アパッチ・タベルナ

アパッチ・タベルナ
開発者Apache Software Foundation myGrid 2.x 版
安定版リリース
3.1 / 2016年7月1日 ( 2016-07-01 )
リポジトリ
書かれたジャワ
オペレーティング·システムLinux Mac OS X Microsoft Windows
タイプ科学的なワークフローシステム
ライセンスApache ライセンス 2.0 ( 2.x の場合はLGPL )
Webサイトタベルナ.incubator .apache .orgWikidataで編集する

Apache Tavernaは、ワークフローを設計および実行するためのオープンソースソフトウェアツールであり、当初はmyGridプロジェクトによってTaverna Workbenchという名前で作成され、その後Apache Software Foundationインキュベーターのプロジェクトになりました。[ 1 ] [ 2 ] Tavernaを使用すると、ユーザーは国立生物工学情報センター、欧州バイオインフォマティクス研究所、日本DNAデータバンク（DDBJ）、SoapLab、BioMOBY、EMBOSSなどが提供するWebサービスを含む、さまざまなソフトウェアコンポーネントを統合できます。利用可能なサービスのセットは限定されておらず、ユーザーは新しいサービスの説明をTaverna Workbenchにインポートできます。[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]

Taverna Workbenchは、科学的なワークフローのためのデスクトップオーサリング環境と実行エンジンを提供しました。Tavernaワークフローエンジンは、Java API、コマンドラインツール、またはサーバーとして個別に利用することもできました。

Tavernaは、バイオインフォマティクス[ 11 ]、[ 12 ] 、ケミインフォマティクス[ 13 ] 、医学、天文学[ 14 ] 、社会科学、音楽、デジタル保存[ 15 ]など、多くの分野のユーザーに使用されました。

Tavernaワークフローで利用できるサービスの一部は、BioCatalogue（ライフサイエンスWebサービスの公開・集中管理・キュレーションレジストリ）を通じて見つけることができます。Tavernaワークフローは、科学者向けソーシャルウェブサイトmyExperimentを通じて他のユーザーと共有することもできます。 [ 16 ] BioCatalogueとmyExperimentは、 myGridコンソーシアムのもう一つの製品です。

Tavernaは、世界中の350以上の学術機関と商業機関で利用されています。2011年時点で、様々なバージョンを合わせたTavernaのダウンロード数は8万回を超えています。

2020年2月20日、Apache Incubatorはプロジェクトを終了し、ウェブサイトからコードを削除しました。[ 1 ]

機能

Tavernaワークフローは、一般的なSOAP / WSDLまたはREST Webサービスに加え、より具体的なSADI、BioMart、BioMoby、SoapLab Webサービスを呼び出すことができます。また、R統計サービス、ローカルJavaコード、ローカルおよびリモートマシン（ ssh経由）上の外部ツールの呼び出し、 XPathなどのテキスト操作、スプレッドシートのインポート、サブワークフローの組み込みも可能です。

Taverna Workbenchには、ワークフローの実行を監視し、生成されたデータの起源を調べる機能が含まれており、ワークフローの実行の詳細をW3C PROV -O RDF起源グラフ[ 17 ]として公開し、構造化された研究オブジェクトバンドル[ 18 ] ZIPファイル内に入力、出力、中間値、実行されたワークフロー定義が含まれています。このフォーマットはTavernaProvと呼ばれます。[ 19 ]

Tavernaには、 BioCatalogueで記述されたサービスを検索し、ワークフローから呼び出す機能があります。ただし、ワークフローに含めるサービスは、 WSDL Webサービス記述から追加したり、 REST URIパターンとして入力したりできるため、BioCatalogue内で記述する必要はありません。

Taverna には、 myExperiment上のワークフローを検索する機能も含まれています。Taverna Workbench は、 myExperiment で発見されたワークフローをダウンロード、変更、実行できるほか、作成したワークフローをアップロードして、myExperiment のソーシャル機能を使って他のユーザーと共有することもできます。

