RIOK1

RIOK1
利用可能な構造
PDBオーソログ検索: PDBe RCSB
識別子
エイリアスRIOK1、AD034、RRP10、bA288G3.1、RIOキナーゼ1、RIO1
外部IDオミム: 617753 ; MGI : 1918590 ;ホモロジーン: 6950 ;ジーンカード: RIOK1 ; OMA : RIOK1 - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

83732

71340

アンサンブル

ENSG00000124784

ENSMUSG00000021428

ユニプロット

Q9BRS2

Q922Q2

RefSeq (mRNA)

NM_031480 NM_153005 NM_001348194

NM_024242

RefSeq（タンパク質）

NP_113668 NP_001335123

NP_077204

場所（UCSC）6章: 7.39 – 7.42 Mb13章: 38.22 – 38.25 Mb
PubMed検索[ 3 ][ 4 ]
ウィキデータ
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セリン/スレオニンタンパク質キナーゼRIO1は、ヒトではRIOK1遺伝子によってコードされる酵素である。[ 5 ]

RIOK1は、ほとんどの古細菌および真核生物に存在する非定型タンパク質であり、セリン／スレオニン特異的タンパク質キナーゼファミリーに属します。[ 6 ] [ 7 ]

RIOK1遺伝子が小リボソームサブユニット（SSU）上で促進する成熟過程を理解するために、精力的に研究が行われてきました。RIOK1遺伝子の過剰発現または変異は、RIOK1遺伝子のネットワーク（後生動物においては、タンパク質レベルおよび遺伝子レベルの大規模なシグナル伝達ネットワークであり、栄養素の利用可能性に応じて成長と分裂を刺激または制限します）の誤制御を引き起こす可能性があることが示唆されています。これは原発性癌細胞で観察されており、癌の発生と進行に寄与している可能性があります。[ 8 ]

特徴

RIOK 1の分子量は65,583 Da、基底等電点は5.84（様々なリン酸化状態のpIを予測、非リン酸化状態のpI = 5.84）、染色体上の位置はヒト正統6p24.3である。（6:7,389,496-7,418,037）

PTM効果

改変タンパク質への影響 - K411-m1によって引き起こされるタンパク質分解、 T410-pによって引き起こされるタンパク質安定化、 K411-m1 によって引き起こされるユビキチン化。

生物学的発達への影響 - 細胞の成長はK411-m1によって引き起こされ、阻害される。[ 9 ]

突然変異誘発

1つまたは複数のアミノ酸の実験的変異がタンパク質の生物学的特性に及ぼす影響。アミノ酸残基が変化した場合は、その変化、変異体の名称（既知の場合）、および変異がタンパク質、細胞、または生物全体に及ぼす影響を報告します。例：Q1LCS4、P04395、Q38914。

変異が複数の点変異と関連している場合、変異の正確な組み合わせ（位置とアミノ酸の修飾）を追加します。例：P62166、O14776。[ 10 ]

RIOK1の変異（D324A）は自己リン酸化活性を失わせ、プレ40Sリボソームサブユニットとの結合を強化し、18S-EプレrRNAから成熟した18S rRNAへのプロセシングを阻害する。[ 11 ]

保全

多重配列アライメント（Clustal Omegaを用いてアライメント）を見ると、赤いボックス内の3つの異なるRIOK 1（ヒト、マウス、ラット）の修飾残基を比較することができます。 [ 9 ]

関数

免疫抑制剤

RIOK1の機能はまだ不明であるにもかかわらず、このタンパク質の欠損により、免疫抑制剤としての機能を示すエロモナスと呼ばれる特定の種類の細菌に対する耐性が付与されることが発見されている。 [ 12 ]

フィードバックループとは、RIOK1がp38 MAPKとSKN-1の間で細菌に対する免疫系を阻害するモデルです。微生物の存在によりp38 MAPK経路が活性化され、SKN-1濃度が上昇します。その結果、この経路を阻害するために必要な量のRIOK1が産生されます。

