EMBネット

欧州分子生物学ネットワーク（EMBnet ）は、バイオインフォマティクスの専門知識と能力を結集することでバイオインフォマティクスサービスの強化を目指す国際的な科学ネットワークおよび利益団体です。 [1] 2011年現在、EMBnetは32カ国に37のノードを有しています。ノードには、バイオインフォマティクス関連の大学の学部、研究機関、および国のサービスプロバイダーが含まれます。

オペレーション

EMBnetノードの主な任務は、各国の科学コミュニティにバイオインフォマティクスデータバンク、専門ソフトウェア、そして十分なコンピューティングリソースと専門知識へのアクセスを提供することです。EMBnetは、バイオインフォマティクスのトレーニングとソフトウェア開発の分野にも取り組んでいます。EMBnetメンバーによって開発されたソフトウェアの例としては、 EMBOSS、wEMBOSS、[2] UTOPIAなどが挙げられます。

EMBnetは幅広いユーザーグループを代表しており、EMBLの欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）、スイス・バイオインフォマティクス研究所（Swiss-Prot）、ミュンヘン・タンパク質配列情報センター（MIPS）などのデータベース制作者と緊密に連携し、ヨーロッパ全域にわたる均一なサービスの提供に努めています。EMBnetは、オランダにおいて公的財団（Stichting ）として登録されています。

EMBnetは1988年の設立以来、生物学データベースの維持管理を担当する個人による非公式なネットワークから、遺伝学および分子生物学の拡大する分野に貢献するためにバイオインフォマティクスの専門家を結集する唯一の世界的組織へと発展しました。EMBnetは主に学術機関で構成されていますが、産業界のメンバーからも重要な側面を得ています。EMBnetの成功は、ヨーロッパ以外の地域でもますます多くの組織からの参加を惹きつけています。

EMBnet には、トレーニング コースの編成、技術サポートの提供、メンバーが効果的に交流し、単一の機関では実現できない方法で生物学研究の急速に変化するニーズに対応できるようにするための、実証済みのインフラストラクチャがあります。

2005年、組織は1か国につき複数のメンバーを擁することができるよう、ノードの種類を追加しました。新しいカテゴリ名は「関連ノード」です。

調整と組織

EMBnet は年次総会 (AGM) によって統治され、3 つのプロジェクト委員会の活動を監督する執行委員会 (EB) によって調整されます。

  • 教育訓練委員会（E&T）。教育支援には、加盟国および加盟言語で開催される一連のコースが含まれており、委員会はオンラインでアクセス可能な教育資料の継続的な開発にも取り組んでいます。
  • 広報委員会（P&PR）。この委員会は、EMBnetのあらゆる活動の促進、EMBnetコミュニティが提供する製品やサービスの宣伝、EMBnetの認知度向上を目的とした新たな戦略の提案と開発、そしてEMBnetコミュニティや関連ネットワーク／団体との広報関係の構築を担当します。
  • テクニカルマネージャ委員会（TM）。TM PCは、参加ノードとそのユーザーに支援と実践的なサポートを提供します。

実績

EMBnet は生物学分野初のGopherおよびWorld Wide Webサーバー(CSC BioBox) を擁していました。

EMBnet は、インターネット (NDT)、分散コンピューティング (HASSLE)、効率的なデータベースの参照とリンク (シーケンス検索システム、SRS) を使用して、データベースを毎日更新するソリューションを初めて考案しました。

Ping プロジェクトは、ヨーロッパ全体のネットワーク効率に関する情報を継続的に取得する手段として作成されました。

EMBnetは、最新のソフトウェアアルゴリズム（拡張GCGまたはEGCG [3] ）をユーザーに無料で提供することに尽力しており、最先端のパブリックソフトウェア（EMBOSS）の開発を続けています。

EMBER：欧州マルチメディアバイオインフォマティクス教育リソース。EMBERは、欧州連合（EU）の資金提供を受けたマルチメディアバイオインフォマティクス教育ツールスイートの開発を目的としたプロジェクトです[4] 。EMBERは、バイオインフォマティクスに関する自己完結型のインタラクティブな Webチュートリアルと、同等のCD-ROM版スタンドアロンコースで構成されています。