TavernaワークフローはTaverna Workbench内で実行する必要はありません。以下の方法でも実行できます。

  • コマンドライン実行ツール
  • Tavernaワークフローを他のマシン、計算グリッド、クラウド、Webページやポータルから実行できるようにするリモート実行サーバー
  • オンラインワークフローデザイナーとエナクターOnlineHPC

Tavernaはデータのパイプライン化とストリーミングを可能にします。[ 20 ]これは、ワークフローの下流のサービスは、上流のサービスや反復処理からデータリスト全体が利用可能になるのを待つことなく、最初のデータ項目を受信するとすぐに開始できることを意味します。Tavernaのワークフローは主に制御駆動型ではなくデータ駆動型であるため、Tavernaのサービスは可能な限り並列実行されます。[ 21 ]

Taverna Workbench 2.1 のスプラッシュ スクリーン

オープンソースコミュニティ

Tavernaは2003年からオープンソースプロジェクトとして運営されており[ 22 ] 、複数の学術機関や産業界からの貢献者によって開発されています。2014年10月、Tavernaは独立したApacheインキュベータプロジェクトとなり[ 1 ] 、 Apache Taverna (incubating)に名称が変更されました。現在、Apache Taverna 3.xを開発しており[ 23 ]、ライセンスはLGPL 2.1からApache License 2.0に変更されています。

