構造アライメントソフトウェア

この構造比較およびアライメント ソフトウェアのリストは、ペアまたは複数の構造比較および構造アライメントで使用されるソフトウェア ツールと Web ポータルをまとめたものです。

構造の比較と整合

名前説明クラスタイプフレキシブルリンク著者年
再検索[1]高速かつ正確なタンパク質構造のアライメント、検索、可視化Cαペアはいダウンロード

サーバ

エドガーRC2024
マッスル3D [2]高速かつ正確な複数タンパク質構造のアライメントと可視化Cαマルチはいダウンロードエドガー・R・Cとトルストイ1世2024
アルテミス[3]RNA/DNA 3D構造のトポロジー非依存な重ね合わせと構造に基づく配列アライメントオールAペアいいえダウンロードボーダン DR;ブジニッキ・JM;ボーリンEF2024
アルテム[4] [5]任意の2つのRNA/DNA 3D構造フラグメントの重ね合わせと3Dモチーフの識別オールAペアいいえダウンロードボーダン DR;ヴォロニナ VV;ブジニッキ・JM;ボーリンEF2023
フォールドシーク[6]高速かつ正確なタンパク質構造のアライメントと可視化シーケンスペアはいサーバーダウンロードM. ファン ケンペン & S. キム & C. トゥメシャイト & M. ミルディータ & J. リー & C. ギルクリスト & J. セーディング & M. シュタイネガー2023
3つの決定視覚化と構造解析ツールを備えたタンパク質構造リポジトリシーケンスマルチはいサイトP. シュミットケ2015
マンモス理論から得られた分子モデルのMAtching​CαペアいいえサーバーダウンロードCEM ストラウス & AR オルティス2002
CE組み合わせ拡張​​CαペアいいえサーバI. シンジャロフ2000
CE-MC組み合わせ拡張-モンテカルロ​​​​CαマルチいいえサーバC. グダ2004
ダリライト距離行列配置​CマップペアいいえサーバーとダウンロードL. ホルム1993
TMアラインTMスコアに基づくタンパク質構造アライメントCαペアゼロサーバーとダウンロードY. チャン & J. スコルニック2005
mTMアラインTM-alignに基づく複数のタンパク質構造のアライメントCαマルチいいえサーバーとダウンロードR. ドン、Z. ペン、Y. チャン、J. ヤン2018
広大なベクトルアライメント検索ツール​​​​南南東ペアゼロサーバS.ブライアント1996
プリズムタンパク質インフォマティクスモデリングシステム​​​​南南東マルチゼロサーバB. ホニグ2000
文部科学省分子オペレーティング環境。タンパク質およびタンパク質-リガンド構造モデリングのための広範なプラットフォーム。Cα、AllA、Seqマルチいいえサイト化学コンピューティンググループ2000
SSAP逐次構造調整プログラム​​​​南南東マルチいいえサーバC. オレンゴ & W. テイラー1989
SARF2バックボーンフラグメントの空間AR配置南南東ペアゼロサーバN.アレクサンドロフ1996
ケノービ/K2該当なし南南東ペアゼロサーバZ. ウェン2000
スタンプST複数のタンパク質の構造アライメント​CαマルチいいえダウンロードサーバーR. ラッセルと G. バートン1992
質量二次構造による多重アライメント​​南南東マルチいいえサーバO. ドロール & H. ウルフソン2003
スカリタンパク質の構造コアALI配置Seq/CマップペアゼロサーバーダウンロードX. ユアン & C. バイストロフ2004
デジャヴ該当なし南南東ペアゼロサーバGJ. クレイウェクト1997
SSM二次構造マッチング​​南南東マルチゼロサーバE. クリシネル2003
シバ環境に基づくアライメントによる構造相同性​​シーケンスペアゼロサーバJ・ジョン＆B・リー2000
LGA [7]局所的アライメントとグローバル距離テスト（GDT-TS）構造類似性測定Cα、AllA、任意の原子ペアゼロサーバーとダウンロードA. ゼムラ2003
ポサ部分的な秩序構造の調整​CαマルチはいサーバY. イェ & A. ゴジク2005
ピモル「super」コマンドはシーケンスに依存しない3Dアライメントを実行しますタンパク質ハイブリッドいいえサイトWLデラノ2007
