CCDC186
| CCDC186 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 別名 | CCDC186、C10orf118、コイルドコイルドメイン186、CCCP-1、ゴルジン104、CCCP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2445022; HomoloGene : 9963; GeneCards : CCDC186; OMA : CCDC186 - オーソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CCDC186は、ヒトではCCDC186遺伝子によってコードされるタンパク質である[5]。CCDC186遺伝子は、アクセス番号NM_018017を持つCTCL腫瘍関連抗原としても知られている。[6]
遺伝子
位置
CCDC186は染色体10q25.3に位置し、マイナス鎖に配向した53,750塩基のサイズです。PSORTIIタンパク質k -NN予測によると、C10orf118は核に65.2% 、細胞質に17.4% 、ミトコンドリアに8.7% 、分泌系の小胞に4.3%、小胞体に4.3%存在することが示されました。[7]
発現
ヒトおよび他の種における遺伝子発現の解析により、C10orf118は様々な発達段階においてあらゆる組織型で普遍的に発現していることが示されています。NCBIのESTプロファイルでは、骨髄、腎臓、前立腺細胞株で最も高い発現が示されました。健康状態別の内訳では、膀胱癌および前立腺癌でC10orf118の発現が高いことが示されています。[8]
タンパク質
一般的な性質
CCDC186（NP_060487）のタンパク質は898アミノ酸から構成されています。予測分子量は103.7kDa、等電点は5.92と予測されます。[9]
組成
アミノ酸710～747にセリンに富む領域が観察されます。組成分析の結果、C10orf118はプロリン（1.1%）が少なく、グルタミン酸（14.1%）とリジン（12.0%）に富んでいることが明らかになりました。[9]
相互作用
CCDC186タンパク質は、 PLEKAH5、Ezra、GAMMAHV.ORF23、およびSMAD3タンパク質と相互作用することがわかりました。[10] [11]
相同性
CCDC186の相同配列は、細菌、古細菌、原生生物、植物には見られませんでした。CCDC186にはヒト相同配列はありません。相同配列の分岐時期は配列の類似性と高い相関性を示し、過去に遡るにつれて相同性の割合は減少します。近縁の相同配列には哺乳類と鳥類が含まれ、中程度の近縁の相同配列には魚類、爬虫類、両生類などの他の脊椎動物が含まれます。遠縁の相同配列は主に無脊椎動物で観察されます。[9] [12]
| シーケンス番号 | 属と種 | 一般名 | 分岐日（百万年前） | アクセッション番号 | 配列長 | 配列同一性 | 配列類似性 | E値 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ホモ・サピエンス | C10orf118 | 0 | NM_018017 | 898 aa | 100% | 100% | 0% |
| 2 | ノマスカス・レウコゲニス | キタシロテナガザル | 19.9 | XP_003255542 | 898 aa | 98% | 98% | 0% |
| 3 | チンチラ・ラニゲラ | ロングテールチンチラ | 90.9 | XP_013371303 | 906 aa | 90% | 94% | 0% |
| 4 | ハツカネズミ | ハツカネズミ | 90.9 | NP_739563 | 917 aa | 84% | 91% | 0% |
| 5 | バンドウイルカ | バンドウイルカ | 97.5 | XP_004318425 | 599 AA | 60% | 68% | 0% |
| 6 | アフリカゾウ | アフリカゾウ | 105 | XP_010596062 | 805 aa | 90% | 91% | 0% |
| 7 | エグレッタ・ガルゼッタ | コサギ | 320.5 | XP_009634185 | 914 aa | 75% | 83% | 0% |
| 9 | ウミガメ | 緑のウミガメ | 320.5 | XP_007056391 | 920アミノ酸 | 76% | 83% | 0% |
| 10 | アフリカツメガエル | ニシツメガエル | 355.7 | XP_004919435 | 878 アミノ酸 | 71% | 83% | 0% |
| 11 | アステュアナクス・メキシカン | メキシカン・テトラ | 429.6 | XP_007259323 | 987 aa | 71% | 82% | 5.00E-09 |
| 12 | メダカ | メダカ | 429.6 | XP_011486278 | 991 aa | 58% | 71% | 0% |
| 13 | キャロリンクス・ミリ | オーストラリアオオサカタザメ | 482.9 | XP_007903851 | 931 aa | 65% | 79% | 0% |
| 14 | ストロンギロセントロトゥス・プルプラトゥス | ウニ | 747.8 | XP_011675415 | 884 aa | 39% | 58% | 7.00E-84 |
| 15 | オクトパス・ビマキュロイデス | カリフォルニアツースポットオクトパス | 847 | XP_014782587 | 1221 aa | 42% | 60% | 3.00E-127 |
| 16 | アメフラシ類 | ウミウサギ | 847 | BLASTでは検出されませんでした | 1384 aa | 42% | 63% | 3.00E-145 |
| 17 | オルッスス・アビエティヌス | スズメバチ | 847 | XP_012288999 | 1057 aa | 36% | 55% | 5.00E-100 |
| 18 | アッタセファロテス | ハキリアリ | 847 | XP_012054311 | 1154 aa | 35% | 55% | 9.00E-93 |
| 19 | ヘロブデラ・ロブスタ | ヒル | 847 | ESO07814 | 997 aa | 29% | 47% | 1.00E-50 |
| 20 | 線虫（Caenorhabditis elegans） | 線虫 | 847 | NP_871700 | 743アミノ酸 | 26% | 34% | 1.00E-25 |
| 21 | トリコプラックス・アダレンス | 該当なし | 936 | EDV25816 | 976 aa | 26% | 46% | 2.00E-11 |
モチーフ
| モチーフ情報[13] | 位置 |
|---|---|
| N-グリコシル化部位 | 33-36、40-43、109-112、867-870 |
| cAMP および cGMP 依存性タンパク質キナーゼのリン酸化部位。 | 238-241, 583-586, 794-797 |
| カゼインキナーゼIIのリン酸化部位 | 2～5、10～13、31～34、36～39、126～129、130～133、135～138、139～142、157～160、228～231、241～244、256～259、405～408、440～443、459～462、490～493、515～518、611～614、617～620、625～628、671～674、690～693、734～737、869～872、879～882 |
