18個のトリヌクレオチド繰り返しを含む

TNRC18
識別子
エイリアスTNRC18、CAGL79、TNRC18A、18個のトリヌクレオチド反復を含む
外部IDMGI : 3648294; HomoloGene : 45603; GeneCards : TNRC18; OMA :TNRC18 - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

84629

231861

アンサンブル

ENSG00000182095

ENSMUSG00000039477

ユニプロット

O15417

Q80WC3

RefSeq (mRNA)

NM_001013722
NM_001080495

NM_001122730
NM_178242

RefSeq（タンパク質）

NP_001073964

NP_001116202
NP_839973

場所（UCSC）7章: 5.31 – 5.43 Mb5番目の文字: 142.72 – 142.82 MB
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
人間の表示/編集マウスの表示/編集

18個のトリヌクレオチド繰り返し配列を含むタンパク質は、ヒトではTNRC18遺伝子によってコードされている。[5]

関数

TNRC18の正確な機能は、科学界ではまだ十分に解明されていません。国立生物工学情報センター（NCBI）データベースで提供されているタンパク質配列には、TNRC18内に臭素隣接相同性（BAH）ドメインが含まれています。[6] BAHドメインはクロマチン関連タンパク質によく見られ、遺伝子サイレンシングを補助します。[7]

遺伝子

UCSCゲノムブラウザによると、TNRC18はヒトの第7染色体（chr7: 5,306,800-5,423,546）に位置します。29個のイントロンと30個のエクソンが存在します。TNRC18の直前にはSLC29A4があり、直後にはAC092171.4が存在します。[8] SLC29A4はヒトの細胞膜モノアミントランスポーターをコードしています。

GeneCardsには、TNRC18の5つの別名（Long CAG Trinucleotide Repeat-Containing Gene 79 Protein、Trinucleotide Repeat-Containing Gene 18 Protein、CAGL79、KIAA1856、TNRC18A）が記載されています。さらに、TNRC18には、BAHドメインおよびコイルドコイル含有1（BAHCC1）とブロモ隣接相同ドメイン含有1（BAHD1）という2つのパラログがあります。[9]

mRNAとアイソフォーム

NCBIのTNRC18遺伝子ページには、12の転写バリアントmRNA配列にわたる9つの異なるタンパク質アイソフォームが記載されています。[10] TNRC18アイソフォームX7は、mRNA転写バリアントX7-X10によってコードされています。さらに、アイソフォームX8とX9は、それぞれバリアントX11とX12によって産生されます。

TNRC18アイソフォーム変異
アイソフォームmRNAタンパク質mRNAの長さ（bp）タンパク質の長さ（aa）
TNRC18NM_001080495NP_001073964105862968
TNRC18アイソフォームX1XM_017012728XP_016868217109022979
TNRC18アイソフォームX2XM_017012730XP_016868219104242978
TNRC18アイソフォームX3XM_017012731XP_016868220102992936
TNRC18アイソフォームX4XM_017012732XP_016868221102962935
TNRC18アイソフォームX5XM_017012733XP_016868222102842931
TNRC18アイソフォームX6XM_017012734XP_016868223113192929
TNRC18アイソフォームX7XM_017012735XP_016868224103122905
TNRC18アイソフォームX7XM_017012736XP_016868225108992905
TNRC18アイソフォームX7XM_017012737XP_016868226104722905
TNRC18アイソフォームX7XM_017012738XP_016868227101942905
TNRC18アイソフォームX8XM_017012739XP_01686822868162189
TNRC18アイソフォームX9XM_017012740XP_01686822968392094

タンパク質

NCBIが提供するタンパク質配列には、ヒトTNRC18の長さが2968アミノ酸であることが記載されている[6]。ExPASyのCompute pI/Mwツールプログラム[11]は、TNRC18の等電点と分子量をそれぞれ8.88 kDaと315 kDaと予測している。さらに、NCBIのTNRC18タンパク質配列には、TNRC18上に9つのリン酸化部位、すなわち8つのホスホセリンと1つのホスホトレオニンが含まれている。アミノ酸位置2604～2670に位置するBAH部位の上流には、大きなセリン反復配列が存在する。BAH部位はアミノ酸位置2816～2960に位置する。

