CCDC142
| コイルドコイルドメイン含有タンパク質142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | CCDC142IPR026700コイルドコイルドメイン142を含む | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | GeneCards : [1]; OMA :- オーソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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コイルドコイルドメイン142（CCDC142）は、ヒトにおいてCCDC142タンパク質をコードする遺伝子である。CCDC142遺伝子は染色体2（2p13）に位置し、4339塩基対に及び、9つのエクソンを含む。この遺伝子はコイルドコイルドメイン含有タンパク質142（CCDC142）をコードしているが、その機能はまだ十分に解明されていない。[1] [2] CCDC142には2つのアイソフォームが知られている。[1]これらの転写産物から生成されるCCDC142タンパク質は、743～665アミノ酸のサイズに及び、細胞質と核の間でのタンパク質の移動を示唆するシグナルを含んでいる。[3] 相同なCCDC142遺伝子は、脊椎動物や無脊椎動物を含む多くの動物に見られるが、真菌、植物、原生生物、古細菌、細菌には見られない。[1]このタンパク質の機能は十分に解明されていないが、コイルドコイルドメインと、そのコイルドコイルドメイン内に位置するRINT1 _TIP1モチーフを含んでいる。[3] [4]
軌跡
CCDC142は2番染色体の-鎖（2p13.1）に存在し、ゲノム配列は塩基74,472,832から74,483,230に及んでいる。[1]コード領域は8292塩基対の長さで、743から665アミノ酸長の2つのタンパク質アイソフォームをコードしている。[1]テロメア側では、CCDC142に続いてMOGS遺伝子とMRPL53遺伝子が、セントロメア側ではC31遺伝子、LBX2遺伝子、LBX2-AS1遺伝子、 PCGF1遺伝子が続く。[1]
mRNA
ホモ・サピエンスにおいて、CCDC142遺伝子は、アイソフォーム1とアイソフォーム2と呼ばれる2つの選択的スプライシングを受けたmRNAアイソフォームをコードしています。[3]これらのアイソフォームはどちらも9つのエクソンを持ちます。アイソフォーム1は2つのうち長い方で、4339bpです。一方、アイソフォーム2は2253bpです。[3]両アイソフォームの主な違いは、アイソフォーム2の方がエクソン9が短く、3' UTRを持つことです。[3]アイソフォーム1は遺伝子とタンパク質の中で最も長い変異体であり、本稿の主題です。[1]
保全
パラログ
CCDC142 はHomo sapiens には相同遺伝子が存在しません。
オーソログ
以下は、CCDC142の様々な相同遺伝子の表であり、そのタンパク質配列の同一性がホモ・サピエンスのタンパク質アミノ酸配列と比較されています。CCDC142は哺乳類において73%以上のアミノ酸相同性を有していますが、他の脊椎動物や無脊椎動物では保存性が低いです。[5]
| 属と種 | 通称 | 人類の系統からの分岐日（MYA） | ％ 身元 |
|---|---|---|---|
| ホモ・サピエンス | 人間 | 0 | 100 |
| パン・トログロダイト | チンパンジー | 6.6 | 96 |
| ゴリラ、ゴリラ、ゴリラ | ゴリラ | 8.9 | 98 |
| ジャクルス ジャクルス | エジプトトビネズミ | 90.9 | 73 |
| ウシ | ヤク | 97.5 | 74 |
| エプテシカス・フスカス | 大きな茶色のコウモリ | 97.5 | 74 |
| Python bivittatus | ビルマニシキヘビ | 320.5 | 36 |
| ガルス・ガルス | チキン | 320.5 | 35 |
| ハリアエトゥス・レウコセファルス | ハクトウワシ | 320.5 | 33 |
| アノール・カロリネンシス | カロライナアノール（トカゲ） | 320.5 | 33 |
| カリドリス・プグナックス | エリマキ（鳥） | 320.5 | 32 |
| アフリカツメガエル | ニシツメガエル | 355.7 | 33 |
| カロリンクス・ミリ | オーストラリアのゴーストシャーク | 429.6 | 36 |
| レピソステウス・オクラトゥス | スポッテッドガー | 429.6 | 34 |
| エソックス・ルキウス | ノーザンパイク | 429.6 | 33 |
| ダニオ・レリオ | ゼブラフィッシュ | 429.6 | 33 |
| アナティーナリンガラ | 尾のあるムール貝 | 847 | 29 |
| Crassostrea gigas | 太平洋産カキ | 847 | 29 |
| タコ | カリフォルニア・ツースポット・オクトパス | 847 | 27 |
| キイロショウジョウバエ | ミバエ | 847 | 23 |
系統発生
CCDC142は、哺乳類、軟体動物・両生類、爬虫類・鳥類、そして魚類において近縁種です。[5] CCDC142遺伝子は、8億4700万年前にヒト系統から分岐したキイロショウジョウバエにまで遡ります。CCDC142は、シトクロムC（高度に保存されたタンパク質）や フィブリノーゲンA（急速に変異するタンパク質）よりも高い変異率を示しています。これは、CCDC142が急速に変異する遺伝子であり、時間の経過とともに変異率（つまり進化率）が上昇していることを示しています。
タンパク質
一次構造、変異体、アイソフォーム
CCDC142タンパク質のメインアイソフォームは743アミノ酸長で、メインアイソフォームは665アミノ酸長です。この長さの違いは、アイソフォーム2のC末端に欠けているアミノ酸によってのみ生じます。[1]