RNA成熟

さらに、RIOK1は40Sリボソームサブユニットの代謝にも関与している可能性があり、具体的には、40Sリボソームサブユニットの成熟に関与し、40S前駆体からのRNA結合タンパク質であるPNO1とNOB1のリサイクルに必要であることが分かっています。[ 11 ]

タンパク質結合

さらに、RIOK1のタンパク質結合機能は、同じ活性に関与する他のタンパク質の中でも際立っています。例えば、 RIOK1とPIClnが関与するPRMT5の結合において、RIOK1はPIClnよりも汎用的なアダプターであることが示唆されています。RIOK1はC末端を介してNCLとも相互作用し、 NCLをPRMT5のメチル化の標的とします。[ 13 ] RioK1は、N末端配列VPGQFDDAD（残基12-20）を介してPRMT5のTIMバレルドメインの浅い溝に結合します。 [ 14 ] [ 15 ]この結合アミノ酸配列は、 PRMT5とそのアダプタータンパク質間のタンパク質間相互作用を阻害するマクロ環状阻害剤の合成の基礎として使用されました。[ 16 ]

RIOK1の主要な機能とプロセスのリスト

出典: [ 17 ]

機能

関与するプロセス

  • SSUU-rRNAの成熟
  • rRNAプロセシングの正の制御
  • タンパク質のリン酸化
  • リボソーム小サブユニットの生合成

場所と構造

RIOK1はPRMT5複合体の唯一の構成要素であり、細胞質にのみ存在する。[ 13 ]

組織発現

タンパク質キナーゼRIO1の最も高い発現は精巣で見られ、さらにこのタンパク質をコードするRNAは組織特異性が低く、あらゆる種類の組織で検出されますが、主に下垂体、精巣、骨格筋、胸腺、NK細胞で検出されます（RIOK1組織発現）。

配列と一次構造

RIOK1遺伝子には5つの異なる転写産物がある[ 5 ]が、転写産物バリアント1（mRNA）（RIOK1-202）のみがORF（NCBI GenBank）を含み、その起源配列は17のコーディングエクソン（赤で表示）で構成されている：[ 5 ]

RIOK1転写バリアント1は、568個のアミノ酸を含むタンパク質キナーゼRIO1（アイソフォーム1）をコードしている（ NCBI GenPept）。[ 18 ]翻訳後修飾の結果、タンパク質キナーゼRIO1は21番目と22番目の位置に 2つのホスホセリンを持つ[ 19 ]。

二次構造

その二次構造は9つのαヘリックス（赤）と7つのβストランド（青）で構成されている（ヨーロッパタンパク質データバンク）[ 20 ]

ネイティブ州

RIOK1はセリン/スレオニン特異的タンパク質キナーゼファミリーに属し、したがって180-479番目の位置に タンパク質キナーゼドメインを有する。

これはMg(+2)を補酵素として利用するホロ酵素である[ 11 ]

サイト

この酵素は、位置208（ATP用）、278（カルボニル酸素を介したATP用）、および280（窒素アミドを介したATP用）の3つの結合部位を持ち、位置329と349に2つの金属結合部位[Mg(+2)]を持ち、位置324（プロトン受容体）と341（4-アスパルチルリン酸中間体）に2つの活性部位を持つ[ 11 ] [ 20 ]

