ランジュバン力学

物理学においてランジュバン力学は、ランジュバン方程式を用いて分子系のダイナミクスを数学的にモデル化するアプローチです。もともとフランスの物理学者ポール・ランジュバンによって開発されました。このアプローチは、確率微分方程式を用いて省略された自由度を考慮しながら、単純化されたモデルを使用することを特徴としています。ランジュバン力学シミュレーションは、モンテカルロシミュレーションの一種です[1]

概要

現実世界の分子系は、真空中で孤立して存在するのではなく、空気または溶媒中で存在します。溶媒または空気分子の衝突は摩擦を引き起こし、時折起こる高速衝突は系に摂動を与えます。ランジュバン動力学は、これらの効果を考慮に入れるために分子動力学を拡張しようとします。また、ランジュバン動力学では、サーモスタットのように温度を制御することができるため、正準集団に近似することができます

ランジュバン動力学は溶媒の粘性特性を模倣する。しかし、このモデルは暗黙の溶媒を完全にはモデル化していない。具体的には、このモデルは静電遮蔽効果と疎水性効果を考慮していない。より密度の高い溶媒の場合、ランジュバン動力学では流体力学的相互作用を捉えることができない。

質量の粒子システムで、座標が時間依存の確率変数を構成する場合、結果として得られるランジュバン方程式は[2] [3]です。ここで、は粒子相互作用ポテンシャルです。 は勾配演算子で、は粒子相互作用ポテンシャルから計算される力です。 点は時間微分で、は速度、は加速度です。は減衰定数(逆時間の単位)で、衝突周波数とも呼ばれます。は温度、はボルツマン定数です。は、平均ゼロのデルタ相関定常ガウス過程(ガウス白色ノイズ)で、次式を満たします。

ここで、ディラックのデルタです。

確率微分定式化

標準ブラウン運動またはウィーナー過程共分散を考慮すると、次のことがわかります

導関数の共分散行列を次のように定義する 。共分散の意味で、次のように言える。

一般性を失うことなく、質量を とすると元のSDEは次のようになる。

過減衰ランジュバン力学

主な目的が温度制御である場合、小さな減衰定数を使用するように注意する必要があります。が大きくなるにつれて、慣性領域から拡散(ブラウン運動)領域まで広がります。ランジュバン力学の非慣性極限は、一般的にブラウン運動学と呼ばれます。ブラウン運動学は、過減衰ランジュバン力学、つまり平均加速が発生しないランジュバン力学と見なすことができます。この極限では、 となり、元のSDEは次のようになります

並進ランジュバン方程式は、解析解の精度、許容される時間ステップ、時間可逆性(シンプレクティック法)、摩擦ゼロの限界などが異なるさまざまな数値手法[4] [5]を使用して解くことができます。

ランジュバン方程式は分子ブラウン運動粒子などの回転運動に一般化することができる。標準的な方法(NIST [6]によると)は、確率的回転運動の四元数ベースの記述を活用することである[7] [8]

用途

ランジュバンサーモスタット

ランジュバンサーモスタット[9]は、分子動力学におけるサーモスタットアルゴリズムの一種で、所望の温度下での正準集団(NVT)をシミュレートするために使用されます。以下のランジュバン運動方程式を積分します

は決定論的な力の項、は摩擦係数、は摩擦項または減衰項、最後の項はランダム力の項(ボルツマン定数:温度)である。この方程式により、システムは仮想的な「熱浴」と結合することができる。システムの運動エネルギーは摩擦/減衰項から散逸し、ランダム力/変動項から増加し、結合の強さは によって制御される。この方程式は、オイラー–丸山法(ランダム力項は各積分ステップ(分散、 :時間ステップ)でガウス乱数に置き換えられる)や、ランジュバン・リープフロッグ積分などのSDEソルバーでシミュレートすることができる。この方法はランジュバン積分器としても知られている。[10]

ランジュバン・モンテカルロ

減衰ランジュバン方程式は次のように表される

ここで、はアインシュタインの関係式から得られる拡散係数ですフォッカー・プランク方程式で証明されているように、適切な条件下では、定常分布はボルツマン分布です

なので、この方程式は次の形式と同等です。

そして、 の分布はに従います。言い換えれば、ランジュバン力学は、項によって、粒子を勾配流に沿って定常分布へと導きますが、ある程度のランダムな変動は許容されます。これは、ランジュバン・モンテカルロとして知られる、目標分布 からデータをサンプリングするために使用できるマルコフ連鎖モンテカルロ法を提供します

多くの用途では、をサンプリングしたい望ましい分布がありますが、直接サンプリングするのは困難または非効率的です。ランジュバンモンテカルロ法は、定常状態が であるランジュバンダイナミクスに従ってマルコフ連鎖をサンプリングすることにより、サンプリングを行う別の方法を提供しますメトロポリス調整ランジュバンアルゴリズム(MALA) はその一例です。現在の状態 が与えられると、MALA 法は上記のランジュバンダイナミクスを使用して新しい状態を提案します。その後、この提案はメトロポリス-ヘイスティングスアルゴリズムに基づいて承認または拒否されます。 の選択にランジュバンダイナミクスを組み込むことで、計算効率が向上します。これは、ダイナミクスによって粒子がより高い確率の領域に追いやられ、受け入れられる可能性が高くなるためです。詳細は、メトロポリス調整ランジュバンアルゴリズムを参照してください。

スコアベースの生成モデル

ランジュバン力学は、スコアベースの生成モデルの基礎の一つです[11] [12](過減衰)ランジュバン力学から、

生成モデルは、 (未知のデータ分布)に従うサンプルを生成することを目的としています。これを実現するために、スコアベースモデルは近似スコア関数を学習します(このプロセスはスコアマッチングと呼ばれます)。スコア関数にアクセスすることで、サンプルは以下の反復処理によって生成されます。[11] [12]

となる。およびのとき生成された分布は目標分布に収束する。スコアベースモデルでは近似値として が用いられる。[11]

他の理論との関係

クライン・クラマース方程式

確率微分方程式(SDE)であるランジュバン動力学方程式には、対応する偏微分方程式(PDE)であるクライン・クラマース方程式があります。これは、位相空間における粒子の確率分布を支配する特別なフォッカー・プランク方程式です。元のランジュバン動力学方程式は、次の1階SDEとして再定式化できます。ここで、次のケースとそれらの法則を考えてみましょ

1.

