RNAのリスト

リボ核酸（RNA）は生物体内で様々な形で存在し、様々な役割を果たします。ここでは、RNAの種類を役割別にまとめています。また、それぞれのRNAの略語を一覧にして解説します。

役割別

タンパク質合成に関与するRNA
タイプ略語関数分布参照
メッセンジャーRNAmRNAタンパク質のコードすべての生物
リボソームRNArRNA翻訳すべての生物
シグナル認識粒子RNA7SL RNAまたはSRP RNA膜統合すべての生物[1]
トランスファーRNAtRNA翻訳すべての生物
トランスファーメッセンジャーRNAtmRNA停止したリボソームの救済細菌[2]
転写後修飾またはDNA複製に関与するRNA
タイプ略語関数分布参照
小さな核RNAsnRNAスプライシングとその他の機能真核生物と古細菌[3]
小さな核小体RNAスノーRNARNAのヌクレオチド修飾真核生物と古細菌[4]
SmY RNAスミmRNAトランススプライシング線虫[5]
小型カハール小体特異的RNAスカRNAsnoRNAの種類; RNAのヌクレオチド修飾
ガイドRNAgRNAmRNAヌクレオチド修飾キネトプラスチド ミトコンドリア[6]
リボヌクレアーゼPRNase PtRNAの成熟すべての生物[7]
リボヌクレアーゼMRPRNase MRPrRNAの成熟、DNA複製真核生物[8]
YRNARNA処理、DNA複製動物[9]
テロメラーゼRNA成分TERCテロメア合成ほとんどの真核生物[10]
スプライスリーダーRNASL RNAmRNAトランススプライシング、RNAプロセシング
制御性RNA
タイプ略語関数分布参照
アンチセンスRNAaRNA、asRNA転写減衰 / mRNA分解 / mRNA安定化 / 翻訳阻害すべての生物[11] [12]
シス天然アンチセンス転写産物シスNAT遺伝子制御
クリスパーRNAcrRNA寄生虫のDNAを標的とした抵抗力細菌と古細菌[13]
長鎖非コードRNAlncRNA遺伝子転写の制御、エピジェネティック制御真核生物
マイクロRNAmiRNA遺伝子制御ほとんどの真核生物[14]
Piwi相互作用RNAピRNAトランスポゾン防御、おそらく他の機能ほとんどの動物[15] [16]
低分子干渉RNAsiRNA遺伝子制御ほとんどの真核生物[17]
ショートヘアピンRNAshRNA遺伝子制御ほとんどの真核生物[18]
トランスアクティングsiRNAタシRNA遺伝子制御陸上植物[19]
反復関連siRNArasiRNApiRNAの種類; トランスポゾン防御ショウジョウバエ[20]
7SK RNA7SKCDK9/サイクリンT複合体を負に制御する
エンハンサーRNAeRNA遺伝子制御[21]
寄生RNA
タイプ関数分布参照
レトロトランスポゾン自己増殖真核生物と一部の細菌[22]
ウイルスゲノム情報伝達者二本鎖RNAウイルス、プラスセンスRNAウイルス、マイナスセンスRNAウイルス、多くのサテライトウイルス、逆転写ウイルス
ウイロイド自己増殖感染した植物[23]
サテライトRNA自己増殖感染細胞
その他のRNA
タイプ略語関数分布参照
ヴォールトRNAvRNA、vtRNA異物排除（推測）[24]
グリコRNA-未知

