シンクリップ

シンクリップ
利用可能な構造
PDBオーソログ検索: PDBe RCSB
識別子
エイリアスSYNCRIP、GRY-RBP、GRYRBP、HNRNPQ、HNRPQ1、NSAP1、PP68、hnRNP-Q、シナプトタグミン結合細胞質RNA相互作用タンパク質
外部IDオミム：616686; MGI : 1891690;ホモロジーン: 4648;ジーンカード：SYNCRIP; OMA :SYNCRIP - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

10492

56403

アンサンブル

ENSG00000135316

ENSMUSG00000032423

ユニプロット

O60506

Q7TMK9

RefSeq (mRNA)

NM_001284328
NM_019666
NM_019796
NM_001311113

RefSeq（タンパク質）

NP_001271257
NP_001298042
NP_062640
NP_062770

場所（UCSC）6章: 85.61 – 85.64 Mb9章: 88.33 – 88.36 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
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シナプトタグミン結合細胞質RNA相互作用タンパク質（SYNCRIP）は、異種核リボ核タンパク質（hnRNP）QまたはNS1関連タンパク質-1（NSAP-1）としても知られ、ヒトではSYNCRIP遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5] [6] [7]その名前が示すように、SYNCRIPは主に細胞質に局在する。[8]真核生物全体で進化的に保存されており、特に神経細胞と筋肉の発達において、いくつかの細胞経路と疾患経路に関与している。[9]ヒトでは、3つのアイソフォームがあり、それらはすべて、 mRNAのターンオーバーを含む、 pre- mRNA、mRNAスプライシング中間体、および成熟mRNA-タンパク質複合体とin vitroで関連付けられている。 [10]

構造と機能

この遺伝子は、普遍的に発現する異種核リボ核タンパク質（hnRNP）のサブファミリーに属します。hnRNPはRNA結合タンパク質であり、異種核RNA（hnRNA）と複合体を形成します。

SYNCRIPは、「酸性ドメイン」（AcD）として知られるN末端ヘリックス束と、それに続く短いリンカーで分離された3つの連続したRNA認識モチーフ（RRM）、およびC末端の「RGGボックス」と呼ばれるアルギニン-グリシンに富むドメインで構成されています。RRMはRNA結合に役割を果たし、AcDはタンパク質間相互作用（PPI）に関与します。RGGボックスはRNA結合とPPIの両方に関係しています。AcDはSYNCRIPとその核ホモログhnRNP Rに特有であり、APOBEC-1との相互作用に関係しています。[11]これは、5つのαヘリックスからなる自己折り畳み式の全ヘリックスドメインで、大きな疎水性空洞と、負に帯電した表面領域に加えて潜在的な相互作用部位として正に帯電した表面領域を含み、他の既知のタンパク質には構造的相同性がありません。[11] [12]疎水性コアは主にロイシン残基で構成され、表面は15個の酸性残基と13個の塩基性残基で構成され、これらが広大な相互作用ネットワークを形成しています。[12] AcDは独自のα- β -βユニットによってRRM1に結合し、主に疎水性相互作用によって媒介される「拡張RRMフォールド」を形成します。[12] RGGボックスは、かなり規則的な間隔で多数のArg-Gly-Glyリピートを含む非構造領域です。SYNCRIPにはこのようなリピートが8つあります。このドメインは、他の結合ドメインが存在しない場合でも、タンパク質とRNAに独立して結合できます。[13]このドメインはアルギニン含有量が豊富ですが、通常のアルギニンに富むRBPで見られるようなアルギニンに富むクラスターは存在しません。[13]

アイソフォーム1は、アポリポタンパク質B （アポB）mRNAエディトソーム複合体の構成要素であり、アポB mRNA編集酵素触媒ペプチド1（APOBEC-1）、APOBEC-1相補因子（ACF）、またはRNA自体に直接結合することにより、アポB mRNAの転写後CからUへのRNA編集を 調節する。 [6]アイソフォーム1はまた、主要コード領域不安定性決定因子（mCRD）ドメインを介してc-Fos mRNAの細胞質脱アデニル化および翻訳と崩壊の相互作用において他のRBPと関与していることが示唆されている。[14]

アイソフォーム 2 の機能は、まだ明確に解明されていません。

アイソフォーム3は、シナプトタグミン（SYT）との相互作用を介して細胞質小胞ベースのmRNA輸送に関与している。 [8]このアイソフォームは、ヒトにおいてガンマインターフェロン（IFNγ）活性化翻訳阻害因子（GAIT）複合体の構成要素でもあり、炎症プロセスにおいてIFNγ誘導性の転写選択的翻訳阻害を媒介する。[15] IFN-γが活性化されると、SYNCRIPはGAIT複合体に組み立てられ、多様な炎症性mRNAの3'非翻訳領域（3'-UTR）にあるステムループを含むGAIT要素に結合して翻訳を抑制するが、これはGAIT複合体の全体的な機能には必須ではないようである。[15]

相互作用

SYNCRIPはACF、[6] [16] APOBEC1、[6] SYT7、[8] SYT9と相互作用することが示されている。[8]

参考文献

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さらに読む

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