ドメインとモチーフ
CCDC142のコイルドコイルドメインは、アミノ酸308～719に存在すると予測されています。 [2] RINT1_TIP1モチーフは、アミノ酸490～621にも存在します。RINT1_TIP1は、RINT-1（放射線誘発チェックポイント制御に関与するタンパク質）とTIP-1（ゴルジ体輸送に関与する酵母タンパク質）を含むファミリーです。[ 4 ]遠縁の相同遺伝子CCDC142タンパク質に見られる約250個のアミノ酸は、ホモサピエンスゲノムのCCDC142遺伝子には見られません。
翻訳後修飾
CCDC142には、6つのリン酸化部位、4つのメチル化部位、1つのパルミトイル化部位、1つのSUMO化部位、そして1つの弱い核局在シグナルが予測されている。[6] [7] [8] [9] [10]これらの修飾は、CCDC142が核と細胞質に局在することを示唆している。タンパク質中のこれらの部位の注釈については、概念翻訳を参照のこと。
構造予測
CCDC142の二次構造は、 Quick2DおよびPhyre2プログラムによって予測されたように、 αヘリックスのみで構成されています。 [11] [12] CCDC142には8つの保存されたαヘリックスが含まれており、そのうち6つはタンパク質のコイルドコイル領域に位置していると予測されています。 [11] [12] CCDC142の予測される三次構造には、アミノ酸308～719の大きなコイルドコイルドメインが含まれています。[2] [13]
表現
促進因子と調節因子
CCDC142のプロモーター領域は、GenomatixのEl Doradoプログラムを使用して特定され、2番染色体の塩基74482896〜74483908にまたがっています。[14]この1013bpの領域は、CCDC142の開始コドンの上流1071〜58bpにまたがっています。[14]プロモーターには、多数のKrueppel様転写因子とBEDジンクフィンガータンパク質に結合する領域があります。[14]この領域には、一塩基多型（SNP）は存在しません。[15] CCDC142のプロモーター領域に結合する転写因子の多くは、腫瘍抑制、神経新生、DNA損傷、および光受容を扱う機能を持っています。[14]このプロモーター領域には、遺伝子の転写開始部位と重複する哺乳類のC型LTR TATAボックスも含まれています。 [14]
RNA結合タンパク質
CCDC142 mRNAの3'および5'非翻訳領域（UTR）には、多くのRNA結合タンパク質が結合する可能性がある。PABPC1およびRBMXタンパク質結合部位は、3' UTRにそれぞれ49箇所と21箇所と高頻度に出現する。[16]
表現
- アレンヒト脳アトラス CCDC142の発現
- 側面図
赤＝低表情11 - 正面図
緑＝高表情11
上記はCCDC142に関するAllen Human Brain Atlasの発現データであり、赤は発現が低いこと、緑は発現が高いことを示しています。 [17]ホモサピエンスの脳では、CCDC142は小脳皮質、視床、視床下部で低い発現を示すことが分かっています。また、CCDC142は黒質、橋、前障、中脳でも高い発現を示します。[17]また、口と胸腺でもCCDC142の発現が比較的高いことが示されています。[18]
- NCBI GEO発現データ
- MEKK 2/3ノックアウト実験13
- 心筋損傷実験13
- SNAI過剰発現実験13
上記の実験的発現データは、CCDC142に関して多くの可能性を示している。[19]ジンクフィンガータンパク質であるSNAI1の過剰発現は、ホモサピエンスにおけるCCDC142発現の減少と相関している。[20]ヘルパーT細胞の分化を制御するのに役立つMEKK 2/3のハツカネズミノックアウトも、CCDC142の発現を低下させた。 [21]マウスの心筋症に焦点を当てた別のハツカネズミ実験では、心筋細胞が損傷したマウスでCCDC142のレベルが低下したことが示された。[20]
機能と生化学
構成
CCDC142は、他のホモサピエンスタンパク質と比較して、比較的典型的なアミノ酸分布を示す。[5]しかし、相同遺伝子間では若干の変異が認められる。[5] ロイシンは他のタンパク質と比較して多く（タンパク質の15%以上）、アスパラギンは他のタンパク質と比較して少なく（タンパク質の0.7%未満）、存在する。[5]
CCDC142のコイルドコイルドメインとRINT1_TP1モチーフには、タンパク質の他の部分と比較してロイシンが多く含まれており（領域の16.6%以上）、グルタミンも多く含まれており（領域の8.4%以上）、アスパラギンも同様に少なく含まれています（領域の0.7%未満）。[5]
相互作用するタンパク質
CCDC142 ではタンパク質相互作用は見つかりませんでした。
臨床的意義
病理学と疾患
CCDC142遺伝子座のコピー数増加は、他の25の遺伝子を含めて、発達遅延の表現型と、顕著な発達的または形態学的表現型を示した。[22] CCDC142遺伝子座のコピー数減少を伴う1つの結果は、他の29の遺伝子を含めて、低身長、顔の形異常、言語発達遅延、足指の重複、子宮内発育遅延、動脈管開存症、および粗大運動発達遅延の表現型を示した。[22]しかし、他の多くのゲノムセクションにも異常があったため、CCDC142の影響がこれらの表現型と交絡している可能性がある。
突然変異
CCDC142遺伝子には多数のSNPが存在します。プロモーター領域および5' UTRに存在するこれらのSNPの一部は転写因子のアンカー配列内にあり、変化すると転写因子の結合に影響を与えます。
CCDC142のタンパク質コード配列には、アミノ酸組成を変化させるSNPが多数存在します。人口における有病率の高いSNP（1.8%）の一つは、アミノ酸548番のチロシンがアスパラギンに変化するという化学的変化が顕著です。 [15]