RNAの略語

略語名前家族説明参照
ncRNA非コードRNA-
nmRNA非メッセンジャーRNA-ncRNAの同義語
sRNA小さなRNA-ncRNAの同義語
smnRNA小さな非メッセンジャーRNA-ncRNAの同義語
tRNA転移RNARF00005
sRNA可溶性RNA-tRNAの同義語
mRNAメッセンジャーRNA-
pcRNAタンパク質コードRNA-mRNAの同義語
rRNAリボソームRNA複数の家族
5S rRNA5SリボソームRNARF00001
5.8S rRNA5.8SリボソームRNARF00002
SSU rRNA小サブユニットリボソームRNACL00111
LSU rRNA大サブユニットリボソームRNACL00112
NoRC RNA核小体リモデリング複合体関連RNARF01518
pRNAプロモーターRNARF01518NoRC RNAの同義語
6S RNA6S RNARF00013
SsrS RNARF000136S RNAの同義語
aRNAアンチセンスRNA-asRNAの同義語
asRNAアンチセンスRNA-
アスミールRNAアンチセンスマイクロRNA-
シスNATシスナチュラルアンチセンス転写産物-天然アンチセンス転写産物は、標的と同じゲノム遺伝子座から転写されるが、反対のDNA鎖から転写され、完全な対を形成する。
crRNAクリスパーRNA-
トラクRNAトランス活性化crRNA-
クリスパーRNACRISPR-Cas RNA複数の家族
DD RNADNA損傷応答RNA-DNA損傷応答を活性化するRNA
diRNADSB誘導性小RNA-
二本鎖RNA二本鎖RNA-
エンドsiRNA内因性低分子干渉RNA-
exRNA細胞外RNA-
gRNAガイドRNA-
hc-siRNAヘテロクロマチン低分子干渉RNA-
hcsiRNAヘテロクロマチン低分子干渉RNA-hc-siRNAの同義語
hnRNA異種核RNA-pre-mRNAの同義語（厳密な意味では、細胞質mRNAにならない核RNA転写産物も含まれる場合がある）
RNAiRNA干渉-RNAが標的のmRNA分子 を中和することによって遺伝子発現または翻訳を阻害するプロセス
リンRNA長い遺伝子間非コードRNA-
lncRNA長い非コードRNA-
miRNAマイクロRNA複数の家族
mrpRNAミトコンドリアRNA処理リボヌクレアーゼ-RNase MRPの同義語
天然siRNA天然アンチセンス短鎖干渉RNA-natsiRNAの同義語
ナツィRNA天然アンチセンス短鎖干渉RNA-内因性RNA調節因子は長さが21～24ヌクレオチドで、相補的なmRNA転写産物から生成され、さらにsiRNAに加工される。
オキシS RNA酸化ストレス応答RNARF00035大腸菌における酸化ストレスに応答して誘導される小さな非コードRNA
ピRNAピウィ相互作用RNA複数の家族動物細胞内でピウィタンパク質とRNA-タンパク質複合体を形成する小さなRNA
キRNAQDE-2干渉RNA-
rasiRNA反復関連siRNA-RNA干渉経路に関与する小さなRNA。piRNAの一種。
RNase MRPミトコンドリアRNA処理リボヌクレアーゼRF00030
RNase PリボヌクレアーゼPRF00010RNAを切断するリボヌクレアーゼの一種
スカRNA小さなカハール小体特異的RNARF00553
scnRNAスモールスキャンRNA-
scRNA小さな細胞質RNA-
scRNA小さな条件付きRNA-
SgrS RNA糖輸送関連sRNARF00534グルコース-リン酸ストレス時に大腸菌のSgrRによって活性化される小さなRNA
shRNAショートヘアピンRNA-
siRNA低分子干渉RNA-
SL RNAスプライスリーダーRNA複数の家族
SmY RNAmRNAトランススプライシングRF01844線虫類の一部の種に見られる小さな核RNA。mRNAのトランススプライシングに関与していると考えられている。
スノーRNA小さな核小体RNA複数の家族
snRNA小さな核RNA複数の家族
snRNP小さな核内リボ核酸タンパク質-
SPA lncRNA5'末端がキャップされた核小体RNAと3'末端がポリアデニル化された長鎖非コードRNA-
SRP RNAシグナル認識粒子RNACL00003
ssRNA一本鎖RNA-
stRNA小さな一時的RNA-
タシRNAトランスアクティングsiRNA-
tmRNAトランスファーメッセンジャーRNARF00023tRNA様およびメッセンジャーRNA様の特性を併せ持つ細菌RNA分子
uRNAUスプライセオソームRNA複数の家族
vRNA金庫RNA-vtRNAの同義語
vtRNA金庫RNARF00006
Xist RNAX不活性特異的転写産物-
YRNAYRNARF00019Ro60リボ核タンパク質粒子の構成要素であり、クロマチンおよび開始タンパク質との相互作用を介してDNA複製に必要である。
NAT天然アンチセンス転写産物-細胞内にコードされ、他のRNA転写産物と相補性を持つ天然のアンチセンス転写産物
プレmRNA前駆体メッセンジャーRNA-未熟な一本鎖メッセンジャーRNA
サーキュRNA環状RNA-
msRNA多コピーの一本鎖RNA-レトロンにコードされた逆転写酵素（RT）の産物で、抗ファージ抗毒素として作用するRT-msDNA複合体を形成する。[25] [26]
cfRNA遊離RNA-

