タキオン(ソフトウェア)

タキオン
原作者ジョン・E・ストーン
書かれたC
タイプレイトレーシング/ 3Dレンダリングソフトウェア
ライセンスBSD-3条項
Webサイトジェダイ.ks .uiuc .edu /~ジョンズ/タキオン/
VMDで生成され、Tachyonでレンダリングされたサテライトタバコモザイクウイルスの分子グラフィックス。ポケットや空洞の視認性を向上させるため、直接照明とアンビエントオクルージョン照明を組み合わせて表示しています。VMD軸は、非分子形状のレンダリング例として示されています。
10億原子のエアロゾル化されたSARS-CoV-2ウイルス粒子(COVID-19)のタキオンレンダリング。
10億原子のエアロゾル化されたSARS-CoV-2ウイルス粒子(COVID-19)のタキオンレンダリング。
Intel iPSC/860 32ノード並列コンピュータがTachyonパフォーマンステストを実行中。1995年8月22日。

Tachyonは並列/マルチプロセッサレイトレーシングソフトウェアです。分散メモリ型並列コンピュータ、共有メモリ型コンピュータ、ワークステーションクラスタ上で使用できる並列レイトレーシングライブラリです。Tachyonは、アンビエントオクルージョンライティング、被写界深度焦点ぼかし、影、反射などのレンダリング機能を実装しています。Tachyonは元々、ミズーリ大学ローラ校のジョン・ストーン氏が修士論文のためにIntel iPSC/860向けに開発しました。 [ 1 ] Tachyonはその後、より機能的で完成度の高いレイトレーシングエンジンへと進化し、現在ではVMDSageMath などの多くのオープンソースソフトウェアパッケージに組み込まれています。Tachyonは、パーミッシブライセンス(tarballに含まれています)の下でリリースされています。

進化と特徴

Tachyonは元々、VLIWアーキテクチャとを備えた初期のRISC CPUであるIntel i860に基づくハイパーキューブ相互接続トポロジに基づく分散メモリ並列コンピュータであるIntel iPSC/860向けに開発されました。Tachyonは元々、iPSCシリーズ用のIntel独自のNXメッセージ パッシング インターフェイスを使用して作成されましたが、その後まもなく、1995年にMPIの最も初期のバージョンに移植されました。Tachyonは、オークリッジ国立研究所のParagon XP/S 150 MPを使用して、 Intel Paragonプラットフォームで実行できるように適合されました。ORNL XP/S 150 MPは、ノード間での大規模な分散メモリ メッセージ パッシングと、ノード内での共有メモリ マルチスレッドの両方を組み合わせた、Tachyonがサポートした最初のプラットフォームでした。その後、IBM SP2への移植を含め、従来のさまざまなUnixベースのワークステーション プラットフォームや初期のクラスタにTachyonが適合されました。 TachyonはPARAFLOW CFDコードに組み込まれ、NASAラングレー研究所のParagon XP/Sで実行された超音速燃焼器流れのin-situボリューム可視化を可能にし、以前に使用された従来の後処理可視化アプローチに対して大幅なパフォーマンス向上をもたらしました。[ 2 ] 1999年初頭、Tachyonのサポートは分子グラフィックスプログラムVMDに組み込まれ、これによりTachyonとVMDの継続的な共同開発期間が始まり、分子グラフィックス専用の多くの新しいTachyon機能が追加されました。Tachyonは、NSF 2004 Visualization Challengeのイメージイラストレーション部門の優勝作品をレンダリングするために使用されました。[ 3 ] 2007年、Tachyonはアンビエントオクルージョンライティングのサポートを追加しました。これは、VMDと組み合わせた分子可視化でTachyonがますます人気になる機能の1つでした。VMDとTachyonは徐々にクラスター上の日常的な可視化と分析タスクをサポートするように適応され、後に大規模なペタスケールスーパーコンピューターに適応されました。 Tachyonは、イリノイ大学NCSAのBlue Watersペタスケールスーパーコンピュータ上で、2013年にZhaoらが解明したHIV-1カプシドの原子構造の図、動画、およびNatureの表紙画像を作成するために使用されました。 [ 4 ] [ 5 ] TachyonのCPUバージョンとGPUバージョンの両方が、Supercomputing 2020の優勝プロジェクトを含む3つの別々のACM Gordon Bell COVID-19研究プロジェクトで、SARS-CoV-2ビリオン、スパイクタンパク質、およびエアロゾル化されたビリオンの画像をレンダリングするために使用されました。 [ 6 ] Supercomputing 2021の2つのファイナリストプロジェクト。