ファットキャット柔軟な構造A lignmen T は、A整列したフラグメントペアを連結してねじれを許容することによって形成されますCαペアはいサーバY. イェ & A. ゴジク2003
解体サブ構造レベルおよびペアワイズアライメントでのデータベース検索。南南東マルチいいえサーバZH. Zhang ら2010
マトラスタンパク質構造のMA rkovian TRANSITIONCαとSSEペアゼロサーバ西川 和也2000
マンモスマルチMAMMOTHベースの多重構造アライメントCαマルチいいえサーバD. ルピアン2005
プロテイン3Dフィット該当なしCマップペアゼロサーバD. ションバーグ1994
誇りIDEエンティティのPR可能性CαペアゼロサーバS.ポンゴール2002
速い高速アライメントと 検索ツール​​​CαペアゼロサーバJ・ジュー2004
C-BOPタンパク質の座標に基づく組織化​該当なしマルチゼロサーバE. サンデリン2005
利益タンパク質最小二乗法フィッティングCαマルチゼロサーバACR. マーティン1996
トポフィットトポマックスポイントにおける共通ボリュームの重ね合わせとしてのアライメントCαペアゼロサーバVA. イリン2004
マスタング複数のST構造アライメントのアルゴリズム​​​CαとCマップマルチゼロダウンロードAS Konagurthuら2006
URMS単位ベクトルRMSDCαペアゼロサーバK. ケデム2003
ロック階層的タンパク質構造の重ね合わせ南南東ペアいいえ該当なしAP.シン1997
ロック2LOCKからの改良点南南東ペアいいえダウンロードJ. シャピロ2003
CBA一貫性に基づくアライメント​南南東マルチゼロダウンロードJ. エバート2006
テトラDA四面体分解A線条​南南東マルチはい該当なしJ. ローチ2005
ストラップ構造ベースのアライメントプログラム​CαマルチゼロサーバC. ジル2006
ロボアライン構造アライメントのための低次値最適化手法CαペアゼロサーバAndreaniら2006
ギャングスタ非連続、ギャップ付きタンパク質ST構造アライメントのための遺伝的アルゴリズムSSE/CマップペアいいえサーバB. コルベック2006
ギャングスタ+非連続およびギャップ構造アライメントのための組み合わせアルゴリズムSSE/CマップペアいいえサーバA. ゲラー & EW ナップ2008
マットアライン[8]マトリックスアライメントによるタンパク質構造の比較CマップペアゼロサイトZ. アウン & KL タン2006
ヴォロリンボロノイ接触を用いた高速構造アライメントCマップマルチはいサーバF. Birzele他2006
エスプレッソT-CoffeeとSapを用いた高速多重構造アライメントCαマルチゼロサイトC. ノートルダム他2007
キャラインCαアラインCαマルチゼロサイトTJオールドフィールド2007
ヤクサ内部座標とBLAST型アルゴリズムCαペアゼロサイトM. カルペンティエ他2005
ブロマップ適合に基づくアルファベットの配置CαマルチゼロサーバＷＭ。鄭 & S. 王2008
クレパップス適合に基づくアルファベットの配置CαペアゼロサーバＷＭ。鄭 & S. 王2008
タリFねじり角ALI調整Cαペアいいえ該当なしX. ミオア2006
モルコム該当なし幾何学マルチゼロ該当なしSDオハーン2003
マレコン該当なし幾何学マルチゼロ該当なしS. ウォダック2004
フレックスプロトタンパク質構造の柔軟な配列CαペアはいサーバM. シャツキー & H. ウルフソン2002
マルチプロットタンパク質構造の多重アライメント幾何学マルチいいえサーバM. シャツキー & H. ウルフソン2004
CTSS局所的幾何学的特徴を用いたタンパク質構造アライメント幾何学ペアゼロサイトT.缶2004
曲線該当なし幾何学マルチいいえサイトD.ジー2006
マット複数の位置合わせと回転​​CαマルチはいサーバーダウンロードM. メンケ2008
トップマッチ[9]タンパク質構造のアライメントと構造類似性の可視化、多タンパク質複合体のアライメントCαペアいいえサーバーダウンロードM. シップル & M. ヴィーダーシュタイン2012
SSGS二次構造ガイド付き重ね合わせ​​カルシウムペアいいえサイトG. ウェインレブ他2006
