Y-STRマーカーのリスト

以下のリストにあるY-STRマーカーは、法医学[1]および系図DNA検査で一般的に使用されています。

DYS454 は最も多様性が低く、マルチコピーマーカー DYS464 は最も多様なY-STRマーカーです。

番号付きY-STRマーカーのY染色体上の位置は、細胞遺伝学的局在によって大まかに特定できます。例えば、DYS449はYp11.2に位置しており、これはY染色体、小腕、バンド1、サブバンド1、サブサブバンド2、つまりDYS449であることを意味します。[2]

法医学研究所では通常、PowerPlex Y（Promega Corporation）キットとYfiler（Applied Biosystems）キットを使用します。これらのキットはそれぞれ12個または17個のY-STRを検査します。系図DNA検査を行う研究所では、最大700個のY-STRを検査します。

突然変異率

突然変異率は、Chandler (2006) によって推定された世代あたりの値です。[3]引用されている推定誤差は通常+/- 15～20%です。観察された家系図に基づく代替推定値（法医学的使用を目的としているため、すべてのマーカーが網羅されているわけではありません）は、Y染色体ハプロタイプ参照データベースでも入手できます。

一部のトリヌクレオチドマーカーは、特定の反復長において、他の反復長よりも変異率が著しく高い場合があるようです。例えば、トリヌクレオチドDYS388の変異は、ほとんどのハプログループにおいて、11～13の値をとる場合、一般的に非常に緩やかです。しかし、ハプログループJでは、通常14～18の値をとるため、変異ははるかに大きく、変異もより急速です。同様に、トリヌクレオチドDYS392は、ハプログループNとQでは「速い」ことが報告されており、14～16の値をとることは他のグループでは稀です。[4]

Y-STRマーカー

STR注記DNA配列 繰り返しモチーフ対立遺伝子突然変異率リンク
DYS19=14DYS394を参照————
DYS385DYS385はマルチコピーマーカーであり、DYS385aとDYS385bを含みます。DYS385aとDYS385bの順序は逆になる場合があり、その配列はキットラー順序と呼ばれます。GAAA13～18歳0.00226NISTファクトシート
DYS388ATT170.00022 [5]
DYS389DYS389はマルチコピーマーカーであり、DYS389iとDYS389iiを含みます。DYS389iiはDYS389の全長を指します。したがって、DYS389iに1段階変異が発生すると、DYS389iiにもその変異が発現します。(TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA)i:13
ii:30		0.00186, 0.00242NISTファクトシート
DYS390（TCTA）（TCTG）230.00311NISTファクトシート
DYS391TCTA110.00265NISTファクトシート
DYS392タット110.00052 [5]NISTファクトシート
DYS393DYS393 はDYS395とも呼ばれます。アガット120.00076NISTファクトシート
DYS394DYS394 はDYS19とも呼ばれます。タガ140.00151NISTファクトシート
DYS413Y DNAの回文領域で発見21-22
DYS425DYS425は、測定可能な場合、非常に安定しています。しかし、実際には複数の部分からなるマーカーDYF371（下記）の1つのコピーであるため、recLOH変異によって他のコピーが上書きされ、測定不能になることがよくあります。例えば、DYS425はI-M38（I2a2a1a1、旧I1b2a1）の定義SNPと関連しており、SNP M284はこのマーカーでヌル値を示す可能性があります。E -M96およびそのサブクレードのほとんどのメンバーもヌル値を示します。とはいえ、これはOxford Ancestorsが当初提供していた数少ないマーカーの1つであり、Family Tree DNAは後に系図学者にも提供することを選択しました。TGT12[5]
DYS426GTT110.00009 [5]NISTファクトシート
DYS434TAAT（CTAT）9NISTファクトシート
DYS435TGGA
11
DYS436GTT12[5]
DYS437TCTA140.00099NISTファクトシート
DYS438TTTTC100.00055NISTファクトシート
DYS439DYS439はY-GATA-A4とも呼ばれます。DYS439はハプログループR1b1c9aを定義するSNPと関連しており、このマーカーではSNPがヌル値を表現できるためです。アガット120.00477NISTファクトシート
DYS441CCTT15新しいマルチプレックスPCRシステム
DYS442TATC110.00324新しいマルチプレックスPCRシステム
DYS443TTCC
0
DYS444タガ11新しいマルチプレックスPCRシステム
DYS445TTTA11新しいマルチプレックスPCRシステム
DYS446TCTCT14ソレンソンマーカーの詳細
DYS447タアワ​​260.00264NISTファクトシート
DYS448アガット200.00135NISTファクトシート
DYS449TTTC250.00838ソレンソンマーカーの詳細
DYS450うわー8
DYS452Y ATAC29
DYS453AAAT0
DYS454
DYS454は、系図DNA検査で一般的に用いられるY-STRマーカーの中で最も変異の少ないマーカーです。Ybaseに登録されているDYS454のエントリのうち、96%は11回の繰り返し、3%は10回の繰り返し、2%は12回の繰り返しを持っています（出典）。AAAT110.00016
DYS455AAAT110.00016ソレンソンマーカーの詳細
DYS456アガット140.00735ソレンソンマーカーの詳細
DYS458GAAA180.00814ソレンソンマーカーの詳細
DYS459これはマルチコピーマーカーであり、DYS459a と DYS459b が含まれます。タア8-90.00132
DYS460DYS460 は元々 Y-GATA-A7.1 として知られていました。アタグ100.00402NISTファクトシート
DYS461DYS461 は元々 Y-GATA-A7.2 として知られていました。（タガ）カガ11NISTファクトシート
DYS462タット11
DYS463AA R GG22
DYS464
DYS464は、多コピー性の回文マーカーです。男性は通常、DYS464a、DYS464b、DYS464c、DYS464dといった4つのコピーを持ちます。4つより少ないコピー数や4つより多いコピー数を持つ場合もあり、その場合はDYS464e、DYS464fなどと呼ばれます。DYS464は、Y-STRマーカーの中で最も多様な値の範囲を誇ります（出典）。このマーカーは、解像度を高めるために、g型とc型を別々にタイピングすることもあります。この型の差異は、ほとんどのR1bハプログループの男性に見られるSNPに基づいています。これはY DNAの回文領域の一部です。CCTT12-14-16-170.00566多コピーY-STRマーカーDYS464の法医学的価値