並列コンピューティングのデモンストレーション、トレーニング、ベンチマークでの使用

Tachyon は、さまざまなプラットフォームへの移植性を備えているため、さまざまな並列コンピューティングおよびコンパイラの研究論文のテスト ケースとして使用されてきました。

1999年、ジョン・ストーンはビル・マグロの協力を得て、Kuck and Associates社のKCCコンパイラを用いて、OpenMPディレクティブベースの並列コンピューティング標準の初期バージョンをサポートするようにTachyonを改良しました。Tachyonは、KCCとOpenMPを用いてDEC Alphaワークステーション上でインタラクティブなレイトレーシングを実行するデモとして公開されました。

2000年にインテルはKuck and Associates Inc.を買収し[ 7 ]、TachyonはOpenMPのデモとして引き続き利用されました。その後、インテルはTachyonを用いて、Threading Building Blocks(TBB)並列プログラミングシステム向けの様々なプログラミングサンプルを開発しました。このシステムのサンプルプログラムには、現在も古いバージョンが組み込まれています[ 8 ] [ 9 ] 。

2006年、TachyonはSPEC HPGによってSPEC MPI 2007ベンチマークスイートに採用されました。[ 10 ] [ 11 ]

Tachyonは、その移植性とSPEC MPI 2007への組み込みにより、高品質画像のレンダリングツールとして一般的に使用されていますが、並列レンダリングと可視化[ 12 ] [ 13 ] [14] [ 15 ] [16] [17] [18] [ 19 ] [ 20 ]、クラウドコンピューティング[21 ] [22] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] 並列コンピューティング[ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] 、コンパイラ[ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]、ランタイムシステム[33] [34]、コンピュータアーキテクチャ[ 35 ] [ 36 ] [ 37 ]パフォーマンス分析ツール[ 38 ]など、さまざま研究プロジェクトのテストケース比較対象として使用ます] [ 39 ] [ 40 ]およびHPCシステムのエネルギー効率。[ 41 ] [ 42 ] [ 43 ]