参照

参考文献

  1. ^ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006). 「古細菌の起源と進化：最新技術」. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 361 (1470): 1007–22 . doi :10.1098/rstb.2006.1841. PMC  1578729. PMID  16754611 .
  2. ^ Gillet R, Felden B (2001). 「tmRNAを介したタンパク質タグ付けとリボソームレスキューに関する新たな見解」 .分子微生物学. 42 (4): 879–85 . doi :10.1046/j.1365-2958.2001.02701.x. PMID  11737633. S2CID  45056681.
  3. ^ Thore S, Mayer C, Sauter C, Weeks S, Suck D (2003). 「Pyrococcus abyssi Smコアの結晶構造とRNAとの複合体」. J. Biol. Chem . 278 (2): 1239–47 . doi : 10.1074/jbc.M207685200 . PMID  12409299.
  4. ^ Kiss T (2001). 「小核小体RNA誘導による細胞RNAの転写後修飾」. The EMBO Journal . 20 (14): 3617–22 . doi :10.1093/emboj/20.14.3617. PMC 125535. PMID 11447102  . 
  5. ^ ジョーンズ TA、オットー W、マーズ M、エディ SR、スタドラー PF (2009)。 「線虫SmY RNAの調査」。RNAバイオル。6 (1): 5–8 .土井:10.4161/rna.6.1.7634。PMID  19106623。S2CID 32095624  。
  6. ^ Alfonzo JD, Thiemann O, Simpson L (1997). 「キネトプラストミトコンドリアにおけるU挿入／欠失RNA編集のメカニズム」. Nucleic Acids Research . 25 (19): 3751–59 . doi :10.1093/nar/25.19.3751 (2025年7月12日現在非アクティブ). PMC 146959. PMID 9380494  . {{cite journal}}: CS1 maint: DOIは2025年7月時点で非アクティブです（リンク）
  7. ^ Pannucci JA, Haas ES, Hall TA, Harris JK, Brown JW (1999). 「一部の古細菌由来のRNase P RNAは触媒活性を示す」Proc Natl Acad Sci USA . 96 (14): 7803–08 . Bibcode :1999PNAS...96.7803P. doi : 10.1073/pnas.96.14.7803 . PMC 22142. PMID 10393902  . 
  8. ^ Woodhams MD, Stadler PF, Penny D, Collins LJ (2007). 「真核生物祖先におけるRNase MRPとRNAプロセシングカスケード」. BMC Evolutionary Biology . 7 (Suppl 1) S13. Bibcode :2007BMCEE...7S..13W. doi : 10.1186/1471-2148-7-S1-S13 . PMC 1796607. PMID  17288571 . 
  9. ^ Perreault J, Perreault JP, Boire G (2007). 「後生動物におけるRo関連Y RNA：進化と多様化」.分子生物学と進化. 24 (8): 1678–89 . doi : 10.1093/molbev/msm084 . PMID  17470436.
  10. ^ Lustig AJ (1999). 「危機介入：テ​​ロメラーゼの役割」Proc Natl Acad Sci USA . 96 (7): 3339–41 . Bibcode :1999PNAS...96.3339L. doi : 10.1073/pnas.96.7.3339 . PMC 34270. PMID 10097039  . 
  11. ^ Brantl S (2002). 「アンチセンスRNAの制御とRNA干渉」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - 遺伝子構造と発現. 1575 ( 1–3 ): 15–25 . doi :10.1016/S0167-4781(02)00280-4. PMID  12020814.
  12. ^ Brantl S (2007). 「シスエンコードアンチセンスRNAによる制御機構」. Curr. Opin. Microbiol . 10 (2): 102–9 . doi :10.1016/j.mib.2007.03.012. PMID  17387036.
  13. ^ Brouns SJ, Jore MM, Lundgren M, et al. (2008年8月). 「Small CRISPR RNAは原核生物における抗ウイルス防御を導く」. Science . 321 (5891): 960–4 . Bibcode :2008Sci...321..960B. doi :10.1126/science.11 ​​59689. PMC 5898235. PMID 18703739  . 
  14. ^ Lin SL, Miller JD, Ying SY (2006). 「イントロンマイクロRNA（miRNA）」. Journal of Biomedicine and Biotechnology . 2006 (4) 026818: 1– 13. doi : 10.1155/JBB/2006/26818 . PMC 1559912 . PMID  17057362. 