マッチプロット成長近傍アラインメントによるタンパク質構造の比較CαペアいいえサーバS. Bhattacharya他2007
UCSFキメラMatchMakerツールと「matchmaker」コマンドを参照してくださいシーケンスとSSEマルチいいえサイトE. Mengら2006
フラッシュタンパク質の構造相同性を見つけるためのFast a Liignmentアルゴリズム南南東ペアいいえ該当なしESC Shih と MJ Hwang2003
ラピドドメイン動作の存在下でのタンパク質構造の迅速なアライメントCαペアはいサーバR. モスカ & TR シュナイダー2008
コムサブストラクト微分幾何学的符号化に基づく構造アライメント幾何学ペアはいサイト森川直樹2008
プロCKSIタンパク質（構造）の比較、知識、類似性、情報他のペアいいえサイトD. Barthelら2007
サーストラマチャンドランによる構造類似性検索逐次変換CαペアゼロサイトWC. Loら2007
Fr-TM-alignフラグメントTMスコアに基づくタンパク質構造アライメントCαペアいいえサイトSB パンディット & J. スコルニック2008
TOPS+比較リガンド情報を強化したタンパク質構造のトポロジカルモデルの比較トポロジーペアはいサーバM. ヴィーラマライ & D. ギルバート2008
トップス++ファットキャットTOPS+ストリングモデルから派生したねじれを許容する整列フラグメントペアの連鎖による柔軟な構造整列TCαペアはいサーバM. Veeramalai他2008
モルロック分子局所表面アライメントサーフィンペアいいえサーバME Bockら2007
フェイズ二次構造要素の柔軟な配置南南東ペアはい該当なしJ. ヴェスターストロム & WR テイラー2006
サーベルトゥースベクトル構造表現に基づくタンパク質構造アライメントCαペアはいサーバF. Teichert他2007
ストン該当なしCαペアいいえサイトC. Eslahchi他2009
サラインシーケンス構造ハイブリッド法シーケンスマルチいいえサイトMS Madhusudhan他2007
マックスペア該当なしCαペアいいえサイトA. ポレクシッチ2009
テセウス最大尤度重ね合わせCαマルチいいえサイトDL テオバルド & DS ヴットケ2006
TABLEAU検索タンパク質の折り畳みパターンのTableau表現を用いた構造検索と検索南南東ペアいいえサーバAS Konagurthuら2008
QPタブロー検索[10]二次計画法を用いたTableauベースのタンパク質部分構造検索南南東ペアいいえダウンロードA.Stivalaら2009
プロSMoSタンパク質構造モチーフ検索​​​​南南東ペアいいえサーバーダウンロード[リンク切れ]S. Shiら2007
ミストラルエネルギーに基づくタンパク質の多重構造アラインメントCαマルチいいえサーバC. ミケレッティ & H. オーランド2009
MaxCMO 向け MSVNSタンパク質構造比較のためのシンプルで高速なヒューリスティックCマップペアいいえサイトD. Peltaら2008
構造的動的計画法による最小二乗平均平方根偏差最小化Cαペアいいえサーバーダウンロードガースタイン＆レビット2005
プロビス[11]局所構造アライメントによる構造的に類似したタンパク質結合部位の検出サーフィンペアはいサーバーダウンロードJ. コンク & D. ヤネジック2010
アラディンダイナミックスに基づくアラインメント：タンパク質の集団運動を一致させることで重ね合わせるCαペアいいえサーバPotestioら2010
スワップススライディングウィンドウ分析タンパク質コード配列のアラインメントの制約を使用して、ファミリーまたは系統樹用に構造化された遺伝子データを分析するための選択的制約を検出するための手順。シーケンスマルチはいサーバマリオ・A・ファレス2004
SAタブロー検索[12]シミュレーテッドアニーリングとGPUを用いた高速かつ正確なタンパク質部分構造探索南南東ペアいいえダウンロードA.Stivalaら2010
RCSB PDBタンパク質比較ツール循環順列、配列アライメントの CE、FATCAT、CE バリエーションを提供しますCαペアはいサーバーダウンロードA. Prlicら2010
