トラップPC14

トラップPC14
識別子
エイリアスTRAPPC14、輸送タンパク質粒子複合体サブユニット14、微小管関連タンパク質11、7番染色体オープンリーディングフレーム43、C7orf43、MCPH25、MAP11
外部IDオミム：618350; MGI : 2385896;ホモロジーン: 10106;ジーンカード：TRAPPC14; OMA :TRAPPC14 - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

55262

231807

アンサンブル

ENSG00000146826

ENSMUSG00000036948

ユニプロット

Q8WVR3

Q3UTZ3

RefSeq (mRNA)

NM_018275
NM_001303470

NM_153161

RefSeq（タンパク質）

NP_001290399
NP_060745

NP_694801

場所（UCSC）7章: 100.15 – 100.16 Mb5 章: 138.26 – 138.26 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
人間の表示/編集マウスの表示/編集

TRAPPC14（輸送タンパク質粒子複合体サブユニット14）は、MAP11（微小管関連タンパク質11）としても知られ、ヒトではTRAPPC14遺伝子によってコードされるタンパク質です。以前はC7orf43という一般名で呼ばれていました。[5] C7orf43にはヒトでは他の別名はありませんが、マウスではBC037034として知られています。[6]

遺伝子座位

ヒトでは、MAP11はヒト7番染色体の長腕（7q22.1）に位置し、マイナス（アンチセンス）鎖上にある。[5] C7orf43の周辺に位置する遺伝子には、 GAL3ST4、LAMTOR4、GPC2などがある。[5]ヒトでは、C7orf43には9つの共通の一塩基多型（SNP）が検出されているが、これらはすべて非コード領域に位置しているため、アミノ酸配列には影響しない。[7]

ヒト7番染色体におけるC7orf43遺伝子近傍

mRNA

スプライスバリアント

C7orf43アイソフォーム1の一次転写産物。11個のエクソンと10個のイントロンを示す（NCBI Aceview:C7orf43）

MAP11は2つのアイソフォームをコードしており、最も長いのはC7orf43アイソフォーム1で、長さは2585塩基対、11のエクソンと10のイントロンを有する。[5] C7orf43アイソフォーム1は、580アミノ酸長のタンパク質をコードし、ポリアデニル化部位は1つしかない。[5] C7orf43アイソフォーム2は長さ2085塩基対で、311アミノ酸長のタンパク質をコードしている。さらに、199アミノ酸長と206アミノ酸長のタンパク質をコードする2つのアイソフォームが複数回報告されている。[8]

組織発現

MAP11はヒトおよび哺乳類種間で組織間のばらつきを伴い、広範囲に中程度の発現を示す。[9] [10]マウスC7orf43相同遺伝子は、脳[11]およびマウス胎児中枢神経系[12]で普遍的に発現することが示されている。

規則

MAP11は、Genomatixの予測通り、転写部位の上流に1つのプロモーター領域を有しています。このプロモーターは657塩基対の長さで、7番染色体のマイナス鎖の99756182～99756838番目の位置に位置しています。[13]このプロモーターには、ジンクフィンガーやKruppel様転写因子の結合部位など、複数の転写因子結合部位 が存在します。[14] GenomatixのElDoradoによって予測された上位20の転写結合部位を以下の表に示します。

