分子設計ソフトウェア

分子設計ソフトウェアは、分子モデルを新規に開発するための特別なサポートを提供する、分子モデリング用の注目すべきソフトウェアです。

分子動力学や量子化学などの通常の分子モデリングプログラムとは対照的に、このようなソフトウェアは、次のような分子モデルの構築に関連する側面を直接サポートします。

分子グラフィックス
インタラクティブな分子描画と構造編集
高分子、結晶、溶媒和系の構築
部分電荷の開発
形状最適化
力場開発のさまざまな側面のサポート

分子設計の主要な側面をカバーするソフトウェアの比較

3D – 分子グラフィックス
マウス – マウスで分子を描く
ポリポリマービルディング
DNA – 核酸の構築
ペプト – ペプチド構築
クリスト – クリスタルビルディング
Solv – 溶媒添加
Q – 部分的な請求
ドック – ドッキング
最小 – 最適化
MM –分子力学
QM –量子力学
FF – 力場の開発をサポート
QSAR – 2D、3D、グループQSAR
FBLD - フラグメントベースのリガンド設計
FE - 自由エネルギー近似
SN - 宇宙航行

	3D	ねずみ	ポリ	DNA	ペプト	クリスト	ソルブ	質問	ドック	分	MM	量子力学	FF	定量的構造活性相関	FBLD	FE	コメント
アワビ	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	いいえ			生体分子グラフィックス環境: 高分子ビルダー、GPU アクセラレーション MD
アンバー	いいえ	いいえ	いいえ	はい	はい	いいえ	いいえ	はい	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	いいえ		はい	古典的な分子モデリングプログラム
アスカラフデザイナー	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	いいえ			共通分子モデリングスイート
ボス	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	いいえ			OPLSの発明者
ディスカバリースタジオ	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい			小さな分子システムと大きな分子システムの両方に対応した分子モデリング環境
ドック	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	はい	はい	はい	いいえ	いいえ	いいえ			DOCKアルゴリズム
ファイアフライ（PCゲーム）	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	いいえ	はい	いいえ	はい	はい	いいえ			第一原理およびDFT計算化学プログラム
フォールドX	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	いいえ			エネルギー計算とタンパク質設計のための力場
リードファインダー	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	いいえ	いいえ	いいえ			分子ドッキングパッケージ
マテリアルスタジオ	はい	はい	はい	いいえ	いいえ	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	いいえ			ソフトウェア環境
分子動作環境（MOE）	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい		分子モデリング/創薬アプリケーション用のプラットフォーム。アプリケーションのカスタマイズと開発を可能にするため、Scientific Vector Language でプログラムされています。
ロゼッタ（ロゼッタコモンズ）	いいえ	いいえ	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	いいえ	はい	いいえ			高分子モデリングのためのスイート。タンパク質構造のモデリングと解析のためのアルゴリズム。de novoタンパク質設計、酵素設計、リガンドドッキング、構造予測における重要な進歩。
サムソン	はい	はい	はい	いいえ	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	はい	いいえ			計算ナノサイエンス（生命科学、材料など）; モジュールアーキテクチャ、モジュールは要素と呼ばれます; 無料
シグレス	はい	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい			汎用分子モデリングスイート
スパルタン	はい	はい	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	いいえ	いいえ			分子力学と量子化学エンジンを備えた分子モデリングツール
ティンカー	いいえ	いいえ	いいえ	いいえ	はい	いいえ	いいえ	はい	いいえ	はい	はい	いいえ	いいえ	いいえ			タンパク質設計ツール;フリーウェア
ウィンモスター	はい	はい	はい	いいえ	いいえ	はい	はい	はい	いいえ	はい	はい	はい	はい	いいえ			材料科学のための分子モデリングおよび可視化プログラム
シュレーディンガー	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	はい	生命科学と材料科学の両方のための分子モデリングプラットフォーム

注釈と参考文献

参照

外部リンク

分子設計のIUPAC用語の定義。
コンピュータ支援分子設計ジャーナル
分子モデリングリソース
材料モデリングとコンピュータシミュレーションコード
Click2Drug.org インシリコ（コンピュータ支援）薬物設計ツールのディレクトリ。
化学情報とモデリングジャーナル
計算化学ジャーナル

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