パイプラインパイロット
| パイプラインパイロット | |
|---|---|
| 開発者 | アクセルリス |
| 初回リリース | 1999 |
| 安定版リリース | 2018年5月18日 |
| 言語 | C++ |
| オペレーティングシステム | WindowsとLinux |
| タイプ | ビジュアルおよびデータフロープログラミング言語 |
| ライセンス | 独自の |
| ウェブサイト | https://www.3ds.com/products/biovia/pipeline-pilot |
Pipeline Pilotは、ダッソー・システムズが開発したデスクトップソフトウェアアプリケーションで、抽出、変換、ロード（ETL）プロセスとデータ分析に重点を置いています。発売以来、このソフトウェアは進化を続け、様々な科学技術および産業アプリケーションにおいて幅広い機能を提供しています。
Pipeline Pilotは、ビジュアルおよびデータフロープログラミングインターフェースを用いて、ユーザーがデータ処理のワークフローを設計することを可能にします。このソフトウェアの機能は、ケモインフォマティクス、QSAR、[ 1 ] [ 2 ]次世代シーケンシング、[ 3 ]画像解析、[ 4 ]テキスト解析[ 5 ]など、複数の領域にわたります。Pipeline Pilotは、2004年にBIOVIAに買収されたSciTegicによって開発されました。 2014年、BIOVIAはDassault Systèmesの傘下となりました。
用途
Pipeline Pilotは、ライフサイエンス、材料科学、エンジニアリングなど、広範なデータ処理と分析を必要とする業界で主に使用されています。このソフトウェアを使用すると、データ分析タスクの自動化、データベースとの統合、さまざまな科学計算を実行する機能コンポーネントをドラッグアンドドロップすることでワークフローを作成できます。これらのワークフローは「プロトコル」と呼ばれ、チームや組織内で共有および再利用できます
本製品は、 Python、.NET、MATLAB、Perl、SQL、Java、VBScript、Rなど、複数のプログラミング言語をサポートしており、ユーザーはカスタムコードをワークフローに柔軟に統合できます。さらに、Pipeline PilotはPL/SQLをベースとした独自のスクリプト言語であるPilotScriptをサポートしており、ユーザーはワークフロー内でカスタムデータ操作を実行できます。追加モジュールには、次世代シーケンシング解析、ケモインフォマティクス、ポリマー特性予測など、特定の科学的タスクに対応する機能が含まれています。
概要
Pipeline Pilot Professional Clientと呼ばれるインターフェースでは、「コンポーネント」と呼ばれる個々のデータ処理ユニットを選択して配置することで、ワークフローを作成できます。これらのコンポーネントは、データの読み込み、フィルタリング、結合、変更など、さまざまな機能を実行します。追加のコンポーネントは、回帰モデルの構築、ニューラルネットワークのトレーニング、PDFなどの形式でのレポートの生成など、より複雑なタスクを実行できます
Pipeline Pilotはコンポーネントベースのアーキテクチャを採用しており、コンポーネントはワークフロー内のノードとして機能し、有向グラフ内のデータフローを表す「パイプ」によって接続されます。このフレームワークにより、コンポーネント間で移動するデータの処理が可能になります。
ユーザーは、プリインストールされたコンポーネントを使用するか、ワークフロー内で「プロトコル」と呼ばれるカスタムコンポーネントを開発するかを柔軟に選択できます。リンクされたコンポーネントで構成されるプロトコルは、保存、再利用、共有が可能で、データ処理を効率化します。インターフェースはコンポーネント間の接続を視覚化し、操作のシーケンスとして提示することで、複雑なデータワークフローを簡素化します。
コンポーネントコレクション
Pipeline Pilotは、「コレクション」と呼ばれるアドオンをいくつか提供しています。これは、遺伝子情報処理やポリマー分析など、特定の領域を対象とした専門的な機能のグループです。これらのコレクションは、追加のライセンス料金を支払うことでユーザーが利用できます
コレクションは、科学分野別と一般の2つの主要なグループに分かれています。科学分野別コレクションは、化学、生物学、材料モデリングなどの分野に焦点を当てており、一般コレクションはレポート作成、データ分析、文書検索のためのツールを提供しています。利用可能なコレクションの概要は以下の通りです。[ 6 ]
| グループ | ドメイン | コンポーネントコレクション |
|---|---|---|
| 科学特有の | 化学 | 化学 |
| アドメット | ||
| ケモインフォマティクス | ||
| 生物学 | 遺伝子発現 | |
