ピモル
| ピモル | |
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 ビューアーと GUI が表示された PyMOL インスタンス。 | |
| 原作者 | ウォーレン・ライフォード・デラノ |
| 開発者 | シュレディンガー株式会社 |
| 初回リリース | 2000年 |
| 安定版リリース | 3.1.0 / 2025年2月1日 |
| リポジトリ |
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| 書かれた | C、C++、Python |
| オペレーティング·システム | クロスプラットフォーム: macOS、Unix、Linux、Windows |
| プラットフォーム | IA-32、x86-64 |
| 入手可能な | 英語 |
| タイプ | 分子モデリング |
| ライセンス | 元々はPythonライセンス[1]だったが、現在はプロプライエタリ[2]となっている。 |
| Webサイト | pymol.org/2/ |
PyMOLはウォーレン・ライフォード・デラノ氏によって作成されたソースコードが公開されている[2]分子可視化システムです。当初は科学・教育界が普遍的にアクセスできる便利なツールを作ることを専門とする民間ソフトウェア会社、デラノ・サイエンティフィックLLCによって商用化されました。現在はシュレディンガー社によって商用化されています。オリジナルのソフトウェアライセンスは寛容なライセンスだったため、それを削除することができました。新しいバージョンはPythonライセンスではなく、カスタムライセンス（幅広い利用、再配布、改変の権利を認めるが、どのバージョンの著作権もシュレディンガー社に帰属）[2]の下でリリースされており、ソースコードの一部は公開されていません。[3] PyMOLは、タンパク質などの低分子や生物学的高分子の高品質な3D画像を作成できます。PyMOLは広く利用されています。
PyMOLは、構造生物学分野で利用可能な数少ないオープンソースのモデル可視化ツールの一つです。ソフトウェア名の「Py 」は、プログラムがプログラミング言語Pythonで記述されていることを示しています。
PyMOLはOpenGL Extension Wrangler Library (GLEW)とFreeGLUTを使用し、適応型ポアソン・ボルツマンソルバーを用いてポアソン・ボルツマン方程式を解くことができる。 [4] PyMOLはGUIウィジェットにTkを使用し、Schrödingerを通じてmacOS用のネイティブAquaバイナリを持っていたが、バージョン2.0のリリースで全プラットフォームでPyQtユーザーインターフェースに置き換えられた。 [5]
歴史と商業化
PyMolの初期のバージョンはPythonライセンスの下でリリースされました。2006年8月1日、DeLano Scientificは同社が配布するコンパイル済みPyMOLビルド（ベータ版を含む）向けに、アクセス制御されたダウンロードシステムを採用しました。現在、これらの実行ファイルへのアクセスは有料顧客の登録ユーザーに限定されています。教育用ビルドは学生と教師は無料で利用できます。しかし、現在のソースコードの大部分は引き続き無料で入手でき、古いコンパイル済みビルドも同様です。他のプラットフォームのビルドシステムはオープンですが、Windows API（WinAPI、Win32）ビルドシステムは非公式ですが、非公式のWindowsバイナリがオンラインで入手できます。[6]誰でもPythonライセンスのソースコードから実行ファイルをコンパイルするか、サポートサービスのサブスクリプション料金を支払ってコンパイル済み実行ファイルにアクセスすることができます。
2010年1月8日、Schrödinger社はPyMOLを買収する契約を締結した。同社は、当時有効なすべてのサブスクリプションを含むPyMOLの開発、保守、サポート、販売を引き継いだ。また、PyMOLオープンソースコミュニティへのサポートも積極的に続けている。 2017年、Schrödinger社は配布システムを刷新し、ユーザーインターフェースをQtに、パッケージ管理をAnacondaに統合し、PyMol v2としてリリースした。[5]このバージョンでは、一部の新機能が制限され、30日間の試用期間を超えてライセンスなしで使用すると、視覚化に透かしが追加される。全体的なライセンスポリシーはDeLanoシステムと同様である。ソースコードの大部分は引き続き入手可能だが、今回はBSDライクなライセンスの下で提供される。[7]以前のディストリビューションと同様に、wheel形式の非公式Windowsバイナリが利用可能であり[6] 、 Linuxディストリビューションでは独自ビルドのオープンソースコードを提供し続けている。
要素の色
PyMOL は要素ごとにボールの色分けを適用します。
| PyMOLの元素色を背景に使用した周期表[8] | |||||||||||||||||||
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| ① | |||||||||||||||||||
| ② | |||||||||||||||||||
| ③ | |||||||||||||||||||
| ④ | |||||||||||||||||||
| ⑤ | |||||||||||||||||||
| ⑥ |  | ||||||||||||||||||
| ⑦ | .svg/1280px-Asterisks_2_(vertical).svg.png){kind=small} | ||||||||||||||||||
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ギャラリー
- PyMOLの分子編集機能の例。二面角結合の回転とスカルプティングモードによるインタラクティブな分子緩和。これらは量子化学ソフトウェアの入力ジオメトリを作成するのに役立つ機能です。
参照
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参考文献
- ^ 「PyMOL分子グラフィックスシステム」SourceForge . 2020年6月2日.
- ^ abc 「オープンソースPyMOL」Schrodinger, Inc. 2021年11月5日. 2021年11月7日閲覧。
- ^ "PyMOL | pymol.org". pymol.org . 2021年11月7日閲覧。
オープンソース哲学
PyMOLは商用製品ですが、そのソースコードの大部分はパーミッシブライセンスの下で無料で公開されています。このオープンソースプロジェクトはSchrödingerによって維持管理されており、最終的にはPyMOLライセンスを購入したすべての人からの資金によって運営されています。
オープンソースはオープンサイエンスを可能にします。
これはPyMOLの初代作者であるWarren L. DeLanoのビジョンでした。
- ^ “APBS”. poissonboltzmann.org . 2020年2月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年10月7日閲覧。
- ^ ab 「PyMOL v2.0 リリースノート」。
- ^ ab 「Windows用Python拡張パッケージ - Christoph Gohlke」。lfd.uci.edu 。 2019年10月26日閲覧。
- ^ "schrodinger/pymol-open-source". GitHub . 2019年6月24日閲覧。
- ^ 「色の値」. pymolwiki. 2010年. 2021年9月4日閲覧。
外部リンク
- 公式サイト
- PyMOL ウィキ
- 読み取り専用のPyMOL Wikiミラー
- シュレーディンガーLLC
- PyMOLによる分子ムービー作成
