EM生物学
EmBiology （旧称EMBiology）は、エルゼビアが提供するWebベースのSaaS（Software as a Service ）ツールであり、研究者は遺伝子、タンパク質、細胞などのエンティティ間の生物学的関係を表示することができます。[1]
2023年に開始されたEmBiologyは、1570万の関係で結びついた140万のエンティティを持つ生物学知識グラフを照会します。 [1]サンキーダイアグラムを使用して検索結果を視覚化し、関連する科学文献からのテキストの「スニペット」を表示します。
以前のバージョン
EmBiologyはもともと2005年にOvid Technologiesとの提携により、 Embaseの小型版として生命科学書誌データベースとしてEMBiologyとして開始されました。[2]
コンテンツ範囲
EmBiologyデータソースには以下が含まれる: [3]
- 720万件のPubMed抄録
- Clinicaltrials.govから430,000件
- エルゼビアの936誌とエルゼビア以外の939誌の720万件の全文記事
生物学的概念
EmBiologyには以下の生物学的概念が含まれています: [4]
| コンセプト | 説明 |
|---|---|
| 薬物と化学物質 | 天然に存在する代謝物、細胞内に存在する小分子、医薬品（小分子および生物学的製剤を含む） |
| 病気 | 健康状態と病気の用語 |
| タンパク質 | 遺伝子と遺伝子産物（タンパク質とmiRNAを含む）の両方を表します |
| 関数クラス | 生物学的機能に基づくタンパク質の分類 |
| タンパク質複合体 | 物理的相互作用により複合体を形成する1つ以上のポリペプチド |
| 遺伝子変異 | SNPIDとテキストで検索可能な変異 |
| 細胞 | 哺乳類細胞の種類と細胞株 |
| 細胞プロセス | 生物学的プロセス（例：アポトーシス、炎症） |
| 臓器 | 哺乳類の臓器の種類 |
| ティッシュ | 哺乳類の組織の種類 |
| ウイルス | 感染症を引き起こす物質 |
| 臨床パラメータ | 臨床現場で用いられる人体の測定パラメータ |
| 処理 | 非化学処理と環境条件 |
| セルオブジェクト | 細胞小器官、細胞構造成分 |
生物学的関係
EmBiologyには以下の生物学的関係が含まれています[5]
| 関係 | 説明 | 例 |
|---|---|---|
| 表現 | 転写産物またはタンパク質の安定性のレベルに影響を与えることでタンパク質の量を変化させる | MDM2はTP53と負の「発現」関係にある |
| miRNAの効果 | miRNAによるmRNA標的への阻害効果 | miR-30はTP53と負の「miRNAEffect」関係にある |
| プロモーター結合 | 遺伝子のプロモーターに結合する | FOXC1はMMP7と正の「プロモーター結合」関係を持っている |
| 規制 | 未知のメカニズム（直接的または間接的）によって活動が変化する | SOCS3は糖尿病と正の「調節」関係がある |
| 直接規制 | 直接的な物理的相互作用によって活動に影響を与える | BRCA1はBARD1と「直接制御」関係にある |
| バインディング | 2つの分子間の直接的な物理的相互作用 | FANCD2はBRCA1と「結合」関係にある |
| タンパク質の修飾 | 通常は直接的な相互作用によって標的分子の修飾を変化させる | SRCはGRB2と「ProtModification」関係にある |
| バイオマーカー | 疾患の予後または診断バイオマーカーとなるタンパク質/複合体/機能クラス/代謝物の同定 | 肺がんはIL6と「バイオマーカー」の関係がある |
| 遺伝的変化 | 遺伝子の欠失、増幅、突然変異、エピジェネティックな変化などの遺伝的変化 | 肺がんはALKと「遺伝的変化」の関係がある |
| 量的変化 | 疾患状態における遺伝子/タンパク質/小分子の存在量/活性/発現の変化 | 乳がんはAGKと正の「定量的変化」関係がある |
| 状態の変化 | タンパク質の翻訳後修飾状態または選択的スプライシングイベントの変化 | 乳がんはエストロゲン受容体と「状態変化」の関係がある |
| 機能関連 | 病気と細胞プロセスまたは他の病気の間 | 慢性膵炎は膵臓がんと「機能的関連」関係にある |
| 化学反応 | 酵素触媒または自発的な化学反応 | CYP3Aはチカグレロルと「化学反応」関係にある |
| 分子合成 | ターゲットの濃度を変える | CYP3Aはミダゾラムと「MolSynthesis」関係にある |
| 分子輸送 | ターゲットの位置を変更する | タモキシフェンはMAPK3と正の「MolTransport」関係を持っている |
| 臨床試験 | 病気に対する薬の臨床試験（CT.govより） | タモキシフェンは乳がんと良好な「臨床試験」関係がある |
| 細胞発現 | 細胞内または細胞表面でのタンパク質の発現 | 肝細胞はEGFRと「CellExpression」の関係がある |
参考文献
- ^ ab 「エルゼビア、創薬を加速させる生物学的活動に関する比類のない洞察を提供するEmBiologyを発表」elsevier.com . 2023年9月18日閲覧。
- ^ EMBiologyの説明「OvidとElsevierが独占提携を発表…」（オンライン） Ovid Technologies, Inc. 2005年。 2011年1月30日閲覧。プレスリリース
- ^ 「洞察のために構造化された生物学データ | EmBiology | Elsevier」. beta.elsevier.com . 2023年9月18日閲覧。
- ^ 「EmBiologyにはどのような生物学的概念が含まれていますか？ – EmBiologyサポートセンター」service.elsevier.com . 2023年9月18日閲覧。
- ^ 「EmBiologyではどのような生物学的関係が抽出されるのか？ – EmBiologyサポートセンター」service.elsevier.com . 2023年9月18日閲覧。