参照

参考文献

  1. ^ Stone, John E. (1998年1月). 「並列レイトレーシングとアニメーションのための効率的なライブラリ」 .修士論文.
  2. ^ Stone, J.; Underwood, M. (1996). 「MPIを用いた数値流体シミュレーションのレンダリング」. Proceedings. 第2回MPI開発者会議. pp.  138– 141. CiteSeerX 10.1.1.27.4822 . doi : 10.1109/MPIDC.1996.534105 . ISBN  978-0-8186-7533-1. S2CID  16846313 .
  3. ^エマド・タジコルシッド、クラウス・シュルテン。「アクアポリンを通じた水の透過」イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校理論・計算生物物理学グループ。
  4. ^ Zhao, Gongpu; Perilla, Juan R.; Yufenyuy, Ernest L.; Meng, Xin; Chen, Bo; Ning, Jiying; Ahn, Jinwoo; Gronenborn, Angela M.; Schulten, Klaus (2013). 「クライオ電子顕微鏡法と全原子分子動力学法による成熟HIV-1カプシド構造」 . Nature . 497 ( 7451): 643– 646. Bibcode : 2013Natur.497..643Z . doi : 10.1038/nature12162 . PMC 3729984. PMID 23719463 .  
  5. ^ Stone, John E.; Isralewitz, Barry; Schulten, Klaus (2013). 「VMD分子可視化および分析ジョブのブルーウォーターにおけるスケーリングの初期経験」. 2013 Extreme Scaling Workshop (XSW 2013) . pp.  43– 50. CiteSeerX 10.1.1.396.3545 . doi : 10.1109/XSW.2013.10 . ISBN  978-1-4799-3691-5. S2CID  16329833 .
  6. ^ Casalino, Lorenzo; Dommer, Abigail C; Gaieb, Zied; Barros, Emilia P; Sztain, Terra; Ahn, Surl-Hee; Trifan, Anda; Brace, Alexander; Bogetti, Anthony T; Clyde, Austin; Ma, Heng (2021年9月). 「AI駆動型マルチスケールシミュレーションがSARS-CoV-2スパイクダイナミクスのメカニズムを解明」 . The International Journal of High Performance Computing Applications . 35 (5): 432– 451. doi : 10.1177/10943420211006452 . ISSN 1094-3420 . PMC 8064023. PMID 38603008 .   
  7. ^ 「Intel、Kuck & Associatesを買収。この買収により、マルチプロセッサコンピューティング向けソフトウェア開発ツールにおけるIntelの能力が拡大」 。 2016年1月30日閲覧
  8. ^ 「インテル® スレッディング・ビルディング・ブロック (インテル® TBB)」 。 2016年1月30日閲覧
  9. ^ 「Parallel for -Tachyon」 . Intel Corporation. 2009年3月9日. 2016年1月30日閲覧
  10. ^ 「122.tachyon SPEC MPI2007ベンチマークの説明」 。 2016年1月30日閲覧
  11. ^ Müller, Matthias S.; Van Waveren, Matthijs; Lieberman, Ron; Whitney, Brian; Saito, Hideki; Kumaran, Kalyan; Baron, John; Brantley, William C.; Parrott, Chris; Elken, Tom; Feng, Huiyu; Ponder, Carl (2010). 「SPEC MPI2007—MPIを用いた並列システム向けアプリケーションベンチマークスイート」.同時実行性と計算:実践と経験. 22 (2): 191– 205. doi : 10.1002/cpe.1535 . S2CID 5496204 . 
  12. ^ Rosenberg, Robert O.; Lanzagorta, Marco O.; Chtchelkanova, Almadena; Khokhlov, Alexei (2000). 「大規模データセットの並列可視化」. Erbacher, Robert F.; Chen, Philip C.; Roberts, Jonathan C.; Wittenbrink, Craig M. (編). Visual Data Exploration and Analysis VII . Vol. 3960. pp.  135– 143. doi : 10.1117/12.378889 . S2CID 62573871 . 
  13. ^ Lawlor, Orion Sky. 「IMPOSTORS FOR PARALLEL INTERACTIVE COMPUTER GRAPHICS」(PDF) . イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校修士課程修了、2001年. 2016年1月30日閲覧
  14. ^ 「Lawlor、Orion Sky、Matthew Page、Jon Genetti。『MPIglut: powerwallプログラミングが簡単に。』(2008年)」(PDF) 。 2016年1月30日閲覧
  15. ^ McGuigan, Michael (2008-01-09). 「Blue Geneスーパーコンピュータにおけるグラフィックス・チューリングスケールの実現に向けて」. arXiv : 0801.1500 [ cs.GR ].
  16. ^ 「Lawlor、Orion Sky、Joe Genetti。「GPU によるインタラクティブなボリューム レンダリング オーロラ」(2011)」(PDF)
  17. ^ Grottel, Sebastian; Krone, Michael; Scharnowski, Katrin; Ertl, Thomas (2012). 「分子動力学のためのオブジェクト空間アンビエントオクルージョン」2012 IEEE Pacific Visualization Symposium . pp.  209– 216. doi : 10.1109/PacificVis.2012.6183593 . ISBN 978-1-4673-0866-3. S2CID  431332 .
