タンパク質情報リソース

ジョージタウン大学メディカルセンターにあるタンパク質情報リソース（PIR）は、ゲノム・プロテオーム研究、および科学的研究を支援するための統合型公開バイオインフォマティクスリソースです。PIRには、タンパク質配列データベース[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]が含まれています。

歴史

PIRは、研究者や顧客がタンパク質配列情報を識別し解釈するのを支援するリソースとして、1984年に国立生物医学研究財団によって設立されました。それ以前に、財団は1964年から1974年にかけてマーガレット・デイホフの編集の下、高分子配列に関する最初の包括的なコレクションである『タンパク質配列と構造のアトラス』を編纂しました。デイホフと彼女の研究グループは、タンパク質配列の比較、遠縁の配列や配列内の重複の検出、そしてタンパク質配列のアラインメントから進化史を推論するためのコンピュータ手法の開発において先駆的な役割を果たしました。[ 8 ]

1983年にデイホフが死去した後、ウィノナ・バーカーとロバート・レドリーがプロジェクトの指揮を引き継ぎました。1999年にキャシー・H・ウーが国立生物医学研究財団、その後ジョージタウン大学医療センターに加わり、PIRのバイオインフォマティクスの取り組みを率い、最初は主任研究員を務め、2001年からはディレクターを務めています。

PIR は 40 年にわたり、タンパク質配列および構造アトラスから生まれた初の国際データベースであるタンパク質配列データベース (PIR-International を参照) など、科学界が自由にアクセスできる多数のタンパク質データベースと分析ツールを提供してきました。

2002年、PIRは、国際的なパートナーである欧州バイオインフォマティクス研究所（ EBI）およびスイスバイオインフォマティクス研究所（Swiss -BBI ）と共に、NIHから助成金を受け、タンパク質情報リソース（Protein Information Resource）-タンパク質配列データベース（Protein Sequence Database）、Swiss-Prot、およびTrEMBLデータベースを統合し、タンパク質配列と機能に関する世界規模の単一データベースであるUniProtを構築しました。2010年現在、PIRは、主にタンパク質アノテーションの普及と標準化を支援することを目的とした、PIRSF、 [ 9 ] iProClass、iProLINKといった幅広いリソースを提供しています。

タンパク質オントロジーは、タンパク質情報リソースによって公開されているもう1つの人気のあるデータベースです。[ 10 ] [ 11 ]

参考文献

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ Archived 2014-03-12 at the Wayback Machineジョージタウン大学の PIR の公式ウェブサイト。
  2. ^ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). 「ゲノム補完とアノテーションの最新情報：タンパク質情報リソース」 .ヒューマンゲノミクス. 1 (3): 229–33 . doi : 10.1186/1479-7364-1-3-229 . PMC  3525084. PMID  15588483 .
  3. ^ Wu, CH (2003). 「タンパク質情報リソース」 .核酸研究. 31 (1): 345– 347. doi : 10.1093/nar/gkg040 . PMC 165487. PMID 12520019 .  
  4. ^ウー、CH;黄、H;アーミンスキー、L;カストロ＝アルベアル、J;チェン、Y;胡、ZZ。レドリー、RS;ルイス、KC;ハイウェイ州ミューズ。ブリティッシュコロンビア州オーカット。ベルギー州スゼック。次田亜生;ヴィニャヤカ、CR;そうだね、LS。張、J;バーカー、トイレ (2002-01-01)。「タンパク質情報リソース: タンパク質の機能アノテーションの統合された公共リソース」。核酸研究。30 (1): 35–37 .土井: 10.1093/nar/30.1.35。ISSN 1362-4962。PMC 99125。PMID 11752247。   
  5. ^ Barker, WC; Garavelli, JS; Hou, Z.; Huang, H.; Ledley, RS; McGarvey, PB; Mewes, HW; Orcutt, BC; Pfeiffer, F.; Tsugita, A.; Vinayaka, CR; Xiao, C.; Yeh, LS; Wu, C. (2001). 「タンパク質情報リソース：タンパク質データの専門家によるアノテーションのためのコミュニティリソース」 . Nucleic Acids Research . 29 (1): 29– 32. doi : 10.1093/nar/29.1.29 . PMC 29802. PMID 11125041 .  
  6. ^ Barker, WC (2000). 「タンパク質情報リソース（PIR）」 .核酸研究. 28 (1): 41– 44. doi : 10.1093 / nar/28.1.41 . PMC 102418. PMID 10592177 .  
  7. ^ George, DG; Dodson, RJ; Garavelli, JS; Haft, DH; Hunt, LT; Marzec, CR; Orcutt, BC; Sidman, KE; Srinivasarao, GY; Yeh, L.-SL; Arminski, LM; Ledley, RS; Tsugita, A.; Barker, WC (1997). 「タンパク質情報リソース（PIR）とPIR国際タンパク質配列データベース」 . Nucleic Acids Research . 25 (1): 24– 27. doi : 10.1093/nar/25.1.24 . PMC 146415. PMID 9016497 .  
  8. ^ Izet, M (2016). 「医療情報科学の発展に最も影響を与えた科学者（13）: マーガレット・ベル・デイホフ」. Acta Inform Med . 24 (4).
  9. ^ウー、CH;ニコルスカヤ、A.ファン、H.そうだね、LS。ダヤダ州ナターレ。ヴィニャヤカ、CR;胡、ZZ。マズムダー、R.クマール、Ｓ．クルテス、P.レドリー、RS;ベルギー州スゼック。アーミンスキー、L.チェン、Y。チャン、J.カルデナス、JL;チョン、Ｓ．カストロ＝アルベアル、J.ディンコフ、G.バーカー、トイレ (2004)。「PIRSF: タンパク質情報リソースのファミリー分類システム」。核酸研究。32 (90001): 112D–114。土井：10.1093/nar/gkh097。PMC 308831。PMID 14681371。  
  10. ^ 「GeorgeTown.edu - Protein Ontology」。2011年3月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年12月4日閲覧。
  11. ^ Chicco, Davide; Masseroli, Marco (2019). 「生物学および医学オントロジー：タンパク質オントロジー（PRO）」.バイオインフォマティクスと計算生物学百科事典. pp.  832– 837. doi : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8 . ISBN 9780128114322. S2CID  66974875 .
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