。
  • 膜貫通領域：CCDC109BはDUF607内に2つの膜貫通領域を有し、多回膜タンパク質となっている。2つの膜貫通領域を有するため、N末端とC末端はどちらも膜の片側に位置し、細胞膜の細胞質側に局在することが報告されている。[ 6 ]
膜貫通タンパク質としてのCCDC109Bの全体図。画像の上部はタンパク質の細胞質末端を示している。画像下部は、CCDC109BまたはそのパラログであるMCUのいずれかを持つすべての生物において完全に保存されているDIMEモチーフを示している。
  • DIMEモチーフ：このモチーフは、このタンパク質のすべての相同遺伝子に見られる完全に保存された領域であり、DUF607内部および膜貫通ドメイン間に存在します。DIMEモチーフは23個のアミノ酸配列で、QxGxLAxLTWWxYSWDIMEPVTYFの配列を持ちます。ここで、文字は実際のアミノ酸残基に対応し、「x」はこの配列内で保存されていないアミノ酸を表します。CCDC109Bタンパク質全体を通して、3アミノ酸を超える長さの保存されたアミノ酸配列は他に存在しません。[ 6 ] DIMEモチーフはカルシウム輸送において役割が想定されており、DUF607では必須である可能性が高いです。[ 7 ]

翻訳後修飾

リン酸化部位

CCDC109Bタンパク質には、セリン、スレオニン、チロシン残基にリン酸化部位がいくつか含まれている。 [ 8 ]

  • セリンリン酸化部位: アミノ酸位置 77、213、315、および 322。
  • トレオニンリン酸化部位: アミノ酸位置 53。
  • チロシンリン酸化部位: アミノ酸位置 274。

SUMO化部位

CCDC109Bには、リジンであるアミノ酸残基306にSUMO化部位が1つあると考えられます。 [ 9 ] この残基は相同遺伝子間で高度に保存されています。

三次構造

CCDC109B が膜貫通タンパク質であることは知られていますが、その N 末端と C 末端の適切な折り畳みは不明です。

相同性

CCDC109Bは、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類を含む脊椎動物において保存性を示しています。ハエ、蠕虫、植物といったより古い生物においてもある程度の保存性が見られますが、相同性は非常に低く、これらの生物にはCCDC109Bとは異なる可能性のある相同構造が多数存在します。また、非脊椎動物に見られる相同遺伝子は、CCDC109Bの相同遺伝子である可能性があり、CCDC109Bと相同性を保ち続けています。

以下の表は、脊椎動物における CCDC109B の保存状況を示しています。

CCDC109B相同遺伝子の系統樹。生物間の長さは、それらの近縁性に関係しています。長さが短いほど、保存性が高いことを示しています。
属種生物の一般名人類からの分岐（MYA）[ 10 ]NCBIタンパク質登録配列類似性[ 6 ]タンパク質の長さ
ホモ・サピエンス人間--NP_060388.2100%336
ポンゴ・アベリイオランウータン15.7XP_00281509996%336
メラノレウカパンダ94.2XP_002929388.186%469
ネコ科の動物飼い猫94.2XP_003985143.186%333
オリクトラグス・クニクルスうさぎ92.3XP_002717237.183%325
イヌ飼い犬94.2XP_535692.282%337
ウシ牛94.1NP_001068639.181%335
クリセトゥルス・グリセウスハムスター92.3XP_003512344.179%348
ハツカネズミねずみ92.3NP_080055.274%345
アフリカトビネズミ象98.7XP_003410529.174%428
ガルス・ガルスチキン296XP_420651.363%345
アノール・カロリネンシストカゲ296XP_003221841.159%319
サルコフィラス・ハリシタスマニアデビル162.6XP_003772954.159%342
アフリカツメガエル蛙371.2NP_001087837.155%319

CCDC109Bのパラログ

CCDC109Bはヒトゲノム中に1つのパラログを持つ。このパラログはCCDC109Aで、より一般的にはミトコンドリアカルシウムユニポーター（MCU）として知られている[ 7 ]。MCUはミトコンドリアの内膜 に位置し、ミトコンドリアへカルシウムイオンを輸送するオリゴマーとして存在する。MCUはミトコンドリア膜の必須成分であり、MCUをサイレンシングするとカルシウムの取り込みが阻害される。CCDC109Bにも保存されているDIMEモチーフはカルシウムの取り込みに関与しており、この領域の変異はこの機能を阻害する。[ 7 ] CCDC109BとMCUは43%の同一性を共有しており、その中でDIMEモチーフは完全に保存されている。