TNRC18の予測二次構造は、 32.61%のαヘリックス、6.74%の伸長鎖、60.55%のランダムコイルで構成されています。これは、PRABI-Lyon-Gerlandで利用可能なGOR4プログラムとNCBIのTNRC18タンパク質配列を用いて算出されました。[12] [13]

表現

TNRC18組織サンプルのRNAシークエンシングにより、普遍的な遺伝子発現が確認されました。最も顕著な発現は、結腸、腎臓、前立腺の組織サンプルで観察されました。ヒト胎児組織サンプルでは、​​胃、肺、脳で顕著な発現が認められました。RNAシークエンシングデータは、NCBIのTNRC18遺伝子発現ページから取得しました。[14]

ヒトタンパク質アトラスによると、TNRC18のRNA発現は脳、内分泌組織、筋組織で最も高いことが示されています。さらに、タンパク質発現は脳、内分泌組織、肺、消化管、そして男性および女性特有の組織で最も高くなっています。一方、眼や血液組織ではタンパク質発現は見られませんが、TNRC18のRNA発現は普遍的に見られます。[15]

マウス脳におけるTNRC18の発現は以下に示す通りです。注目すべき発現は、嗅球、等皮質、小脳皮質で観察され、カラーで示されています。この画像と脳アトラスの情報は、アレン研究所の脳アトラスから提供されています。[16] [17]

ハツカネズミ（Mus musculus）の脳におけるTNRC18の発現。嗅球、等皮質、小脳皮質で発現が観察される（カラー参照）。この画像はアレン研究所脳アトラスより提供された。[17]

相同性

NCBI Protein BLASTによる参照タンパク質検索では、ヒトTNRC18の以下の相同遺伝子がリストアップされています。表は、まずヒトからの分岐推定日（百万年単位）の昇順で並べられ、次にヒトとの配列相同性の高い順に並べられています。分岐情報はTimeTree [18]から取得し、配列の同一性と類似性は、欧州バイオインフォマティクス研究所（EMBL-EBI）のEMBOSS Needleプログラム[19]を用いたペアワイズ配列アライメントによって算出しました。

ホモサピエンスTNRC18遺伝子の相同遺伝子
種通称NCBIタンパク質登録分岐日（百万年）ヒトとの配列同一性（％）ヒトとの配列類似性（％）長さ（aa）
ホモ・サピエンス人間NP_00107396401001002968
ポンゴ・アベリイスマトラオランウータンXP_02409703715.7698.698.92964
ノマスカス・レウコゲニスシロテテナガザルXP_03065273419.898.498.82965
イクトドミス・トリデセムリネアトゥス十三線ジリスXP_0215756549085.388.22924
ドブネズミドブネズミNP_0011005939081.485.62900
アシノニクス・ジュバトゥスチーターXP_0268981119687.589.92972
オルキヌス・オルカシャチXP_0123881769687.389.82967
カナダオオヤマネコカナダオオヤマネコXP_0301568109687.389.82966
エンヒドラ・ルトリス・ケニョニラッコXP_0223566069686.889.62999
オドコイレウス・バージニアヌス・テキサヌスオジロジカXP_0207303769686.289.12939
クマ（Ursus arctos horribilis）グリジーベアXP_0263713239682.1853111
ハリアエトゥス・レウコセファルスハクトウワシXP_01056862031258.769.42928
アプテリクス・ロウィオカリトキウイXP_02593907031258.769.32932
ポゴナ・ヴィティセプスセントラルフトアゴヒゲトカゲXP_02065809131254.765.72943
Python bivittatusビルマニシキヘビXP_01574487431253.6652872
ペルカ・フラベセンスイエローパーチXP_02845430843539.150.53044
アムフィプリオン・オセラリスオセラリス・カクレクマノミXP_02315030143539503071
ブランキオストーマ・ベルケリランスレットXP_01964605968425.636.52799
サッコグロスス・コワレフスキードングリ虫XP_00273850968423.634.83174
Crassostrea virginicaイースタンオイスターXP_0223194737972131.62200