2.

運動量と位置の一般的な関数を考える

関数の期待値は

時間について微分し伊藤の公式を適用すると、次の式が得られます。これは次のように簡略化できます。 右辺の部分積分は、無限大の運動量または速度に対して密度がゼロとなるため、次の式が得られます。この式は任意の$\Psi$に対して成立するため、密度が次の式を満たす必要があります。 この式はクライン・クラマース方程式と呼ばれ、フォッカー・プランク方程式の特殊版です。これは、位相空間における系の確率密度の変化を記述する偏微分方程式です。

フォッカー・プランク方程式

過減衰極限では、となるので、系の発展は位置部分空間に還元できます。同様の論理に従って、位置のSDEが確率密度の フォッカー・プランク方程式 に対応することを証明できます

揺らぎ散逸定理

自由粒子(すなわち)のランジュバン力学を考えると、運動量の方程式は次のようになります

このSDEの解析解

したがって、運動量二次モーメント の平均値は(ここでは伊藤の等長定理を適用する) となる。つまり、時間が正の無限大に近づくときの極限挙動、すなわちこの系の運動量変動は、この系のエネルギー散逸(摩擦項パラメータ)と関係している。この結果を、粒子の運動エネルギーの平均値と温度を関連付ける等分割定理と組み合わせると、

ランジュバンサーモスタットのようなアプリケーションで分散の値を決定できます。

これは、 を仮定した元の定義と一致しています

経路積分

経路積分の定式化は量子力学に由来します。しかし、ランジュバンSDEに対しては、対応する経路積分を誘導することもできます。一般性を失うことなく、次の過剰減衰ランジュバン方程式を考えます

を離散化して定義すると

したがって、伝播確率は、デルタ関数フーリエ変換を適用すると、次の式が得られます。2番目の部分はガウス積分で、次の式が得られます。 ここで、初期から最終までの確率を​​考えてみましょうの極限をとると、次の式が得られます 。

参照

参考文献

  1. ^ 並木幹夫 (2008年10月4日). 確率的量子化. Springer Science & Business Media. p. 176. ISBN 978-3-540-47217-9
  2. ^ シュリック、タマー 2002年)。分子モデリングとシミュレーション。シュプリンガー。p.480。ISBN 0-387-95404-X
  3. ^ Pastor, RW (1994). 「ランジュバン動力学シミュレーションの技術と応用」. Luckhurst, GR; Veracini, CA (編).液晶の分子動力学. NATO ASIシリーズ. 第431巻. ドルドレヒト: シュプリンガー. pp.  85– 138. doi :10.1007/978-94-011-1168-3_5. ISBN 978-94-010-4509-4
  4. ^ Tanygin, Bogdan; Melchionna, Simone (2024). 「有効かつ安定なランジュバン動力学積分器の比較」Computer Physics Communications . 299-109152 . arXiv : 2304.09030 . Bibcode :2024CoPhC.29909152T. doi :10.1016/j.cpc.2024.109152. ISSN  0010-4655
  5. ^ Leimkuhler, Benedict; Matthews, Charles (2013). 「ランジュバンダイナミクスによる堅牢かつ効率的な配置分子サンプリング」. The Journal of Chemical Physics . 138 (17) 174102. arXiv : 1304.3269 . Bibcode :2013JChPh.138q4102L. doi :10.1063/1.4802990. PMID  23656109.
  6. ^ 「ウェイバックマシン」。tsapps.nist.gov
  7. ^ Omelyan, Igor P. (1998-01-01). 「剛体多原子分子の運動の数値積分について:修正四元数アプローチ」. Computers in Physics . 12 (1): 97– 103. arXiv : physics/9901028 . Bibcode :1998ComPh..12...97O. doi :10.1063/1.168642. ISSN  0894-1866.
  8. ^ Groot, Robert D.; Warren, Patrick B. (1997-09-15). 「散逸粒子ダイナミクス:原子論的シミュレーションとメソスコピックシミュレーションのギャップを埋める」 . The Journal of Chemical Physics . 107 (11): 4423– 4435. Bibcode :1997JChPh.107.4423G. doi :10.1063/1.474784. ISSN  0021-9606.
  9. ^ Allen, Michael P.; Tildesley, Dominic J. (2017-08-15). 液体のコンピュータシミュレーション. オックスフォード大学出版局. ISBN 978-0-19-252470-6
  10. ^ 「21. インテグレーター — OpenMM ユーザーガイド 8.2 ドキュメント」. docs.openmm.org . 2025年5月12日閲覧
  11. ^ abc 「データ分布の勾配の推定による生成モデリング | Yang Song」yang-song.net . 2025年5月12日閲覧
  12. ^ ab ソン、ヤン;ソール=ディックスシュタイン、ヤッシャ。キングマ、ディーデリク P.クマール、アビシェク。エルモン、ステファノ。ベン・プール(2020)。 「確率微分方程式によるスコアベースの生成モデリング」。arXiv : 2011.13456 [cs.LG]。
  • ランジュバン動力学(LD)シミュレーション
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