CSR最大共通3Dモチーフ、ノンパラメトリック、ペアワイズ対応を出力、小分子にも作用SSEまたはCαペアいいえサーバーダウンロードM. プティジャン1998
エピトープマッチ不連続構造マッチング、誘導適合の考慮、柔軟な幾何学的および物理化学的特異性の定義、アミノ酸残基の類似した空間配置の移植Cα-AllAマルチはいダウンロードS.ヤクシェフ2011
クリックトポロジーに依存しない3D構造比較SSE & Cα & SASAペアはいサーバM. グエン2011
スモリグ空間モチーフに基づくタンパク質構造アライメントSSE & C-MapマルチはいダウンロードH. サン2010
3Dブラスト3次元形状密度の比較密度ペアいいえサーバL. Mavridis他2011
デダルDEスクリプトの定義されたAL設定SSE & Cα & CマップペアはいサーバP. ダニルック & B. レシン2011
msTALI複数の構造の調整​Cα & Dihed & SSE & SurfマルチはいサーバP. シーリー & H. ヴァラファー2012
マルPBA複数のPB配列アライメントPBマルチはい該当なしAP ジョセフら2012
SASプロPROタンパク質の同時A配列とS重ね合わせ???ペアはいサーバシャー＆サヒニディス2012
ミラージュアラインマッチインデックスに基づく構造アライメント法SSEとPPEペアいいえWebサイトK. Hung他2012
SPalign構造ペアワイズアライメント​​​CαペアいいえサーバーダウンロードY. Yang他2012
Kpax [13]ガウスオーバーラップを用いた高速ペアワイズまたは多重アライメント他のペアはいWebサイトDWリッチー2016
ディープアライン[14]空間的近接性を超えたタンパク質構造のアラインメント（進化情報と水素結合を考慮）Cα + シーケンスペアいいえダウンロードサーバーS. ワンとJ. シュー2013
3Dコム[15]DeepAlignの拡張CαマルチいいえダウンロードサーバーS. ワンとJ. シュー2012
TS-AMIR [16]集中的な高速タンパク質構造比較のためのトポロジーストリングアライメント法SSEとCαペアいいえ該当なしJ. Razmara他2012
ミカン[17]MICANは、複数のチェーン、逆アライメント、Cαのみのモデル、代替アライメント、およびNオンシーケンシャルアライメントを処理できます。Cαペアいいえダウンロード南 聡他2013
SPalignNS [18]構造ペアワイズアライメント非連続​​​​​CαペアいいえサーバーダウンロードP.ブラウン他2015
フィット3D [19]位置特異的な交換の定義、分子内および分子間の発生の検出、モチーフアライメントに使用される任意の原子の定義を特徴とする、小さな構造モチーフの高精度スクリーニングAllA、CαマルチいいえサーバーダウンロードF. カイザーら2015
MMLigner [20]情報理論と圧縮に基づいたアライメントのベイズ統計的推論。CαペアはいサーバーダウンロードJ. コリアー他2017
RCSB PDB構造検索[21]核酸とバイオアセンブリをサポートし、180,000以上の構造を数秒で実行する小さな構造モチーフ検索オールAマルチいいえサーバー/ドキュメントのダウンロードS. Bittrich他2020

キーマップ:

  • クラス：
  • Cα -- バックボーン原子 (Cα) アライメント。
  • AllA -- すべての原子の整列;
  • SSE -- 二次構造要素のアライメント;
  • Seq -- 配列ベースのアライメント
  • ペア- ペアワイズアライメント（2 つの構造のみ）
  • マルチ-- 多重構造アライメント (MStA);
  • C-Map -- 連絡先マップ
  • サーフィン- コノリー分子表面アライメント
  • SASA -- 溶剤可接表面積
  • 二面角-- 二面角バックボーン角度
  • PB -- プロテインブロック
  • フレキシブル：
  • いいえ- 比較される構造間では剛体変換のみが考慮されます。
  • はい- この方法では、ヒンジ領域の周りの動きなど、比較対象の構造内である程度の柔軟性が考慮されています。

参考文献

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