予測される翻訳後修飾とモチーフ

TNRC18には、以下の翻訳後修飾とモチーフが予測されており、ExPASy Proteomicsのページに掲載されています。[20] Cuckoo WorkgroupサイトにあるGPS-MSPメチル化プログラムの例外です。[21]このリストは、TNRC18に関連する翻訳後修飾やモチーフのすべてを網羅したものではなく、ソフトウェアの予測のみに基づいています。

予測された翻訳後修飾のうち、高スコア閾値（>=0.5）のO結合型β- N-アセチルグルコサミン（O-β-GlcNAc）部位は92箇所、SUMO化部位は23箇所、パルミトイル化部位は2箇所、メチル化部位は1箇所、糖化部位は52箇所でした。さらに、GPS 5.0はTNRC18に22,317箇所のリン酸化部位を予測しました。このプログラムは、TNRC18のNCBIタンパク質ページに記載されている9箇所のリン酸化部位を確認するために使用されました。

TNRC18の予測される翻訳後修飾とモチーフ
プログラム予測される翻訳後修飾タンパク質上のアミノ酸の位置
陰陽O-β-GlcNAc80、185、199、352、416、626、627、640、788、991、995、1033、1038、1533、1753、1956、2023、2368、2404、2510、2557、2559～2573、2611、2614～2667、2721、2892
GPS-SUMO (SUMOsp) 2019年2月17日アーカイブ - Wayback MachineSUMO化238-242, 467, 620, 652, 858–862, 1159, 1258, 1461, 1544, 1629, 1638, 1704, 1743, 1885–1889, 1893, 1898, 1899, 2098, 2213–2217, 2259–2263, 2463, 2542, 2964-2968
CSS-Palm 2009年2月15日アーカイブ - Wayback Machineパルミトイル化284, 1196
GPS-MSPメチル化2332
GPS 5.0 リン酸化リン酸化263、611、1127、1136、1540、1857、1863、2146、2771
ネットグリケート糖化156、197、270、272、429、492、548、609、652、692、749、755、938、988、1058、1059、1131、1370、1461、1470、1503、1554、1558、1577、1615、1618、1791、1797、1893、1895、

1898年、1899年、1933年、1967年、1978年、2028年、2091年、2301年、2315年、2328年、2388年、2438年、2475年、2519年、2702年、2709年、2720年、2750年、2801年、2816年、2857年、2869年

真核生物線形モチーフ（ELM）コイルドコイル領域916-949, 1481-1516

臨床的意義

Shenらは、circTNRC18が妊娠中毒症（PE）胎盤組織サンプルにおいてmiR-762の活性を阻害することを観察した[22] 。circTNRC18によるmiR-762の阻害は、Grhl2タンパク質レベルの上昇をもたらした。PE胎盤サンプルでは、​​miR-762レベルが低く、Grhl2レベルが高かったことが観察され、これはcircTNRC18の過剰発現に起因するものと考えられた。Shenらは、正常妊娠胎盤と比較して、PE胎盤ではcircTNRC18が上方制御されていると結論付けている。

Chuらは、糸球体濾過率（eGFR）に関連する19のCpG部位のうち、5つが慢性腎臓病（CKD）患者の腎皮質における腎線維症およびDNAメチル化の発生にも関連していることを発見した[23] 。Chuらは、eGFRの低下がCKDの特徴であると指摘している。これらの5つのCpG部位は、TNRC18、 PTPN6 / PHB2、ANKRD11、PQLC2、およびPRPF8というタンパク質に見出された。Chuらは、エピジェネティックな変異がCKDと関連している可能性があると結論付けている。

参考文献

  1. ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000182095 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000039477 – Ensembl、2017年5月
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  7. ^ "InterPro". www.ebi.ac.uk . 2020年5月1日閲覧。
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  23. ^ Chu AY, Tin A, Schlosser P, Ko YA, Qiu C, Yao C, 他 (2017年11月). 「エピゲノムワイド関連研究により、腎機能に関連するDNAメチル化が特定された」. Nature Communications . 8 (1): 1286. doi :10.1038/s41467-017-01297-7. PMC 5668367. PMID  29097680 . 
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