発現プロファイル

CCDC109B の発現パターン。CCDC109B は免疫系およびさまざまな血液疾患において高レベルで発現しています。

CCDC109Bは免疫系と循環器系で高発現している。[ 11 ] CCDC109BはB細胞、樹状細胞、T細胞、ナチュラルキラー細胞で発現している。CCDC109Bはヒトの脂肪組織、副腎、膀胱、骨髄、耳、食道、喉頭、副甲状腺、下垂体、脾臓、甲状腺、気管、臍帯組織では発現していない。[ 12 ]

病気における役割

CCDC109Bは、様々なリンパ腫や白血病を含む多くの疾患に寄与している可能性がある。[ 13 ] CCDC109B発現の変化は、神経膠芽腫、ダウディ・バーキットリンパ腫、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、乳癌、前骨髄球性白血病HL-60などの他の疾患でも認められる。CCDC109Bは、アトピー性皮膚炎の皮膚病変やジョブ症候群にも寄与している可能性がある。[ 14 ] しかし、これらの疾患におけるCCDC109Bの役割の背後にあるメカニズムは不明であり、研究によって十分に特徴付けられていない。

タンパク質間相互作用

転写因子

CCDC109Bは、転写因子結合部位を含むプロモーター領域を有する。このプロモーター領域は約500ヌクレオチド長で、翻訳開始直前に位置する。CCDC109Bに結合する著名な転写因子には、以下のものがある[ 15 ]。

  • フォークヘッドドメイン因子（FKHD）
  • 骨髄性ジンクフィンガー1因子（MZF1）
  • 多形性腺腫遺伝子（PLAG）
  • Cys 2 His 2ジンクフィンガー転写因子2（ZF02）
  • 脊椎動物のSMAD転写因子ファミリー（SMAD）
  • クラスB bHLH転写因子のツイストサブファミリー（HAND）
  • CCAAT/強化結合タンパク質（CEBP）
  • 活性化T細胞核因子（NFAT）

細胞タンパク質

CCDC109Bは、ジンクフィンガー転写因子であるZBTB16と相互作用し、タンパク質分解において役割を果たしていると考えられます。CCDC109BとZBTB16の相互作用は、酵母ツーハイブリッドスクリーニングによって決定されました[ 16 ] 。CCDC109BがZBTB16とどのように相互作用するかはまだ明らかではありません。

CCDC109B が相互作用する他のタンパク質は現在のところ不明です。

参考文献

  1. ^ a b c GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000005059 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ a b c GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000027994 – Ensembl、2017年5月
  3. ^ 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  5. ^ 「NCBI AceView CCDC109B」 . 2016年10月10日閲覧。
  6. ^ a b c d「NCBI BLAST」。
  7. ^ a b c Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). 「統合ゲノミクスにより、ミトコンドリアカルシウムユニポーターの必須成分としてMCUが同定される」 . Nature . 476 ( 7360): 341– 345. Bibcode : 2011Natur.476..341B . doi : 10.1038/nature10234 . PMC 3486726. PMID 21685886 .  
  8. ^ 「NetPhos」。
  9. ^ 「SUMOPlot分析プログラム」。
  10. ^ 「タイムツリー」。
  11. ^ 「GEOProfile CCDC109B」。
  12. ^ “NCBI EST” . 2013年6月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。
  13. ^ 「Genevestigator」 。2011年7月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。
  14. ^ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (2012年5月). 「アトピー性皮膚炎患者におけるヒト皮膚ケラチノサイトのIFN-γ誘導性アポトーシスのメカニズム」 . J Allergy Clin Immunol . 129 (5): 1297– 1306. doi : 10.1016/j.jaci.2012.02.020 . PMID 22445417 . 
  15. ^ “Genomatix ElDorado” . 2021年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年5月11日閲覧。
  16. ^ 「GeneCards ZBTB16」。
  • ウィキメディア・コモンズのCcdc109b関連メディア
「 https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CCDC109B&oldid=1304278640」より取得