  18. ^ Stone, John E.; Isralewitz, Barry; Schulten, Klaus (2013). 「VMD分子可視化および分析ジョブのブルーウォーターにおけるスケーリングの初期経験」. 2013 Extreme Scaling Workshop (XSW 2013) . pp.  43– 50. CiteSeerX 10.1.1.396.3545 . doi : 10.1109/XSW.2013.10 . ISBN  978-1-4799-3691-5. S2CID  16329833 .
  19. ^ Stone, John E.; Vandivort, Kirby L.; Schulten, Klaus (2013). 「ペタスケール・スーパーコンピューティング・プラットフォームにおけるGPU加速分子可視化」.第8回国際超大規模可視化ワークショップ「Ultra Vis '13 」議事録. pp.  1– 8. doi : 10.1145/2535571.2535595 . ISBN 9781450325004. S2CID  18633700 .
  20. ^ Sener, Melih; et al. 「光捕集性細胞器官におけるエネルギー変換プロセスの原子レベルでの可視化」(PDF)2016年1月30日閲覧
  21. ^ Patchin, Philip; Lagar-Cavilla, H. Andrés; De Lara, Eyal; Brudno, Michael (2009). 「Snow FlockとMPIでクラウドに簡単ボタンを追加」.第3回ACMワークショップ「高性能コンピューティングのためのシステムレベル仮想化 - HPCVirt '09」の議事録. pp.  1– 8. CiteSeerX 10.1.1.534.7880 . doi : 10.1145/1519138.1519139 . ISBN  9781605584652. S2CID  15380880 .
  22. ^ Neill, Richard; Carloni, Luca P.; Shabarshin, Alexander; Sigaev, Valeriy; Tcherepanov, Serguei (2011). 「ブロードバンドグリッドコンピューティングのための組み込みプロセッサ仮想化」. 2011 IEEE/ACM 第12回国際グリッドコンピューティング会議. pp.  145– 156. CiteSeerX 10.1.1.421.5483 . doi : 10.1109/Grid.2011.27 . ISBN  978-1-4577-1904-2. S2CID  7760113 .
  23. ^コンピューティングクラウド向けワークフローエンジン、Daniel Franz、Jie Tao、Holger Marten、Achim Streit。クラウドコンピューティング2011:クラウドコンピューティング、グリッド、仮想化に関する第2回国際会議。2011年。pp1– 6。CiteSeerX 10.1.1.456.6480 
  24. ^ Tao, Jie; et al. (2012). 「クラウド間サービス連携のための実装アプローチ」(PDF) . International Journal on Advances in Software . 5 (1&2): 65– 75.
  25. ^ Neill, Richard W. (2013).ブロードバンド組み込みコンピューティングに基づく異機種クラウドシステム(論文). コロンビア大学. doi : 10.7916/d8hh6jg1 .
  26. ^ Manjikian, Naraig (2010). 「授業内デモンストレーションによるマルチプロセッサの設計と実装の問題の検討」 .カナダ工学教育協会紀要. doi : 10.24908/pceea.v0i0.3110 . 2016年1月30日閲覧。
  27. ^ Kim, Wooyoung; Voss, M. (2011-01-01). 「Intel Threading Building Blocks を使用したマルチコアデスクトッププログラミング」. IEEE Software . 28 (1): 23– 31. Bibcode : 2011ISoft..28a..23K . doi : 10.1109/MS.2011.12 . ISSN 0740-7459 . S2CID 14305861 .  
  28. ^ Tchiboukdjian, Marc; Carribault, Patrick; Perache, Marc (2012). 「階層型ローカルストレージ:MPIタスク間の柔軟なユーザーデータ共有の活用」2012 IEEE 第26回国際並列分散処理シンポジウムpp.  366– 377. doi : 10.1109/IPDPS.2012.42 . ISBN 978-1-4673-0975-2. S2CID  15232185 .
  29. ^ Ghodrat, Mohammad Ali; Givargis, Tony; Nicolau, Alex (2008). 「区間解析を用いたループにおける制御フロー最適化」. 2008年組み込みシステム向けコンパイラ、アーキテクチャ、および合成に関する国際会議 - CASES '08 の議事録. p. 157. CiteSeerX 10.1.1.144.7693 . doi : 10.1145/1450095.1450120 . ISBN  9781605584690. S2CID  14310352 .
  30. ^ Guerin, Xavier (2010-05-12). 「マルチプロセッサ・システムオンチップ向け効率的な組み込みソフトウェア開発アプローチ」. 論文. Institut National Polytechnique de Grenoble-INPG, 2010 (phdthesis). Institut National Polytechnique de Grenoble - INPG . 2016年1月30日閲覧
  31. ^テオ・ミラネス;コランジュ、シルヴァン。キントン・ペレイラ、フェルナンド・マグノ。メイラ・ジュニア、ワーグナー。フェレイラ、レナト (2014-10-01)。「SPMD ワークロードの動的ベクトル化のためのスレッド スケジューリングとメモリ結合」並列コンピューティング40 (9): 548–558土井10.1016/j.parco.2014.03.006