詳細な家族情報詳細なマトリックス情報開始位置終了位置アンカー位置ストランドマトリックス類似度スコア順序
ブラキュリ遺伝子、中胚葉発達因子Tボックス転写因子TBX20617645631+1agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga
C2H2ジンクフィンガー転写因子2KRAB含有ジンクフィンガータンパク質300596618607+1ccggccgCCCCagccgggcgcag
フォークヘッドドメイン因子FOXP1の選択的スプライシング変異体、ES細胞で活性化375345-1ああああああああああああ
多形性腺腫遺伝子多形性腺腫遺伝子1411433422-1gaGGGGgcggggtcccgctgctc
多形性腺腫遺伝子多形性腺腫遺伝子1464486475-1gaGGGGgcgtggccgccgaggcc
RNAポリメラーゼII転写因子IIB転写因子IIB（TFIIB）認識要素197203200+1ccgCGCC
TGF-β誘導アポトーシスタンパク質システイン-セリンリッチ核タンパク質1（AXUD1、AXIN1アップレギュレーション1）737976-1AGAGtga
GC-ボックス因子 SP1/GC刺激タンパク質1、普遍的なジンクフィンガー転写因子418434426-0.998ぐーぐーGGGCggggtccc
ヒトおよびマウスのETS1因子Etsバリアント3486506496-0.996ガガァアカGGAAgcggaaggg
クルッペル様転写因子腸管濃縮クルッペル様因子 / KLF4469485477-0.994agggggcGTGGccgccg
2本の手を持つジンクフィンガーホメオドメイン転写因子AREB6（Atp1a1調節要素結合因子6）495507501+0.994ttcctGTTTctct
ジンクフィンガー転写因子RU49、ジンクフィンガー増殖因子1 - Zipro1ジンクフィンガー転写因子RU49（ジンクフィンガー増殖1-Zipro1）。RU49は、最小RU49コンセンサス結合部位のタンデムリピートへの結合を強く優先する。522528525+0.994cAGTAcc
クルッペル様転写因子3つのクルッペル型ジンクフィンガー（KLF6、ZF9）を持つコアプロモーター結合タンパク質（CPBP）418434426-0.992ggagGGGGcggggtccc
C2H2ジンクフィンガー転写因子7ジンクフィンガータンパク質263、ZKSCAN12（KRABおよびSCANドメイン12を持つジンクフィンガータンパク質）425439432+0.99cgccccCTCCtccac
C2H2ジンクフィンガー転写因子6ジンクフィンガーおよびBTBドメイン含有7、プロトオンコジーンFBI-1、ポケモン（二次DNA結合優先性）252264258-0.989caaGACCaccctg
クルッペル様転写因子クルッペル様因子7（普遍的、UKLF）416432424-0.989agggGGCGgggtcccgc
GC-ボックス因子 SP1/GCSp4転写因子471487479-0.986ggagggGGCGtggccgc
クルッペル様転写因子腸管に豊富に含まれるクルッペル様因子137153145+0.986gggctcAAAGgatcctc
クルッペル様転写因子クルッペル様因子2（肺）（LKLF）641657649-0.986cgctaGGGTgggtccag
ヒトおよびマウスのETS1因子Etsバリアント162616-0.984ttctcccaGGAAgattctcca

タンパク質

構成とドメイン

ヒトタンパク質MAP11の等電点は8.94です。MAP11には、アミノ酸54から134にわたるグリシンに富む領域もあります。 [15] SDSC Biology WorkbenchのSAPSツールを使用した解析では、このグリシンに富む領域は特定のグリシン残基の位置に関しては保存されていないものの、哺乳類と爬虫類では全体的なグリシン含有量はよく保存されていますが、硬骨魚類では保存されていません。[16] [17] C7orf43はほとんど電荷を帯びておらず、この中性電荷分布は哺乳類と爬虫類で保存されていますが、硬骨魚類には少なくとも1つの負に電荷を帯びたクラスターがあります。[16] [17] C7orf43は、最初の70アミノ酸残基にシグナルペプチドがないと予測されています。ただし、ヒトタンパク質では、残基258から始まる液胞ターゲティングモチーフがあると予測されています。[18]この液胞標的化モチーフは、哺乳類、爬虫類、鳥類、両生類、硬骨魚類にわたって保存されていることが示されている。

進化の歴史

MAP11タンパク質にはヒトには相同遺伝子は存在しない。しかし、C7orf43相同遺伝子は哺乳類、爬虫類、そしていくつかの硬骨魚類において高度に保存されていることが分かっている。C7orf43は鳥類にも保存されているが、いくつかの鳥類ではN末端の一部が欠損している。[19]動物界 以外ではC7orf43相同遺伝子は見つかっていない。 [19]以下の表は、複数の動物群における代表的なC7orf43相同遺伝子の一覧である。

