ペルオキシレドキシン分類指標
 | |
| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 多様なペルオキシレドキシンファミリー全体にわたるサブファミリー割り当てのデータベース。 |
| 接触 | |
| 研究センター | ウェイクフォレスト大学 |
| 研究室 | 生化学科 |
| 著者 | ローラ・ソイト、レスリー・プール、キンバリー・ネルソン、ステイシー・ナットソン、ジャクリーン・フェトロウ |
| 主な引用 | ソイトら（2011）[ 1 ] |
| 発売日 | 2010 |
| アクセス | |
| Webサイト | http://www.csb.wfu.edu/prex/ |
PeroxiRedoxin classification indEX ( PREX ) は、 6 つの異なるサブファミリーのいずれかに分類されるペルオキシレドキシン(Prx)のデータベースです 。 [ 1 ] 分類は、構造的に特徴付けられた Prx グループ メンバーの活性部位の周囲の配列フラグメントから構築されたアラインメントされたシグネチャから作成された位置特異的スコアリング マトリックス (PSSM) を使用して配列データベースを検索する Deacon Active Site Profiling (DASP) 手法に依存しています。[ 2 ] 対象の Prx の PREX 検索は、2008 年 1 月、2010 年 11 月、または 2011 年 10 月のバージョンの GenBank (8000 を超える検証済み Prx 配列が表示) から抽出された Prx タンパク質のタンパク質注釈、アクセッション番号、PDB ID、生物名、またはタンパク質配列 (BLAST を使用) を使用して実行できます。出力には、分類された各 Prx が属するサブファミリー、アクセッション番号と GI 番号、属と種、および分類に使用される活性部位シグネチャが含まれます。クエリ配列は、ユーザーが手動で評価・解釈できるよう、厳選されたPrx群とアラインメントされた状態で提示されます。このリソースは研究コミュニティに無料で利用可能です。
参照
参考文献
- ^ a b Soito, Laura; Williamson Chris; Knutson Stacy T; Fetrow Jacquelyn S; Poole Leslie B; Nelson Kimberly J (2011年1月). 「PREX: ペルオキシレドキシン分類インデックス、多様なペルオキシレドキシンファミリーにおけるサブファミリー割り当てのデータベース」 . Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D332-7. doi : 10.1093/nar / gkq1060 . PMC 3013668. PMID 21036863 .
- ^ Fetrow, Jacquelyn S. (2006-07-01). 「Deacon Active Site Profiler (DASP)を用いた配列および構造中のタンパク質機能部位を特定するための活性部位プロファイリング」. Current Protocols in Bioinformatics . 第8章: 8.10.1–8.10.16. doi : 10.1002/0471250953.bi0810s14 . ISSN 1934-340X . PMID 18428769 .
外部リンク
 | この生物学データベース関連の記事はスタブです。不足している情報を追加してWikipediaに貢献してください。 |