EMBnetコミュニティは、査読付きジャーナル「Briefings in Bioinformatics (BiB) 」の創刊に携わりました。BiBはEMBnetからの教育助成金も受けています。

バイオインフォマティクス学習・教育・訓練のための世界組織（GOBLET）は、2012年のEMBnet年次総会で非営利団体として設立されました。[5] [6]

ジャーナル

EMBnet.ジャーナル
規律バイオインフォマティクス
言語英語
編集者エリック・ボンカム・ルドロフ
出版の詳細
歴史2010年現在
出版社
EMBネット
頻度四半期ごと
はい
標準的な略語
ISO 4EMBnet.ジャーナル
インデックス作成
ISSN2226-6089
リンク
  • ジャーナルのホームページ
  • オンラインアクセス
  • オンラインアーカイブ

EMBnetは1994年から2009年までEMBnet.newsを発行していました。[7]その主な目的は、ネットワークの最新のニュースや開発に関する情報とレポートをユーザーコミュニティに提供することでした。

EMBnet.newsの後継として2010年に設立されたEMBnet.journal（巻号は継続）は、バイオインフォマティクス分野におけるオリジナルの研究論文と技術論文を掲載する査読付き オープンアクセス 科学誌です。[8] [9]このジャーナルは、研究論文、レビュー、技術ノートを掲載するセクションと、査読なしの解説、ルポルタージュ、ユーザーガイド、トレーニング情報、ニュースを掲載するセクションの2つに分かれています。また、 EMBnet.journalは、会議録や会議要旨も付録として掲載しています。

参考文献

  1. ^ ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。 「EMBnet 20 周年: ライフ サイエンス コミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC  2697632。PMID  19534734。
  2. ^ Martín Sarachu; Marc Colet (2005). 「wEMBOSS: EMBOSS用ウェブインターフェース」.バイオインフォマティクス. 21 (4): 540– 541. doi : 10.1093/bioinformatics/bti031 . PMID  15388516.
  3. ^ "EGCG 8.0". cmgm.stanford.edu .
  4. ^ TKAttwood; I.Selimas; R.Buis; R.Altenburg; R.Herzog; V.Ledent; V.Ghita; P.Fernandes; I.Marques; M.Brugman (2005). 「EMBERプロジェクト報告書 - 欧州マルチメディアバイオインフォマティクス教育リソース」Bioscience Education e-Journal . 6–4 . 2011年12月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2011年11月24日閲覧。
  5. ^ "GOBLET | EMBnet". www.embnet.org . 2016年8月26日閲覧。
  6. ^ Atwood, Teresa K.; Bongcam-Rudloff, Erik; Brazas, Michelle E.; Corpas, Manuel; Gaudet, Pascale; Lewitter, Fran; Mulder, Nicola; Palagi, Patricia M.; Schneider, Maria Victoria; van Gelder, Celia WG; Welch, Lonnie (2015年4月9日). "GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training". PLOS Computational Biology . 11 (4) e1004143. Bibcode :2015PLSCB..11E4143A. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004143 . PMC 4391932. PMID  25856076 . 
  7. ^ 「アーカイブ」. journal.embnet.org .
  8. ^ ドメニカ・デリア;アンドレアス・ジゼル。ニルス＝アイナー・エリクソン。ソフィア・コシダ。キンモ・マッティラ。ルボス・クルーカーとエリック・ボンカム＝ルドロフ (2009)。 「EMBnet 20 周年: ライフ サイエンス コミュニティにおけるバイオインフォマティクスの 20 年」。BMCバイオインフォマティクス。10 (補足 6): S1。土井：10.1186/1471-2105-10-S6-S1。PMC 2697632。PMID  19534734。 
  9. ^ ダブリン、マシュー. 「EMBnet.newsが新たなバイオインフォマティクスジャーナルに変貌」. genomeweb.com . 2013年1月14日閲覧。
  • 公式サイト
  • エンバー
  • EMBnet.ジャーナル
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