ヒトメタボロームデータベース

ヒトメタボロームデータベース
コンテンツ
説明メタボロミクスデータベース

キャプチャされたデータの種類		ヒト代謝物の構造、代謝物の説明、代謝物の反応、代謝物の酵素とトランスポーター、ヒトの酵素とトランスポーターの配列、ヒトの代謝経路、ヒトにおける正常および異常な代謝物濃度、関連する疾患、化学的性質、命名法、同義語、化学分類、代謝物のNMRスペクトル、代謝物のGC-MSスペクトル、代謝物のLC-MSスペクトル
接触
研究センターアルバータ大学とメタボロミクスイノベーションセンター
研究室デビッド・S・ウィシャート
主な引用HMDB: ヒトメタボロームデータベース。[1]
アクセス
Webサイトhttp://www.hmdb.ca
ダウンロードURLhttp://www.hmdb.ca/downloads
その他
データ公開
頻度		2年ごとに毎月修正と更新を実施
キュレーションポリシー手動でキュレーション

ヒトメタボロームデータベース（HMDB）[1] [2] [3] [4]は、ヒトの体内で見つかる低分子 代謝物の包括的なオンラインデータベースです。これは、ゲノムカナダ[5]が資金提供しているヒトメタボロームプロジェクトによって作成され、最初の専用メタボロミクスデータベースの1つです。HMDBは、 NMR分光法、GC-MS分光法、 LC/MS分光法を使用したヒト代謝物の同定と特性評価を含む、ヒトメタボロミクス研究を促進します。この発見プロセスを支援するために、HMDBには、1)化学データ、2)臨床データ、および3)分子生物学/生化学データの3種類のデータが含まれています（図1～3）。化学データには、詳細な説明が付いた41,514の代謝物構造と、約10,000のNMR、GC-MS、LC/MSスペクトルが含まれています。

臨床データには、10,000を超える代謝物-体液濃度に関する情報と、600を超えるさまざまなヒト疾患に関する代謝物濃度情報が含まれています。生化学データには、5,688のタンパク質（およびDNA）配列と、これらの代謝物エントリにリンクされている5,000を超える生化学反応が含まれています。[5] HMDBの各代謝物エントリには110を超えるデータフィールドが含まれており、情報の2/3は化学/臨床データに、残りの1/3は酵素または生化学データに充てられています。多くのデータフィールドは、他のデータベース（KEGG、MetaCyc、PubChem、Protein Data Bank、ChEBI、Swiss-Prot、およびGenBank）やさまざまな構造およびパスウェイ表示アプレットにハイパーリンクされています。HMDBデータベースは、広範なテキスト、配列、スペクトル、化学構造、リレーショナルクエリ検索をサポートしています。メタボロミクス、臨床化学、バイオマーカーの発見、一般的な生化学教育で広く使用されています。

HMDBデータベース群には、DrugBank、[6] [7] [8] 毒素データベース、[9] SMPDB [10]およびFooDBの4つの追加データベースも含まれています。DrugBankには約1,600種類の薬物および薬物代謝物に関する情報が含まれており、T3DBには3,100種類の一般的な毒素および環境汚染物質に関する情報が含まれています。SMPDBには700種類のヒト代謝および疾患経路の経路図が含まれており、FooDBには約28,000種類の食品成分および食品添加物に関する情報が含まれています。

バージョン履歴

HMDBの最初のバージョンは2007年1月1日にリリースされ、[1]その後、2009年1月1日（バージョン2.0）[2] 、 2009年8月1日（バージョン2.5）、2012年9月18日（バージョン3.0）[4]、2013年1月1日（バージョン3.5）[11] 、 2017年（バージョン4.0） [ 12] 、 2022年（バージョン5.0）[11]に2つのバージョンがリリースされました。HMDBの各主要バージョン（バージョン5.0まで）の詳細は、表1に示されています。

表1. HMDBバージョンの内容比較
データベース機能またはコンテンツのステータスHMDB (v1.0)HMDB (v2.0)HMDB (v3.0)HMDB (v4.0)HMDB（v5.0）
代謝物の数2,1806,40837,170114,100220,945
ユニークな代謝産物同義語の数27,70043,882152,364−−
疾患との関連性がある化合物の数8621,0023,94822,60522,600
生体液または組織濃度データを持つ化合物の数8834,4136,796−−
化学合成文献のある化合物の数2201,6478,86372,60478,841
実験参照1Hおよび13C NMRスペクトルを持つ化合物の数3857921,0542,80112,216
参照MS/MSスペクトルを持つ化合物の数3907991,2491,5444,064
参照GC-MS参照データを持つ化合物の数02798847,41811,493
ヒト特異的経路マップの数2658442−−
ヒトメタボロームライブラリの化合物数6079201,031−−
HMDBデータフィールドの数91102114130130
予測される分子特性の数2210−−

範囲とアクセス

HMDBのすべてのデータは非独占的であるか、非独占的情報源から取得されています。誰でも自由にアクセスでき、利用可能です。さらに、ほぼすべてのデータ項目は完全に追跡可能であり、元の情報源への参照が明示的に示されています。HMDBのデータは、公開Webインターフェースとダウンロードを通じて入手できます。

参照

参考文献

  1. ^ abc Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona;デリック・クライヴ；ラス・グレイナー；リアン・リー；トム・マリー；ブライアン・D・サイクス；ハンス・J・フォーゲル；ロリ・クエレンゲッサー（2007年1月1日）「HMDB：ヒト代謝遺伝子データベース」Nucleic Acids Research . 35 (D1): D521 – D526 . doi :10.1093/nar/gkl923. PMC  1899095 . PMID  17202168.
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  11. ^ ab 「ヒトメタボロームデータベースリリースノート」。
  12. ^ ウィシャート、デヴィッド S.;ジャンブ・フナン、ヤニック。マルク、アナ。郭、安智。リャン、ケビン。バスケス・フレズノ、ローザ。サジェド、タンヴィール。ジョンソン、ダニエル。リー、カリン。カル、ナーマ。サイーダ、ジナット。やあ、エルヴィス。アセンプール、ナザニン。ベルジャンスキー、マーク。シンハル、サンディープ。デヴィッド・アーント。リャン、ヨンジエ。バドラン、ハサン。グラント、ジェイソン。セラ・カユエラ、アルナウ。劉亦峰。マンダル、ルパ。ヌヴー、ヴァネッサ。ポン、アリソン。ノックス、クレイグ。ウィルソン、マイケル。マナッハ、クロディーヌ。スカルバート、オーギュスティン（2018年1月4日）。 「HMDB 4.0: 2018 年のヒトメタボローム データベース」。核酸研究。46 (D1): D608 – D617 . doi :10.1093/nar/gkx1089. PMC 5753273 . PMID  29140435.  
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