ORF10

ORF10タンパク質、SARS-CoV-2
識別子
シンボルOrf10_SARS-CoV-2
インタープロIPR044342
利用可能なタンパク質構造：
PDB  IPR044342  
アルファフォールド

ORF10は、 SARS-CoV-2コロナウイルスのゲノム中に見られるオープンリーディングフレーム（ORF）です。38コドンの長さです。[ 1 ]すべてのサルベコウイルス（SARS-CoVを含む）で保存されているわけではありません。COVID -19パンデミックをきっかけとした研究では、ORF10はSARS-CoVとSARS-CoV-2の間で保存されていない2つのウイルスアクセサリタンパク質遺伝子の1つとして研究の関心を集め、 [ 2 ]当初は正の選択を受けている可能性が高いタンパク質コード遺伝子として記述されました。[ 3 ]しかし、SARS-CoV-2アクセサリ遺伝子のリストに含まれることもありますが、実験的およびバイオインフォマティクスの証拠は、ORF10が機能的なタンパク質コード遺伝子ではない可能性が高いことを示唆しています。[ 4 ]

特性

ORF10は、コロナウイルスのヌクレオカプシドタンパク質をコードするN遺伝子の下流に位置しています。これはゲノムの3'末端に最も近い、注釈付きのオープンリーディングフレームです。38アミノ酸からなる仮説上のタンパク質をコードしています。[ 1 ]

発現と機能

ORF10領域を含むサブゲノムRNAは検出されないものの、リボソームフットプリントシグナルは存在するため、自然条件下ではORF10が翻訳される可能性は低い。[ 5 ]実験的に過剰発現させた場合、ORF10タンパク質はZYG11Bおよびそのカリン-RINGリガーゼタンパク質複合体と相互作用することが報告されている。[ 6 ]しかし、この相互作用はウイルスのライフサイクルのin vitro研究では不要であることが示されている。[ 7 ]

進化

SARS-CoV-2ゲノムの研究では、ORF10は機能的であり、正の選択を受けている可能性が高いと説明されている。[ 3 ]しかし、SARS-CoV-2変異体[ 8 ]および多くのサルベコウイルス配列で未熟な終止コドンが特定されており、推定タンパク質産物はウイルスの複製に必須ではないことが示唆されている。[ 4 ] ORF10の喪失はまた、試験管内実験条件下では複製に影響を与えないことが示されている。[ 8 ]バイオインフォマティクス解析を通じて、SARS-CoV-2 ORF10の見かけの配列保存は、タンパク質コード機能によるものではなく、その領域で保存されたRNA二次構造によるものである可能性が示唆されている。 [ 4 ] ORF10自体を超えて広がる保存領域は、コロナウイルス3' UTRシュードノット領域と重複しており、これはゲノム複製に関与することが知られている二次構造である。[ 4 ]

参考文献

  1. ^ a b Redondo N, Zaldívar-López S, Garrido JJ, Montoya M (2021年7月7日). 「SARS-CoV-2 ウイルス病因におけるアクセサリータンパク質：既知と未知」. Frontiers in Immunology . 12 708264. doi : 10.3389/fimmu.2021.708264 . PMC  8293742. PMID 34305949 
  2. ^ Xu J, Zhao S, Teng T, Abdalla AE, Zhu W, Xie L, et al. (2020年2月). 「動物からヒトへ感染する2種類のヒトコロナウイルス：SARS-CoV-2とSARS-CoVの系統的比較」 .ウイルス. 12 (2): 244. doi : 10.3390/v12020244 . PMC 7077191. PMID 32098422 .  
  3. ^ a b Cagliani R, Forni D, Clerici M, Sironi M (2020年9月). 「SARS-CoV-2および関連動物ウイルスのコーディングポテンシャルと配列保全」.感染・遺伝学・進化. 83 104353. Bibcode : 2020InfGE..8304353C . doi : 10.1016/j.meegid.2020.104353 . PMC 7199688. PMID 32387562 .  
  4. ^ a b c d Jungreis I, Sealfon R, Kellis M (2021年5月). 「44種類のサルベコウイルスゲノムの比較によるSARS-CoV-2遺伝子含有量とCOVID-19変異の影響」. Nature Communications . 12 (1): 2642. Bibcode : 2021NatCo..12.2642J . doi : 10.1038/s41467-021-22905-7 . PMC 8113528. PMID 33976134 .  
  5. ^ Finkel Y、Mizrahi O、Nachshon A、Weingarten-Gabbay S、Morgenstern D、Yahalom-Ronen Y、他。 （2021年1月）。「SARS-CoV-2のコーディング能力」。自然。589 (7840): 125–130。Bibcode : 2021Natur.589..125F。土井: 10.1038/s41586-020-2739-1。PMID 32906143。S2CID 221624633。  
  6. ^ Gordon DE, Jang GM, Bouhaddou M, Xu J, Obernier K, White KM, 他 (2020年7月). 「SARS-CoV-2タンパク質相互作用マップが薬剤再利用のターゲットを明らかにする」 . Nature . 583 (7816): 459– 468. Bibcode : 2020Natur.583..459G . doi : 10.1038/ s41586-020-2286-9 . PMC 7431030. PMID 32353859 .  
  7. ^ Mena EL, Donahue CJ, Vaites LP, Li J, Rona G, O'Leary C, 他 (2021年4月). 「ORF10-Cullin-2-ZYG11B複合体はSARS-CoV-2感染に必須ではない」 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 (17) e2023157118. Bibcode : 2021PNAS..11823157M . doi : 10.1073 / pnas.2023157118 . PMC 8092598. PMID 33827988 .  
  8. ^ a b Pancer K、Milewska A、Owczarek K、Dabrowska A、Kowalski M、Łabaj PP、他。 （2020年12月）。「SARS-CoV-2 ORF10 は、ヒトにとって in vitro または in vivo では必須ではありません。 」 PLOS 病原体。16 (12) e1008959。土井：10.1371/journal.ppat.1008959。PMC 7755277。PMID 33301543。  
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