| 配列解析 | ||
| プロテオミクスのための質量分析 | ||
| 次世代シーケンシング | ||
| 材料モデリングとシミュレーション | マテリアルズスタジオ | |
| ポリマー特性（Synthia） | ||
| 汎用 | レポートと可視化 | レポート |
| データベースとアプリケーションの統合 | 統合 | |
| イメージング | イメージング | |
| 分析と統計 | データモデリング | |
| 高度なデータモデリング | ||
| R統計 | ||
| 文書検索と分析 | 化学テキストマイニング | |
| テキスト分析 | ||
| 研究室 | プレートデータ分析 | |
| 分析機器 |
カスタムスクリプト
Pipeline Pilotは、1TBを超えることもある大規模で複雑なデータセットの処理によく使用されます。開発初期段階では、「PilotScript」と呼ばれるスクリプト言語が導入され、ユーザーはプロトコルに統合できる基本的なスクリプトを作成できます。その後、Python、.NET、Matlab、Perl、SQL、Java、VBScript、Rなどのプログラミング言語のサポートが追加されました。これらの言語は、グラフィカルユーザーインターフェースを必要とせずにコマンドを実行するAPIを通じて使用できます。[ 7 ]
PL/SQLをモデルとした言語であるPilotScriptは、「カスタムマニピュレータ（PilotScript）」や「カスタムフィルタ（PilotScript）」などの特定のコンポーネント内で使用されます。以下に、シンプルなPilotScriptコマンドの例を示します。ここでは、コンポーネントを通過する各レコードに「Hello」というプロパティが追加され、その値は「Hello World!」になります。
Hello := "Hello World!" ;参考文献
- ^ Hassan, Moises; Brown, Robert D.; Varma-O'Brien, Shikha; Rogers, David (2007). 「データパイプライン環境におけるケモインフォマティクス分析と学習」. ChemInform . 38 ( 12). doi : 10.1002/chin.200712278 . ISSN 0931-7597
- ^ Hu, Ye; Lounkine, Eugen; Bajorath, Jürgen (2009). 「アクティビティ指向特徴フィルタリングとビット密度依存類似度関数の適用による拡張接続性フィンガープリントの検索性能の向上」. ChemMedChem . 4 ( 4): 540– 548. doi : 10.1002/cmdc.200800408 . ISSN 1860-7179 . PMID 19263458. S2CID 35868099 .
- ^ 「Accelrys、パイプラインパイロット向けのNGSコレクションで次世代シーケンシング市場に参入」 Business Wire、2011年2月23日。 2013年2月15日閲覧。
- ^ Rabal, Obdulia; Link, Wolfgang; G. Serelde, Beatriz; Bischoff, James R.; Oyarzabal, Julen (2010). 「化学ライブラリの画像ベース細胞スクリーニングからすべての関連情報を抽出、分析、注釈付けする統合ワンステップシステム」. Molecular BioSystems . 6 (4): 711– 720. doi : 10.1039/b919830j . ISSN 1742-206X . PMID 20237649 .
- ^ Paveley, Ross A.; Mansour, Nuha R.; Hallyburton, Irene; Bleicher, Leo S.; Benn, Alex E.; Mikic, Ivana; Guidi, Alessandra; Gilbert, Ian H.; Hopkins, Andrew L.; Bickle, Quentin D. (2012). 「寄生虫病に対するラベルフリー、画像ベースベイズ分類による全生物ハイコンテントスクリーニング」 . PLOS Neglected Tropical Diseases . 6 (7) e1762. doi : 10.1371/journal.pntd.0001762 . ISSN 1935-2735 . PMC 3409125. PMID 22860151 .
- ^ 「Pipeline Pilot コンポーネントコレクション」 Accelrys. 2013年1月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年1月26日閲覧。
- ^ 「Pipeline Pilot統合コンポーネントコレクションデータシート」（PDF） . Accelrys . 2013年2月8日閲覧。