遺伝子の大きな3' UTRにも多数のSNPが存在し、その多くはmRNA中のステムループ構造を含む領域に結合しています。7.7%の頻度で出現するSNP（bp4285のグアニンからアデノシンへの置換）は3' UTRに存在しますが、保存されたステムループ領域には存在しません。[15]
これらの SNP は、上記のタンパク質セクションにある概念翻訳で注釈が付けられています。
多重配列アライメント
- CCDC142の遠位オーソログ多重配列アライメント
- 紫＝類似アミノ酸化学
青＝同じアミノ酸
上記の多重配列アライメント（ SDSC Biology WorkbenchのCLUSTALWおよびTEXSHADEプログラムを用いて作成）では、生物は属の最初の文字と種の最初の2文字でラベル付けされています。CCDC142タンパク質全体は哺乳類において高度に保存されています。[5]ホモ・サピエンスのコイルドコイルドメインとRINT1_TIP1モチーフ領域を含む領域は、遠縁の相同生物においても高度に保存されています。 [5]この領域において全生物で一致する15アミノ酸のうち12アミノ酸は非極性です。[5]保存領域1は主に非極性アミノ酸を含みます。[5]保存領域2は主に非極性アミノ酸と塩基性アミノ酸を含みます。保存領域3は極性アミノ酸と非極性アミノ酸の両方を含みます。 [5]保存領域5は主に非極性アミノ酸と塩基性アミノ酸を含みます。[5]
追加の転写因子情報
参考文献
- ^ abcdefghi 「CCDC142 コイルドコイルドメイン含有 142 [ホモ・サピエンス (ヒト)] – 遺伝子 – NCBI」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月1日閲覧。
- ^ abc 「コイルドコイルドメイン含有タンパク質142 [ホモサピエンス] – タンパク質 – NCBI」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月1日閲覧。
- ^ abcde 「CCDC142 – コイルドコイルドメイン含有タンパク質142 – ホモサピエンス（ヒト） – CCDC142 遺伝子とタンパク質」www.uniprot.org . 2016年5月1日閲覧。
- ^ ab "SSDB Motif検索結果: hsa:84865". www.kegg.jp . 2016年5月1日閲覧。
- ^ abcdefghijkl 「SDSC 生物学ワークベンチ」。
- ^ 「NetPhos 2.0 Server」. www.cbs.dtu.dk . 2016年5月1日閲覧。
- ^ 「メモ：タンパク質メチル化予測」www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . 2016年3月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年5月1日閲覧。
- ^ “:::NBA-Palm – 単純ベイズアルゴリズムによるパルミトイル化部位の予測:::”. www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . 2016年6月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年5月1日閲覧。
- ^ 「SUMOplot™ 分析プログラム | Abgent」www.abgent.com . 2016年5月1日閲覧。
- ^ “NLS_Mapper”. nls-mapper.iab.keio.ac.jp . 2021年11月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年5月1日閲覧。
- ^ ab Kelley, Lawrence. 「PHYRE2 タンパク質フォールド認識サーバー」www.sbg.bio.ic.ac.uk . 2016年5月1日閲覧。
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- ^ abc 「タンパク質の構造と機能予測のためのI-TASSERサーバー」zhanglab.ccmb.med.umich.edu . 2016年5月1日閲覧。
- ^ abcde 「Genomatix – NGSデータ分析と個別化医療」www.genomatix.de . 2001年2月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年5月1日閲覧。
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- ^ geo. 「ホーム – GEO – NCBI」. www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月1日閲覧。
- ^ ab "GDS3596 / 1451178_at". www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月1日閲覧。
- ^ “GDS4795 / ILMN_3023885”. www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月1日閲覧。
- ^ ab ClinVar. 「項目が見つかりません – ClinVar – NCBI」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年5月5日閲覧。
さらに読む
- オレホワ AS、スヴェルドロワ PS、スピリン PV、レオノバ OG、ポペンコ VI、プラソロフ VS、ルブツォフ PM (2011-06-01)。 「[ヒトゲノム由来の新規双方向プロモーター]」。モレクリアルナイア バイオロギア。45 (3) : 486–495。PMID 21790010 。