参考文献

  1. ^ a b c「Apache Taverna」 . apache.org .
  2. ^ 「Tavernaワークフロー管理システム：ワークフローの設計と実行のための、強力でスケーラブルなオープンソースかつドメインに依存しないツール。3500以上のリソースにアクセスできます。」 taverna.org.uk 。 2012年2月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。
  3. ^ Belhajjame K, Wolstencroft K, Corcho O, Oinn T, Tanoh F, William A, Goble C (2008). 「Tavernaワークフローシステムにおけるメタデータ管理」 . 2008 第8回IEEE国際クラスタコンピューティング・グリッドシンポジウム (CCGRID) . pp.  651– 656. doi : 10.1109/CCGRID.2008.17 . ISBN 9780769531564. S2CID  9996653 .
  4. ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S, 他 (2008年8月). 「Tavernaワークフローにおける定量的データの統計解析：マイクロアレイデータから発現差のある遺伝子を特定するためのRとmaxdBrowseを用いた例」 . BMC Bioinformatics . 9 334. doi : 10.1186/1471-2105-9-334 . PMC 2528018. PMID 18687127 .  
  5. ^ Oinn T, Addis M, Ferris J, Marvin D, Senger M, Greenwood M, 他 (2004年11月). 「Taverna：バイオインフォマティクスワークフローの構築と実行のためのツール」 .バイオインフォマティクス. 20 (17): 3045–54 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth361 . PMID 15201187 . 
  6. ^ Oinn T, Greenwood M, Addis M, Alpdemir MN, Ferris J, Glover K, 他 (2006). 「Taverna: ライフサイエンスのためのワークフロー環境構築の教訓」(PDF) .並行性と計算：実践と経験. 18 (10): 1067– 1100. doi : 10.1002/cpe.993 . S2CID 10219281 . 
  7. ^ Hull D, Wolstencroft K, Stevens R , Goble C , Pocock MR, Li P, Oinn T (2006年7月). 「Taverna: サービスのワークフローを構築・実行するためのツール」 . Nucleic Acids Research . 34 (Web Server 号): W729-32. doi : 10.1093/nar/gkl320 . PMC 1538887. PMID 16845108 .  オープンアクセスアイコン
  8. ^ Kawas E, Senger M, Wilkinson MD (2006年11月). 「Tavernaワークフロー管理および実行ソフトウェアへのBioMoby拡張機能」 . BMC Bioinformatics . 7 523. doi : 10.1186/1471-2105-7-523 . PMC 1693925. PMID 17137515 .  
  9. ^ Sroka J、Kaczor G、Tyszkiewicz J、Kierzek AM (2006 年 5 月)。「XQTav: Taverna 環境用の XQuery プロセッサ」。バイオインフォマティクス。22 (10): 1280–1 .土井: 10.1093/bioinformatics/btl101。PMID 16551662。 
  10. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S, 他 (2013年7月). 「Tavernaワークフロースイート：デスクトップ、ウェブ、クラウドにおけるWebサービスのワークフローの設計と実行」 . Nucleic Acids Research . 41 (Web Server 号): W557-61. doi : 10.1093/nar/ gkt328 . PMC 3692062. PMID 23640334 .  
  11. ^ Stevens RD , Robinson AJ, Goble CA (2003). 「myGrid：情報グリッド上のパーソナライズされたバイオインフォマティクス」 .バイオインフォマティクス. 19 (Suppl 1): i302-4. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1041 . PMID 12855473 . 
  12. ^ Stevens RD , Tipney HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW, et al. (2004年8月). 「myGridを用いたウィリアムズ・ボイレン症候群の探索」 .バイオインフォマティクス. 20 (Suppl 1): i303-10. doi : 10.1093/bioinformatics/bth944 . PMID 15262813 . 
  13. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (2011年12月). 「ケミインフォマティクスオープンワークフロー環境CDK-Tavernaの新たな開発」 . Journal of Cheminformatics . 3 54. doi : 10.1186/1758-2946-3-54 . PMC 3292505. PMID 22166170 .  
  14. ^フック RN、ロマニエロ M、ウルグレン M、ヤルヴェライネン P、マイサラ S、オイッティネン T、他。 （2008年）。 「ESO Reflex: レシピを実行するためのグラフィカル ワークフロー エンジン」。2007 ESO 機器校正ワークショップ。 ESO 天体物理学シンポジウム ヨーロッパ南天天文台。 pp.  169–175。土井: 10.1007/978-3-540-76963-7_23。ISBN 978-3-540-76962-0。
  15. ^ Raditsch M, Schlarb S, Møldrup-Dalum P, Medjkoune L (2012). 「実験的実行のためのWebコンテンツ実行可能ワークフロー」(PDF) .
  16. ^ Goble CA, Bhagat J, Aleksejevs S, Cruickshank D, Michaelides D, Newman D, et al. (2010年7月). 「myExperiment: バイオインフォマティクスワークフローを共有するためのリポジトリおよびソーシャルネットワーク」 . Nucleic Acids Research . 38 (Web Server 版): W677-82. doi : 10.1093/nar/gkq429 . PMC 2896080. PMID 20501605 .  
  17. ^ Belhajjame K、Zhao J、Garijo D、Garrido A、Soiland-Reyes S、Alper P、Corcho O (2013)。 「Taverna と Wings に基づくワークフロー PROV コーパス」。EDBT '13 に関する EDBT/ICDT 2013 合同ワークショップの議事録。 p. 331.土井: 10.1145/2457317.2457376。ISBN 9781450315999。
  18. ^ Soiland-Reyes S, Gamble M, Haines R (2014年11月5日). 「Research Object Bundle 1.0」（仕様） . researchobject.org . doi : 10.5281/zenodo.12586 . 2015年1月28日閲覧。
  19. ^ Soiland-Reyes, Stian; Alper, Pinar; Goble, Carole (2016年5月11日). 「TavernaProvによるワークフロー実行の追跡」 . zenodo.org . doi : 10.5281/zenodo.51314 .
  20. ^ 「暗黙的な反復処理」 . Taverna 2.5 ユーザーマニュアル. myGrid. 2014年9月9日. 2015年3月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2015年1月28日閲覧。
  21. ^ Soiland-Reyes S (2010年12月13日). 「Parallel service invocations」 . The Taverna Knowledge Blog . knowledgeblog.org . 2015年1月28日閲覧。
  22. ^ Soiland-Reyes S, Sufi S, Seaborne S (2014年9月23日). 「Taverna提案」 . Incubator Wiki . Apache Software Foundation . 2015年1月28日閲覧。
  23. ^ 「Apache Tavernaのダウンロード」 Apache Software Foundation 2015年1月28日閲覧。
「 https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Apache_Taverna&oldid=1317744805」から取得