分子エディター
注目すべき分子エディターは、化学構造の表現を作成および変更するためのコンピューター プログラムです。
分子エディターは、それぞれ2Dコンピュータグラフィックスまたは3Dコンピュータグラフィックスを介して、シミュレートされた2次元空間または3次元空間で化学構造表現を操作できます。2次元出力はイラストとして、または化学データベースへのクエリとして使用されます。3次元出力は、通常、分子モデリングソフトウェアパッケージの一部として、分子モデルの構築に使用されます。
Leatherface [1] 、 RECAP [2]、Molecule Slicer [3]などのデータベース分子エディタでは、ユーザーが指定できる「カルボン酸の脱プロトン化」や「環外結合の切断」などのルールに従って、多数の分子を自動的に修正することができます。
分子エディタは通常、少なくとも1つのファイル形式または行表記の読み書きをサポートしています。それぞれの例としては、 MolfileとSMILES（ Simpled molecular input line entry specification）が挙げられます。
分子エディタによって生成されたファイルは、分子グラフィックツールで表示できます。
スタンドアロンプログラム
2D構造編集
| プログラム | 開発者 | ライセンス | プラットフォーム | 情報 |
|---|---|---|---|---|
| ACD/ケムスケッチ | ACD/ラボ | 独自の | ウィンドウズ | 有機化合物、有機金属化合物、ポリマー、マルクーシュ構造の2D構造を作成できる、化学的にインテリジェントな描画インターフェース。フリーウェア版もご利用いただけます。 |
| BIOVIA ドロー | ダッソー・システムズ | 独自の | ウィンドウズ | ISIS/Drawの後継。 |
| ケムドロー | 回転信号 | 独自の | Windows、macOS | 主に2D化学構造と反応を編集するためのもの |
| ケムウィンドウ | ワイリー | 独自の | ウィンドウズ | 学術研究および教育のためのフリーウェア。KnowItAll ソフトウェア環境の一部です。 |
| JChemPaint | JChemPaint開発者 | GNU LGPL | クロスプラットフォーム | Javaで書かれた2D構造式エディタ |
| ケッチャー | EPAMライフサイエンス | Apache 2.0 | クロスプラットフォーム | オープンソースのWebベースの化学構造エディタ |
| XDrawChem | XDrawChem開発者 | GNU GPL | Windows、macOS、Linux | OpenBabelをベースにした2D化学構造描画ツール |
3D構造編集
| プログラム | 開発者 | ライセンス | プラットフォーム | 情報 | 最終リリース |
|---|---|---|---|---|---|
| アミラ（ソフトウェア） | Visage Imaging Zuse Institute ベルリン | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D視覚化ツールが含まれています。試用版もご利用いただけます。 | |
| アスカラフデザイナー | アジャイル分子 | GNU GPL | ウィンドウズ、リナックス | フリーウェアの 3D 分子エディター。 | 2009 |
| アボガドロ | アボガドロプロジェクトチーム | GNU GPL | Windows、macOS、Linux | 3D 分子エディターおよびビジュアライザー。 | 2025年10月27日 |
| デネブ | アテルグラフィックス | 独自の | ウィンドウズ、リナックス | 3D 編集を含むシミュレーション パッケージ用の GUI。 | |
| ガベディット | アブドゥルラーマン・アルーシュ | BSD | Windows、macOS、Linux | 視覚化機能を備えた 3D 分子エディター。 | 2021年7月27日 |
| 文部科学省 | 化学コンピューティンググループ | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子スケッチ、編集、2D から 3D への変換が含まれます。 | 2024年6月 |
| ピモル | シュレディンガー株式会社 | 独自仕様（オープンソース版あり） | クロスプラットフォーム | 構造解析用の基本的な 3D 編集機能を備えた人気の分子視覚化ツール。 | 2025年2月1日 |
| サムソン | ワンオングストローム | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子編集を含む計算ナノサイエンスのためのモジュール式プラットフォーム。 | 2025 |
| スパルタン | ウェーブファンクション株式会社 | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子モデリングとシミュレーションに焦点を当てています。 | 2024年5月14日 |
| VMD | イリノイ大学 | 非商用利用は無料 | クロスプラットフォーム | Molefacture プラグインによる構造編集機能を備えた 3D 分子視覚化ツール。 | 2016年11月30日 |
| ヤサラ | ヤサラバイオサイエンス | 独自仕様（無料版あり） | クロスプラットフォーム | 広範な 3D 機能を備え、構造生物学に重点を置いた分子グラフィックスおよびモデリング ソフトウェアです。 | 2024年10月5日 |
Javaアプレット
| アプレット | 開発者 | ライセンス | 情報 |
|---|---|---|---|
| JChemPaint | GNU LGPL | エディターとビューアのアプレット | |
| JME 分子エディター | ピーター・エルトル | 独自の | Molinspirationから入手可能なフリーウェア。非商用利用のフリーウェア |
JavaScript 埋め込みエディタ
| プログラム | 開発者 | ライセンス | デスクトップブラウザ IE6-7-8 | デスクトップブラウザその他 | iPad | iPhone | アンドロイド | 情報 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ケクレプログラム | Kekule.js ラボ | MITライセンス | はい | はい | 未知 | 未知 | 未知 |
参照
注釈と参考文献
- ^ Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). 「化学データベースにおける構造修飾」. 創薬におけるケモインフォマティクス. 医薬化学における方法と原理. pp. 271–285. doi :10.1002/3527603743.ch11. ISBN 9783527307531。
- ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). 「RECAP-レトロ合成コンビナトリアル分析手順：コンビナトリアルケミストリーにおける有用な応用を持つ、特権分子フラグメントを同定するための強力な新技術」Journal of Chemical Information and Computer Sciences . 38 (3): 511– 522. doi :10.1021/ci970429i. PMID 9611787.
- ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). 「市販経口薬の特徴的な物理的性質と構造フラグメント」. Journal of Medicinal Chemistry . 47 (1): 224– 232. doi :10.1021/jm030267j. PMID 14695836.
外部リンク
- ウェブ上での分子構造入力
- 化学構造エディター：化学とケモインフォマティクスの架け橋
