KDM2B

KDM2B
利用可能な構造
PDB	オーソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	4O64
識別子
エイリアス	KDM2B、CXXC2、FBXL10、Fbl10、JHDM1B、PCCX2、リジン脱メチル化酵素2B
外部ID	オミム：609078; MGI : 1354737;ホモロジーン: 13069;ジーンカード：KDM2B; OMA :KDM2B - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
キリスト	12番染色体（ヒト）
終わり	121,581,023 bp
遺伝子の位置（マウス）
キリスト	5番染色体（マウス）
終わり	1億2312万7886塩基対
RNA発現パターン
	上位の表現
	腕の皮膚; ; 回腸粘膜; ; 口腔粘膜細胞; ; 神経節隆起; ; 心室帯; ; 小脳虫部; ; 胸腺; ; 鼻咽頭上皮; ; 単球; ; 前脛骨筋;
	上位の表現
	接合子; ; 神経節隆起; ; 一次卵母細胞; ; 二次卵母細胞; ; 精母細胞; ; 桑実胚; ; 精子細胞; ; 中脳; ; 胚葉上層; ; 神経管;
	より多くの参照表現データ
	該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能	DNA結合; rRNA結合; 亜鉛イオン結合; ジオキシゲナーゼ活性; 金属イオン結合; ヒストン脱メチル化酵素活性; タンパク質結合; ヒストンH3-メチルリジン-36脱メチル化酵素活性; RNA結合; 酸化還元酵素活性; RNAポリメラーゼIIシス調節領域配列特異的DNA結合;
細胞成分	核質; 核小体; PcGタンパク質複合体; 核; 染色体;
生物学的プロセス	ニューロンのアポトーシス過程の負の調節; 中脳後脳境界の形態形成; 転写の制御、DNAテンプレート; 側脳室の発達; ヒストンH2Aモノユビキチン化; 神経前駆細胞の増殖の負の制御; 後脳の発達; RNAポリメラーゼIIによる転写の負の制御; 転写、DNAテンプレート; 第三脳室の発達; 細胞増殖の正の調節; 胚のカメラ型眼の形態形成; ヒストンH3-K36の脱メチル化; 精子形成; 前脳の発達; 幹細胞集団維持の正の調節; 神経管閉鎖の開始; 中脳の発達; 第四脳室の発達; クロマチン組織;
	出典：Amigo / QuickGO
オルソログ
	84678
	30841
	ENSG00000089094
	ENSMUSG00000029475
	Q8NHM5
	Q6P1G2
	NM_001005366 ; NM_032590
NM_001003953 ; NM_001005866 ; NM_013910 ; NM_001378863 ; NM_001378864;
	NM_001378865
	NP_001005366 ; NP_115979
	NP_001003953 ; NP_038938 ; NP_001365792 ; NP_001365793 ; NP_001365794
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

ヒトKDM2B 遺伝子は、タンパク質リジン（K）特異的脱メチル化酵素2Bをコードしている。^[5]

組織および細胞内分布

KDM2Bは、胚組織（特に脊椎動物の発達中の中枢神経系）において広く高発現しています。KDM2Bの発現は、成体においてもほとんどの臓器で維持されています。^[6]このタンパク質は核質に存在し、核小体に多く存在し、そこでリボソームRNAの転写領域に結合してリボソームRNA遺伝子の転写を抑制し、細胞の成長と増殖を阻害します。^[7]

構造

KDM2Bタンパク質は、ヒストンH3のトリメチル化Lys-4とジメチル化Lys-36を脱メチル化するヒストン脱メチル化酵素活性を持つJmjCドメインを含む複数のドメインを有する。^[8]^[7] KDM2Bは、ZF-CxxC DNA結合ドメインを介してCpGアイランド内の非メチル化DNAを特異的に認識し結合する。 ^{[9] KDM2Bは、その結果、}BCORおよびPCGF1との直接相互作用を介して非標準ポリコーム抑制複合体1.1（ncPRC1）を非メチル化CpGアイランドにリクルートし^[10]、K119上のヒストンH2Aのモノユビキチン化と遺伝子抑制をもたらす。^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]

関数

この遺伝子は、約40アミノ酸からなるFボックスモチーフを特徴とするFボックスタンパク質ファミリーのメンバーをコードしています。Fボックスタンパク質は、 SCF（SKP1-cullin-F-box）と呼ばれるユビキチンタンパク質リガーゼ複合体の4つのサブユニットの1つを構成し、リン酸化依存性ユビキチン化に関与しています。Fボックスタンパク質は、WD-40ドメインを含むFbws、ロイシンリッチリピートを含むFbls、そして異なるタンパク質間相互作用モジュールを含むか、あるいは認識可能なモチーフを持たないFbxsの3つのクラスに分類されます。この遺伝子によってコードされるタンパク質はFblsクラスに属します。この遺伝子には複数の選択的スプライシング転写バリアントが見つかっていますが、一部のバリアントの全長は未だ解明されていません。^[5]

ncPRC1.1複合体の一部として、KDM2BはPARP1およびTIMELESS依存的にDNA損傷部位に迅速かつ一過的にリクルートされ、K119上のヒストンH2Aのモノユビキチン化を促進し、同時にH2Aレベルの局所的な減少とH2A.Zの増加を引き起こすことがわかった。これらのイベントは、DNA損傷における転写抑制、二本鎖切断シグナル伝達、および相同組換え修復を促進する。DNA損傷におけるncPRC1.1複合体の活性は、それぞれPCGFサブユニットMEL18とBMI1によって定義される2つの標準的なPRC1複合体（cPRC1.2とcPRC1.4）の適切なリクルートに必要であった。したがって、ncPRC1.1複合体のリクルートは、相同組換え修復における初期かつ重要な制御ステップを表している。^[16]

臨床的意義

KDM2Bの喪失は重度の発達障害（神経管閉鎖不全や頭蓋顔面奇形、造血発達などの脳の成長障害）を引き起こし、胎児致死につながる^[17]

参考文献

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さらに読む

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外部リンク

PDBe-KBの UniProt : Q8NHM5 (リジン特異的脱メチル化酵素 2B)のPDBで利用可能なすべての構造情報の概要。

この記事には、パブリックドメインである米国国立医学図書館のテキストが組み込まれています。

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[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000089094 – Ensembl、2017年5月

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