厳密な相同遺伝子

いいえ。種通称分岐日（百万年）受入番号E値長さ（aa）身元 （％）類似度（％）
1ホモ・サピエンス人間-NP_060745.30.0580100100
2パン・トログロダイトチンパンジー6.3XP_0094520320.058099100
3マカカ・ムラッタマカク29.0XP_0011022380.05809999
4モルモットモルモット92.3XP_0034700510.05809898
5イノシシイノシシ94.2XP_0031243860.05809899
6オドベヌス・ロスマルス・ディバーゲンスセイウチ94.2XP_0043990750.05809898
7トゥルシオプスの切断バンドウイルカ94.2XP_0043151990.05829293
8エキノプス・テルフェアリレッサーハリネズミテンレック98.7XP_0047056440.05819597
9ダシプス・ノベムシンクトゥスコオロギアルマジロ104.2XP_0044572340.05809798
10モノデルフィス・ドメスティカ灰色の短い尾を持つオポッサム162.6XP_0013670970.05688992
11クリセミス・ピクタ・ベリニシキガメ296.0XP_0081759740.05727683
12ミシシッピワニアメリカワニ296.0XP_0062663840.05827582
13ペロディスクス・シネンシス中国のスッポン296.0XP_0061273250.05697381
14アフリカツメガエルニシツメガエル371.2NP_0011215230.05806474
15オンコルヒュンクス・ミキスニジマス400.1CDQ848780.05816475
16ダニオ・レリオゼブラフィッシュ400.1XP_0013393290.05956374
17メダカメダカ400.1XP_0040768070.06096270
18トラフグフグ400.1XP_0039708220.06186171

遠縁の相同遺伝子

いいえ。種通称分岐日（百万年）受入番号E値長さ（aa）身元 （％）類似度（％）
1ニッポニアニッポントキ296.0XP_0094723390.05038088
2声高なカラドリウスキルディア296.0XP_0098927470.04568290
3プセウドポドセス・ヒューミリスヒガラ296.0XP_0055334260.06006676
4ラティメリア・カルムネ西インド洋のシーラカンス414.9XP_0060116123E-1774296575
5ブランキオスマ・フロリダエフロリダランセット713.2XP_0025929729E-675573246
6ストロンギロセントロトゥス・プルプラトゥスムラサキウニ742.9XP_0037274193E-467253551
7アメフラシカリフォルニアウミウシ782.7XP_0051130154E-216922539
8ネマトステラ・ベクテンシススターレットイソギンチャク855.3XP_0016327064E-194942439
9トリコプラックス・アダエレンス--XP_0021088095E-156452441

翻訳後修飾

C7orf43には、Ser 517、Thr 541、Ser 546の3つのリン酸化部位があります。 [15]これら3つの部位は、哺乳類、爬虫類、鳥類、両生類、硬骨魚類において比較的よく保存されています。このタンパク質はN末端にグリシンを持たないため、 N-ミリストイル化は予測されていません。[20]しかし、C7orf43はN末端のセリン残基に1つのN-アセチル化を持つことが予測されています。[21]

二次構造

C7orf43の二次構造はまだ決定されていない。しかし、C7orf43は膜貫通ドメインを持たず、最終的には細胞外に分泌されると予測されている。[22] [23] SDSC Biology WorkbenchのPELEツールを用いた解析では、厳密な相同遺伝子全体にわたって保存されているβシートとランダムコイルが主に予測された。[17]同様に保存されているαヘリックスモチーフも予測されており、1つはN末端付近、もう1つはC末端付近である。

臨床的意義

C7orf43の特性に焦点を当てた研究はないが、いくつかの大規模スクリーニングにより、C7orf43の機能に関連した情報が明らかになっている。Hippoシグナル伝達経路におけるタンパク質相互作用をプロファイリングするためにFLAGアフィニティー精製質量分析（AP-MS）を用いた研究では、相互作用するタンパク質の1つとしてC7orf43が特定された。[24] C7orf43は、Hippoシグナル伝達の 調節 因子であるレマンコイルドコイルタンパク質（LCCP）としても知られるアンジオモチン様タンパク質2（AMOTL2）と相互作用することが判明した。 [24] [25] AMOTL2は、癌の発生との関連が知られているWntシグナル伝達経路の阻害剤であること、および腫瘍の維持と転移に不可欠なプロセスである血管新生の因子であることも知られている。[25]