  32. ^オジャ、ダヴェンダー・クマール;シッカ、ジータ (2014-01-01)。サタパシー、スレシュ・チャンドラ。アバダニ、PS;ウドガタ、シバ K.ラクシュミナラーヤナ、サダシヴニ (編)。コンパイラが提供するマルチコアSIMDアーキテクチャのベクトル化手法に関する研究。インテリジェント システムとコンピューティングの進歩。シュプリンガー・インターナショナル・パブリッシング。 pp.  723–728土井: 10.1007/978-3-319-03107-1_79ISBN 9783319031064
  33. ^ Kang, Mikyung; Kang, Dong-In; Lee, Seungwon; Lee, Jaedon (2013). 「実行時適応型並列ソフトウェアのためのシステムフレームワークとAPI」. 2013年適応型・収束型システム研究会議 RACS '13 論文集. pp.  51– 56. doi : 10.1145/2513228.2513239 . ISBN 9781450323482. S2CID  30376161 .
  34. ^ Biswas, Susmit; Supinski, Bronis R. de; Schulz, Martin; Franklin, Diana; Sherwood, Timothy; Chong, Fr​​ederic T. (2011). 「データの類似性を利用したメモリフットプリントの削減」. 2011 IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium . pp.  152– 163. CiteSeerX 10.1.1.294.6312 . doi : 10.1109/IPDPS.2011.24 . ISBN  978-1-61284-372-8. S2CID  14570159 .
  35. ^ Man-Lap Li; Sasanka, R.; Adve, SV; Yen-Kuang Chen; Debes, E. (2005). 「複雑なマルチメディアアプリケーション向けALPbenchベンチマークスイート」. IEEE International. 2005 Proceedings of the IEEE Workload Characterization Symposium, 2005. pp.  34– 45. CiteSeerX 10.1.1.79.42 . doi : 10.1109/IISWC.2005.1525999 . ISBN  978-0-7803-9461-2. S2CID  7065621 .
  36. ^ Zhang, Jiaqi; Chen, Wenguang; Tian, Xinmin; Zheng, Weimin (2008). 「トランザクショナルメモリの新興アプリケーションの探究」. 2008年 第9回 並列分散コンピューティング、アプリケーション、テクノロジーに関する国際会議. pp.  474– 480. doi : 10.1109/PDCAT.2008.77 . ISBN 978-0-7695-3443-5. S2CID  9699030 .
  37. ^ 「Almaless、Ghassan、Franck Wajsburt。『新興のcc-NUMAメニーコアにおける画像および信号処理並列アプリケーションのスケーラビリティについて』信号および画像処理の設計とアーキテクチャ(DASIP)、2012年会議。IEEE、2012年」(PDF)
  38. ^ Szebenyi, Zolt´n; Wolf, Felix; Wylie, Brian JN (2011). 「長時間実行アプリケーションのパフォーマンス分析」. 2011 IEEE 国際並列分散処理シンポジウムワークショップおよびPHDフォーラム. pp.  2105– 2108. doi : 10.1109/IPDPS.2011.388 . ISBN 978-1-61284-425-1. S2CID  14284392 .
  39. ^ Szebenyi, Zoltán; Wylie, Brian JN; Wolf, Felix (2008-06-27). Kounev, Samuel; Gorton, Ian; Sachs, Kai (編). SCALASCA Parallel Performance Analysiss of SPEC MPI2007 Applications . Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin Heidelberg. pp.  99– 123. CiteSeerX 10.1.1.167.5445 . doi : 10.1007/978-3-540-69814-2_8 . ISBN  9783540698135
  40. ^ Wagner, Michael; Knupfer, Andreas; Nagel, Wolfgang E. (2013). 「Open Trace Format 2 へのインメモリイベントトレーシング拡張のための階層的メモリバッファリング技術」. 2013 第42回国際並列処理会議. pp.  970– 976. doi : 10.1109/ICPP.2013.115 . ISBN 978-0-7695-5117-3. S2CID  14289974 .
  41. ^ Wonyoung Kim; Gupta, Meeta S.; Wei, Gu-Yeon; Brooks, David (2008). 「オンチップスイッチングレギュレータを用いた高速コア単位DVFSのシステムレベル解析」. 2008 IEEE 第14回 高性能コンピュータアーキテクチャ国際シンポジウム. pp.  123– 134. CiteSeerX 10.1.1.320.879 . doi : 10.1109/HPCA.2008.4658633 . ISBN  978-1-4244-2070-4. S2CID  538731 .
  42. ^ハッケンバーグ、ダニエル;シェーネ、ロバート。モルカ、ダニエル。ミュラー、マティアス S.クニュプファー、アンドレアス (2010)。 「SPEC MPI ベンチマークを使用した HPC システムの消費電力変動の定量化」。コンピュータ サイエンス - 研究開発25 ( 3–4 ): 155–163 .土井: 10.1007/s00450-010-0118-0S2CID 12354074 
  43. ^ Ioannou, Nikolas; Kauschke, Michael; Gries, Matthias; Cintra, Marcelo (2011). 「シングルチップクラウドコンピュータにおけるフェーズベースのアプリケーション駆動型階層的電力管理」. 2011 International Conference on Parallel Architectures and Compilation Techniques . pp.  131– 142. CiteSeerX 10.1.1.644.9076 . doi : 10.1109/PACT.2011.19 . ISBN  978-1-4577-1794-9. S2CID  11697039 .