参考文献

  1. ^ a b c GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000124784 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ a b c GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000021428 – Ensembl、2017年5月
  3. ^ 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  5. ^ a b c "GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000124784" . 2017年5月.
  6. ^ "EC 2.7.11.1" . KEGG:京都遺伝子ゲノム百科事典.
  7. ^ 「セリン/スレオニンタンパク質キナーゼRIO1」 . Target Report Card . Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK: EMBL-EBI, Wellcome Genome Campus . 2019年10月24日閲覧。{{cite web}}: CS1 メンテナンス: 場所 (リンク)
  8. ^ Berto G, Ferreira-Cerca S, De Wulf P (2019年4月). 「Rio1タンパク質キナーゼ/ATPase：成長、分裂、ゲノム安定性の保存された調節因子」. Current Genetics . 65 (2): 457– 466. doi : 10.1007/s00294-018-0912-y . PMID 30515528. S2CID 54445776 .  
  9. ^ a b「RIOK1 (ヒト)」 . www.phosphosite.org . 2019年10月24日閲覧。
  10. ^ 「突然変異誘発」www.uniprot.org . 2019年10月24日閲覧。
  11. ^ a b c d Barbara W (2012). 「ヒトRio1のキナーゼ活性は40Sサブユニットの細胞質成熟の最終段階に必要である」 . Molecular Biology of the Cell . 23 (1). MboC: 22– 35. doi : 10.1091/mbc.E11-07-0639 . PMC 3248900. PMID 22072790 .  
  12. ^ CS C (2018). 「RIOK-1はCaenorhabditis elegansにおけるp38 MAPK自然免疫経路の抑制因子である」 . Frontiers in Immunology . 9 774. doi : 10.3389/fimmu.2018.00774 . PMC 5913292. PMID 29719537 .  
  13. ^ a b Guderian G, Peter C, Wiesner J, Sickmann A, Schulze-Osthoff K, Fischer U, Grimmler M (2011年1月). 「タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ5（PRMT5）の新規相互作用因子RioK1はpIClnと結合を競合し、PRMT5複合体の構成と基質特異性を調節する」 . The Journal of Biological Chemistry . 286 (3): 1976– 86. doi : 10.1074/jbc.M110.148486 . PMC 3023494. PMID 21081503 .  
  14. ^ Krzyzanowski A, Gasper R, Adihou H, 't Hart P, Waldmann H (2021年2月). 「pICln、RioK1 、およびCOPR5とPRMT5-MEP50複合体との相互作用に関する生化学的研究」 . ChemBioChem . 22 (11): 1908– 1914. doi : 10.1002/cbic.202100079 . PMC 8252068. PMID 33624332 .  
  15. ^ Mulvaney KM, Blomquis C, Acharya N, Li R, O'Keefe M, Ranaghan M, Stokes M, Nelson AJ, Jain SS, Columbus J, Bozal FK, Skepner A, Raymond D, McKinney DC, Freyzon Y, Baidi Y, Porter D, Ianari A, McMillan B, Sellers WR (2021). 「PRMT5メチロソームへの基質リクルートメントの分子基盤」. Molecular Cell . 81 (17): 3481–3495.e7. bioRxiv 10.1101/2020.08.22.256347 . doi : 10.1016/j.molcel.2021.07.019 . PMID 34358446 .  
  16. ^ Krzyzanowski A, Esser LM, Willaume A, Prudent R, Peter C, 't Hart P, Waldmann H (2022年11月). 「マクロ環状PRMT5-アダプタータンパク質相互作用阻害剤の開発」 . J. Med. Chem . 65 (22): 15300– 15311. doi : 10.1021/acs.jmedchem.2c01273 . PMC 9706563. PMID 36378254 .  
  17. ^ 「RIOK1 RIOキナーゼ1 [ホモサピエンス（ヒト）]」 . RIOK1-NCB1 . NCBI . 2019年10月26日閲覧。
  18. ^ 「UniProtKB - Q9BRS2 (RIOK1_HUMAN)」 .
  19. ^ Mayya V, Lundgren DH, Hwang SI, Rezaul K, Wu L, Eng JK, Rodionov V, Han DK (2009年8月). 「T細胞受容体シグナル伝達の定量的リン酸化プロテオーム解析により、タンパク質間相互作用のシステム全体にわたる調節が明らかになる」. Science Signaling . 2 (18): ra46. doi : 10.1126/scisignal.2000007 . PMID 19690332. S2CID 206670149 .  
  20. ^ a b Ferreira-Cerca S, Kiburu I, Thomson E, LaRonde N, Hurt E (2014年7月). 「優性Rio1キナーゼ/ATPase触媒変異体は、80S様リボソームにおける後期プレ40S生合成因子の捕捉を誘導する」 . Nucleic Acids Research . 42 (13): 8635–47 . doi : 10.1093 / nar/gku542 . PMC 4117770. PMID 24948609 .  
  • PDBe-KBのUniProt : Q9BRS2 (セリン/スレオニンタンパク質キナーゼ RIO1)のPDBで利用可能なすべての構造情報の概要。
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