いくつかの研究でC7orf43と発癌性イベントとの関連が指摘されています。また、他の研究でもC7orf43と発癌性イベントとの関連が指摘されています。大規模な酵母ツーハイブリッド実験では、C7orf43が膜貫通タンパク質50A（TMEM50A）（子宮頸がん遺伝子9または小膜タンパク質1（SMP1）としても知られる）と相互作用することが確認されました。[26] [27] [28] TMEM50Aの正確な機能は不明ですが、子宮頸がんとの関連が指摘されています。

C7orf43は、転写因子AP-2ガンマ（TFAP2C）の標的遺伝子としても同定されている。[29] TFAP2Cは、乳腺組織の発達、分化、および腫瘍形成に関与することが示されている。特に、TFAP2Cは、乳癌との関連が指摘されている受容体であるESR1およびERBB2に対する制御作用を介して、乳癌において役割を果たしている。[29] [30] TFAP2Cは、神経芽腫において細胞増殖および腫瘍増殖を促進することにより、腫瘍形成能を有することも示されている。[31] [32]

C7orf43は7番染色体のQ腕に位置することから、様々な疾患と関連付けられています。7番染色体のQ腕に欠失を持つ疾患がいくつか報告されており、その中には急性骨髄性白血病や骨髄異形成症などの骨髄疾患があります。[33]

