力場実装の比較
これは分子力学力場を実装する注目すべきコンピュータ プログラムの表です。
| プログラム | OPLS | アンバー | チャーム | ガフ | MMFF | QVBMM | UFF | コメント |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| アワビ | アメリカ合衆国 | 94、96、99SB、03、GS、ii、自動FF発電機[ 1 ] | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | UFF- Dreidingのようなフィールド | タンパク質、DNA、リガンド の場合 |
| アンバー | はい | はい | v11以降の ビアチャンバーツール | はい | いいえ | いいえ | いいえ | |
| アスカラフデザイナー | アメリカ合衆国 | 94、99SB、03 | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | |
| アボガドロ | いいえ | いいえ | いいえ | はい | 94、94秒 | いいえ | はい | |
| バルーン | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | 94 | いいえ | いいえ | MMFF94のような |
| ボス | はい | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | |
| チャーム | はい* | はい* | はい* | CHARMM-GUI経由[ 2 ] | 完全なMMFF94だが、コードはメンテナンスされていないと噂されている | いいえ | いいえ | * 標準分布 |
| ガベディット | いいえ | はい | いいえ | はい | はい | いいえ | いいえ | |
| ガウスmmユーティリティ | いいえ | はい | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | はい | ドレイディングフィールド利用可能 |
| グロマックス | はい | はい* | はい* | はい | いいえ | いいえ | いいえ | * v4.5.0以降の標準配布 |
| 文部科学省 | AA | 89、94、99、拡張ヒュッケル理論も | 22、27 | いいえ | 94(s) | いいえ | いいえ | |
| NAMD | はい | はい | はい | はい | いいえ | いいえ | いいえ | |
| オープンバベル | いいえ | はい | いいえ | はい | 94、94秒 | いいえ | はい | |
| 質問 | はい | はい | はい | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | 生体高分子の場合 |
| ティンカー | UA、AA、AA/L | 94、96、98、99 | 19、27 | いいえ | 94 | いいえ | いいえ | タンパク質、有機分子の場合 |
| ヤサラ | いいえ | 94、96、99、03 | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | いいえ | 採用の絞り込みのためのカスタムフィールドを追加 |
参照
参考文献