  15. ^ Horwich MD, Li C, Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD (2007). 「ショウジョウバエRNAメチルトランスフェラーゼDmHen1はRISCにおける生殖系列piRNAおよび一本鎖siRNAを修飾する」Current Biology . 17 (14): 1265–72 . Bibcode :2007CBio...17.1265H. doi : 10.1016/j.cub.2007.06.030 . PMID  17604629. S2CID  18880444.
  16. ^ Ghildiyal M, Zamore PD (2009年2月). 「小さなサイレンシングRNA：拡大する宇宙」. Nat. Rev. Genet . 10 (2): 94– 108. doi :10.1038/nrg2504. PMC 2724769. PMID 19148191  . 
  17. ^ Ahmad K, Henikoff S (2002). 「ヌクレオソームダイナミクスのエピジェネティックな影響」. Cell . 111 (3): 281–84 . doi : 10.1016/S0092-8674(02)01081-4 . PMID  12419239. S2CID  17735718.
  18. ^ Ahmad K, Henikoff S (2002). 「ヌクレオソームダイナミクスのエピジェネティックな影響」. Cell . 111 (3): 281–84 . doi : 10.1016/S0092-8674(02)01081-4 . PMID  12419239. S2CID  17735718.
  19. ^ Vazquez F, Vaucheret H (2004). 「内因性トランスアクティングsiRNAはシロイヌナズナmRNAの蓄積を制御する」Mol. Cell . 16 (1): 69– 79. doi : 10.1016/j.molcel.2004.09.028 . PMID  15469823.
  20. ^ Desset S, Buchon N, Meignin C, Coiffet M, Vaury C (2008). Volff JN (編). 「ショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）におけるCOM遺伝子座は、Piwi依存性および非依存性経路の両方を介して、2つのレトロトランスポゾンの体細胞サイレンシングを制御する」. PLOS ONE . 3 (2) e1526. Bibcode :2008PLoSO...3.1526D. doi : 10.1371/journal.pone.0001526 . PMC 2211404. PMID  18253480 . 
  21. ^ Li, Wenbo; Notani, Dimple; Rosenfeld, Michael G. (2016-03-07). 「非コードRNA転写ユニットとしてのエンハンサー：最近の知見と将来の展望」Nature Reviews. Genetics . 17 (4). Springer Nature: 207– 223. doi :10.1038/nrg.2016.4. ISSN  1471-0056. PMID  26948815. S2CID  215371.
  22. ^ Boeke JD (2003). 「レトロトランスポゾンの異常な系統分布：仮説」.ゲノム研究. 13 (9): 1975–83 . doi : 10.1101/gr.1392003 . PMID  12952870.
  23. ^ Flores R, Hernández C, Martínez de Alba AE, Daròs JA, Di Serio F (2005). 「ウイロイドとウイロイド-宿主相互作用」. Annual Review of Phytopathology . 43 (1): 117– 39. Bibcode :2005AnRvP..43..117F. doi :10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243. PMID  16078879.
  24. ^ Gopinath SC, Matsugami A, Katahira M, Kumar PK (2005). 「ヒト核内核関連非コードRNAは化学療法化合物ミトキサントロンに結合する」. Nucleic Acids Res . 33 (15): 4874–81 . doi :10.1093/nar/gki809. PMC 1201340. PMID 16150923  . 
  25. ^ Simon, Dawn M.; Zimmerly, Steven (2008-11-12). 「細菌における未解析逆転写酵素の多様性」. Nucleic Acids Research . 36 (22): 7219– 7229. doi :10.1093/nar/gkn867. ISSN  1362-4962. PMC 2602772. PMID  19004871 . 
  26. ^ ボボニス、ジェイコブ;ミトッシュ、カリン。マテウス、アンドレ。ケルヒャー、ニコライ。ジョージ・クリティコス。セルクリグ、ジョエル。ジーテク、マチルダ。モンソン、ビビアン。ファルツ、ビルギット。ガルシア・サンタマリナ、サレラ;マルコ・ガラルディーニ;末木アンナ。小林、カリー。スタイン、フランク。ベイトマン、アレックス (2022-09-01)。 「細菌レトロンは、ファージを防御する三要素からなる毒素-抗毒素システムをコードしている」(PDF)。自然。609 (7925): 144–150。ビブコード:2022Natur.609..144B。土井：10.1038/s41586-022-05091-4。ISSN  0028-0836. PMC 11938430. PMID 35850148.  S2CID 250643138  . 
  • Rfamデータベース — RNAファミリーのコレクション
  • 欧州リボソームRNAデータベース
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