| ロイシンジッパーパターン | 588-609, 870-891 |
| N-ミリストイル化部位 | 32-37, 75-80, 86-91, 183-188, 721-726, 728-733, 745-750, 810-815, 828-833 |
| プロテインキナーゼCのリン酸化部位 | 12～14、35～37、49～51、146～148、228～230、243～245、250～252、278～280、347～349、371～373、405～407、417～419、490～492、500～502、581～583、592～594、596～598、682～684、690～692、825～827、869～871、895～897 |
| チロシンキナーゼリン酸化部位 | 134-141, 514-522 |
| カレン家プロフィール | 443-552 |
| K-Boxドメインプロフィール | 526-619 |
| ネブリンリピートプロファイル | 521-531 |
| セリンリッチ領域 | 710-747 |
| Rad50 亜鉛フックドメインプロファイル | 460-562 |
| ATP合成酵素B/B' CF(0) | 405-433 |
| α2マクログロブリンRAP、C末端ドメイン | 524-705 |
| トロポミオシン | 334-577 |
翻訳後修飾
CCDC186は、O-β-GlcNAc付加、リン酸化、核外輸送シグナル、リジンの糖化、GlcNAcのO-グリコシル化、N-グリコシル化、およびNetCorona部位を含む、複数の翻訳後修飾を受けると予測されています。[14]
臨床的意義
これまでの研究では、C10orf118のオープンリーディングフレームが腫瘍抗原L14-2を介して皮膚T細胞リンパ腫と関連していることが示されています。 [15]タンパク質CCDC186は、乳がん細胞株BC 8701でも正常値よりも高いレベルで検出されています。[16]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000165813 – Ensembl、2017年5月
- ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000035173 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ Oduru S, Campbell JL, Karri S, Hendry WJ, Khan SA, Williams SC (2003年6月). 「ハムスターにおける遺伝子発見：ハムスター精巣cDNAのシークエンシングによる遺伝子アノテーションのための比較ゲノミクスアプローチ」BMC Genomics . 4 (1): 22. doi : 10.1186/1471-2164-4-22 . PMC 161800 . PMID 12783626.
- ^ 「Entrez Gene: C10orf118 染色体10のオープンリーディングフレーム118」。
- ^ “PSORT II 予測”. psort.hgc.jp . 2016年4月24日閲覧。
- ^ “Home - UniGene - NCBI”. www.ncbi.nlm.nih.gov . 1997年6月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年4月24日閲覧。
- ^ abc "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu . 2003年8月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年4月24日閲覧。
- ^ 「* in Literature citations」www.uniprot.org . 2016年4月24日閲覧。
- ^ 「CCDC186 - コイルドコイルドメイン含有タンパク質186 - ホモサピエンス（ヒト） - CCDC186 遺伝子とタンパク質」。
- ^ 「BLAST: 基本的なローカルアライメント検索ツール」blast.ncbi.nlm.nih.gov . 2016年4月24日閲覧。
- ^ “Motif Scan”. myhits.isb-sib.ch . 2016年5月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2016年5月8日閲覧。
- ^ 「CBSへようこそ」www.cbs.dtu.dk . 2016年4月24日閲覧。
- ^ de la Peña M, García-Robles I (2010年9月). 「イントロン内のハンマーヘッド型リボザイムはヒトゲノムにおいて超保存性を示す」. EMBO Reports . 11 (9): 711–6 . doi :10.1038/embor.2010.100. PMC 2933863. PMID 20651741 .
- ^ D'Angelo, ML (2013). 「乳がん細胞における『未解析タンパク質C10orf118』の同定とヒアルロン酸代謝における役割」『マトリックス病態生物学、シグナル伝達、分子標的』
外部リンク
- UCSCゲノムブラウザにおけるヒトCCDC186ゲノムの位置とCCDC186遺伝子の詳細ページ
さらに詳しい
- Hartley JL、Temple GF、Brasch MA（2000年11月）「in vitro部位特異的組換えを用いたDNAクローニング」ゲノム研究、10（11）：1788–95、doi：10.1101/gr.143000、PMC 310948、PMID 11076863
- Hartmann TB, Thiel D, Dummer R, Schadendorf D, Eichmüller S (2004年2月). 「SEREX法による皮膚T細胞リンパ腫における新たな腫瘍関連抗原の同定」. The British Journal of Dermatology . 150 (2): 252–8 . doi :10.1111/j.1365-2133.2004.05651.x. PMID 14996095. S2CID 42495130.
- Wiemann S、Arlt D、Huber W、Wellenreuther R、Schleeger S、Mehrle A、Bechtel S、Sauermann M、Korf U、Pepperkok R、Sültmann H、Poustka A (2004 年 10 月)。 「ORFeome から生物学へ: 機能的ゲノミクス パイプライン」。ゲノム研究。14 (10B): 2136–44 .土井:10.1101/gr.2576704。PMC 528930。PMID 15489336。
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (2006年1月). 「LIFEdbデータベース 2006」. Nucleic Acids Research . 34 (データベース号): D415-8. doi :10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901 .