DYS464X テスト
DYS464 の矛盾

DYS481CTT26[5]
DYS485TTA15[5]
DYS487ATT13[5]
DYS490TTA12[5]
DYS494タット9[5]
DYS495AAT15[5]
DYS497タット15[5]
DYS50414
DYS505TCCT13
DYS508TATC0
DYS518AAAG0NIST通信キット
DYS520アタS21
DYS522ガタ13
DYS525タガ10
DYS531AAAT11
DYS532CTTT10
DYS533ATCT11
DYS534CTTT15
DYS540TTAT11
DYS549アガット13
DYS556AATA12
DYS557TTTC18
DYS565タア11
DYS570TTTC12-230.00790
DYS572AAAT12
DYS573TTTA0
DYS575AAAT8～12歳
DYS576AAAG170.01022
DYS578AAAT8
DYS589TTATT11
DYS590うわー8
DYS594タアア10
DYS607AAGG140.00411
DYS612
DYS614
DYS626AAAG
DYS627AAAG0NIST通信キット
DYS632キャット8
DYS635Y-GATA-C4とも呼ばれるT S TA化合物210.0046NISTファクトシート
DYS63611
DYS638TTTA11
DYS641タア10
DYS643くっそ9
DYS710GAAA36
DYS714TTTTC25
DYS716CCATT27
DYS717TGTAT20
DYS724回文形式。CDYとも呼ばれる。33-350.03531
DYS725回文
DYS726動原体周囲領域の YSTR マーカー。12
DYF371DYF371は、多コピー性の回文領域マーカーです。DYS425マーカーを含み、このマーカーがヌル値の場合に有用な情報となります。12
DYF385S1DYS459のすぐ近くに重複したYSTRマーカー8-9
DYF387S1 a/bRAAG0NIST通信キット
DYF397DYF397 は回文領域マーカーです。
DYF399
Y 染色体の回文領域における欠失および組み換え再配置を観察するために使用できる非対称の 3 つの対立遺伝子 STR 遺伝子座。17-29（不完全対立遺伝子多数）命名法
DYF401DYF401 は回文領域マーカーです。
DYF406S111
DYF408DYF408 は回文領域マーカーです。
DYF411DYF411 は回文領域マーカーです。
DXYS156
YCAIIYCAIIはYCAIIaとYCAIIbを含むマルチコピーマーカーである。22-220.00123
Y-GATA-H4タガ100.00208NISTファクトシート
Y-GATA-C4DYS635を参照
Y-GATA-A10タガ14NISTファクトシート
Y-GGAAT-1B0711

Y-STRアレル命名法

DNA検査会社や検査機関によっては、同じY-STRアレルを異なる命名法で指定することがあります。そのため、異なる会社から得られたY-STR結果を正確に比較するには、このような場合に変換を適用する必要があります。最も一般的な命名法は、歴史的に様々な会社によって異なる報告がなされてきたY-STRマーカーについて、 NISTが提供したガイダンスに基づいています。NIST標準は、ISOGG（国際遺伝子系譜学会）が遺伝子系譜会社向けに提案したものです。[6] [7]

注釈と参考文献

  1. ^ 「ジョン・バトラー氏とNISTヒューマン・アイデンティティ・プロジェクトチームのメンバーへのインタビュー」JoGG。2016年7月1日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012年8月11日閲覧。
  2. ^ GDBヒトゲノムデータベースのDYS449
  3. ^ Chandler (2006) Archived 2016-06-29 at the Wayback Machine (ただし、このメーリングリストの議論も参照)
  4. ^ 「GENEALOGY-DNA-Lアーカイブ — DYS 388変異率?」。2007年10月3日時点のオリジナルよりアーカイブ。2007年2月27日閲覧。
  5. ^ abcdefghijkl トリヌクレオチド - #変異率を参照
  6. ^ 「マーカー基準」. Sorenson Molecular Genealogy Foundation. 2012年7月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2012年8月11日閲覧。
  7. ^ マティセン、ダイアナ・ゲイル（2011年7月19日）「SMGF、AncestryDNA、FamilyTreeDNA間のY-DNA STR検査結果の変換」2012年8月11日閲覧。
  • Kayser et al. (2004), A Comprehensive Survey of Human Y-Chromosomal Microsatellites Am. J. Hum. Genet., 74 1183–1197. 注：オンラインのみのデータファイル
  • Krahn, Thomas. 「Y-STR指紋 - パネル」（PDF） .価格表 DNA指紋 - 系図検査サービス. 2023年3月27日時点のオリジナル（PDF）からアーカイブ。 2012年8月11日閲覧。
  • バトラー、ジョン・M. (2012年1月9日). 「Y染色体STR」.ショートタンデムリピートDNA . NIST標準参照データベースSRD 130. 2023年2月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2012年8月11日閲覧。
  • バトラー、ジョン；クライン、デッカー (2009年6月29日). 「Y染色体STR遺伝子座の概要リストと利用可能なファクトシート」. NIST標準参照データベースSRD 130. 2019年6月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2012年8月11日閲覧。

参照

  • Y STRファクトシート
  • Y-DNA検査会社 STRマーカー比較表
  • SMGF Yマーカーの詳細
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