参考文献

  1. ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000146826 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000036948 – Ensembl、2017年5月
  3. ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  5. ^ abcde 「C7orf43 染色体7のオープンリーディングフレーム43 [ ホモ・サピエンス (ヒト) ]」. NCBI Gene . 2015年5月9日閲覧。
  6. ^ “BC037034 cDNA配列 BC037034 [ Mus musculus (ハツカネズミ) ]”. NCBI Gene . 2015年5月9日閲覧。
  7. ^ 「C7orf43 UCSCゲノムブラウザ」UCSCゲノムブラウザ. 2015年5月1日閲覧。
  8. ^ “Q8WVR3 -CG043_HUMAN”. UniProt . 2015年5月8日閲覧。
  9. ^ 「C7orf43-ヒトトランスクリプトームの大規模解析（HG-U133A）」NCBI GEO Profiles . 2015年4月2日閲覧。
  10. ^ 「C7orf43-複数の正常組織」NCBI GEOプロファイル. 2015年4月2日閲覧。
  11. ^ "BC037034-sagittal". Allen Brain Atlas . 2015年4月2日閲覧。
  12. ^ “BC037034の発現”. GenePaint . 2015年4月2日閲覧。
  13. ^ "C7orf43 プロモーター GXP_116482". Genomatix . 2015年4月5日閲覧。[永久リンク切れ]
  14. ^ 「C7orf43プロモーター結合部位」Genomatix . 2015年4月5日閲覧。[永久リンク切れ]
  15. ^ ab 「未解析タンパク質C7orf43 [Homo sapiens]」NCBIタンパク質. 2015年5月8日閲覧。
  16. ^ ab Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (1992年3月). 「タンパク質配列の統計解析のための方法とアルゴリズム」. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 89 (6). Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 2002– 2006. Bibcode :1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID 1549558  . 
  17. ^ abc 「SDSC Biology Workbench」.カリフォルニア大学サンディエゴ校バイオエンジニアリング学部. 2015年5月1日閲覧。
  18. ^ Nakai K, Horton P (1999年1月). 「PSORT：タンパク質のソーティングシグナルを検出し、その細胞内局在を予測するプログラム」. Trends in Biochemical Sciences . 24 (1): 34– 36. doi :10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID  10087920.
  19. ^ ab 「BLAST: 基本的なローカルアライメント検索ツール」。保存ドメインデータベース。国立生物工学情報センター。 2015年3月1日閲覧。
  20. ^ "Myristoylator". ExPASyバイオインフォマティクスリソースポータル. 2015年5月9日閲覧。
  21. ^ 「NetAcet 1.0 Server」. CBS . 2015年5月9日閲覧。
  22. ^ 「膜貫通トポロジー」. Phobius . ストックホルム・バイオインフォマティクス・センター. 2015年5月1日閲覧。
  23. ^ "SOSUI".膜タンパク質の分類と二次構造予測. 三宅グループ.
  24. ^ ab Couzens AL, Knight JD, Kean MJ, Teo G, Weiss A, Dunham WH, et al. (2013年11月). 「哺乳類Hippo経路のタンパク質相互作用ネットワークがキナーゼ-ホスファターゼ相互作用のメカニズムを明らかにする」. Science Signaling . 6 (302): rs15. doi :10.1126/scisignal.2004712. PMID  24255178. S2CID  206672249.
  25. ^ ab "Q9Y2J4 - AMOL2_HUMAN". UniProt . 2015年4月30日閲覧。
  26. ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, et al. (2005年9月). 「ヒトタンパク質間相互作用ネットワーク：プロテオーム注釈のためのリソース」. Cell . 122 (6): 957– 968. doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID  16169070. S2CID  8235923.
  27. ^ “Q7RU07 - Q7RU07_HUMAN”. UniProt . 2015年5月8日閲覧。
  28. ^ 「TMEM50A 膜貫通タンパク質50A [ ホモ・サピエンス (ヒト) ]」. NCBI Gene . 2015年5月9日閲覧。
  29. ^ ab Woodfield GW, Chen Y, Bair TB, Domann FE, Weigel RJ (2010年10月). 「ホルモン応答性乳癌細胞におけるTFAP2Cの主要遺伝子標的の同定」. Genes, Chromosomes & Cancer . 49 (10): 948– 962. doi :10.1002/gcc.20807. PMC 2928401. PMID 20629094  . 
  30. ^ Ailan H, Xiangwen X, Daolong R, Lu G, Xiaofeng D, Xi Q, et al. (2009年8月). 「乳がん細胞における転写因子活性化タンパク質2γの標的遺伝子の同定」. BMC Cancer . 9 (1): 279. doi : 10.1186/1471-2407-9-279 . PMC 3224728. PMID 19671168  . 
  31. ^ Gao SL, Wang LZ, Liu HY, Liu DL, Xie LM, Zhang ZW (2014年6月15日). 「miR-200aは神経芽腫細胞におけるAP-2γを標的として腫瘍増殖を抑制する」. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention . 15 (11): 4671– 4676. doi : 10.7314/APJCP.2014.15.11.4671 . PMID  24969902.
  32. ^ Begon DY, Delacroix L, Vernimmen D, Jackers P, Winkler R (2005年7月). 「Yin Yang 1は活性化タンパク質2と連携して乳がん細胞におけるERBB2遺伝子発現を刺激する」(PDF) . The Journal of Biological Chemistry . 280 (26): 24428– 24434. doi : 10.1074/jbc.M503790200 . PMID  15870067.
  33. ^ ブレジノヴァ J、ゼマノヴァ Z、ランスドルフォヴァ S、パヴリストヴァ L、バビツカー L、ハウスコヴァー L、他。 (2007 年 2 月)。 「骨髄性悪性腫瘍における分子細胞遺伝学的手法の組み合わせによって明らかになった 7 番染色体の構造異常」。がんの遺伝学と細胞遺伝学。173 (1): 10–16 .土井:10.1016/j.cancergencyto.2006.09.003。PMID  17284364。

さらに読む

  • Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2000年11月). 「in vitro部位特異的組換えを用いたDNAクローニング」. Genome Research . 10 (11): 1788– 1795. doi :10.1101/gr.143000. PMC  310948. PMID  11076863 .
  • Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, et al. (2001年3月). 「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログ化に向けて：500種類の新規完全タンパク質コードヒトcDNAの配列決定と解析」. Genome Research . 11 (3): 422– 435. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072.  PMID 11230166  .
  • Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (2000年9月). 「大規模cDNAシークエンシングによって同定された新規タンパク質の系統的細胞内局在」. EMBO Reports . 1 (3): 287– 292. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC  1083732. PMID  11256614 .
  • Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, 他 (2004年10月). 「ORFeomeから生物学へ：機能ゲノミクスパイプライン」. Genome Research . 14 (10B): 2136– 2144. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930.  PMID 15489336  .
  • Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, et al. (2006年1月). 「LIFEdbデータベース 2006」. Nucleic Acids Research . 34 (データベース号): D415 – D418 . doi :10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501.  PMID 16381901  .
「https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TRAPPC14&oldid=1319565789」から取得