KIAA1704
| GPALPP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | GPALPP1、KIAA1704、LSR7、bA245H20.2、AD029、1を含むGPALPPモチーフ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 1914717; HomoloGene : 10234; GeneCards : GPALPP1; OMA :GPALPP1 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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KIAA1704はLSR7（リポ多糖特異的応答タンパク質7）としても知られ、ヒトではGPALPP1（GPALPPモチーフ含有1）遺伝子によってコードされるタンパク質です。KIAA1704の機能はまだ十分に解明されていません。KIAA1704には、機能不明のドメインDUF3752が1つ含まれています。このタンパク質は、 N末端付近に保存された非荷電反復モチーフGPALPP(GF)と、全体にわたって異常な保存された混合電荷（正電荷と負電荷が容易に交互に変化する）を有しています。[5]核に局在すると予測されています。[6]
臨床的意義
KIAA1704はマントル細胞リンパ腫に関連して少なくとも5倍の発現低下を示す。[7]
2つ目の研究では、研究者らは13q13-14座位の連鎖不平衡マッピング研究を用いて、KIAA1704を含む1.5 Mbの連鎖ピークにおける自閉症の潜在的感受性を調査した。KIAA1704の4つのSNPについて単一マーカーPDTPhase解析を実施したが、いずれのSNPもKIAA1704と当該座位との関連において統計的に有意な差は認められなかった。[8]
発現研究により、ニコチン処理したU937細胞（マクロファージ様ヒト細胞株）においてKIAA1704の発現が著しく上昇することが判明した。[9]
プロパティ
| エクソン数[10] | mRNA配列長（bp）[10] | タンパク質配列長（アミノ酸）[10] | 分子量（kD）[6] | 等電点[6] | |
|---|---|---|---|---|---|
| 8 | 1431 | 340 | 38.1 | 5.0526 |
遺伝子
位置
KIAA1704は13番染色体のq14.12座に位置し、ゲノム配列は45,563,687bpから始まり、45,602,405bpで終わる。[10]
ジーン地区
KIAA1704 は、5 つの近くの遺伝子に囲まれたプラス鎖上に位置しています。
ポジティブな方向性
- ジェネラル転写因子IIF（GTF2F2）は、同じ方向でさらに下流に位置し、機能的にはRNAポリメラーゼIIに結合します。[11]
ネガティブな方向性
- 核脆弱X症候群精神遅滞タンパク質相互作用タンパク質1（NUFIp1）は、 FMRPに特異的な核内役割を持つRNA結合活性を示す。これは脆弱X症候群に関連するRNA結合タンパク質である。開始部位はKIAA1704の開始部位とアンチセンスである。[11]
- カリウムチャネルテトラマー化ドメイン4（KCTD4）はカリウムイオン輸送に関与することが提案されている。[11]
- 腫瘍タンパク質翻訳制御因子1（TPT1）はカルシウム結合と微小管安定化に関与している。[11]
- 小さな核小体RNAであるH/ACAボックス31（SNORA31）の機能は現時点では知られていない。[11]
表現
KIAA1704は、体組織全体にわたって低～中程度の発現パターンを示す（50％未満）[12]
プロモーター
GenoMatix ElDorado解析ツールを用いたところ、プロモーターはエクソン1に突出する727塩基対の長さであると予測された。このプロモーターには2つの転写開始部位が予測されており、隣の画像に示されている。[13]
KIAA1704プロモーターは、K562細胞（赤血球系細胞株）においてヒストン3リジン4トリメチル化の顕著なピークを示した。また、遺伝子隣接遺伝子であるNUFIP1およびTPT1とともに、赤血球系前駆細胞における相対的発現の増加も示した。[14]
追加の研究では、近位プロモーターは、生体内での転写因子Mycの数千の直接標的の1つであることがわかりました。 [15]
mRNA
スプライスバリアント
Ensemblによると、4つのコードスプライスバリアントが存在する。いずれの選択的スプライスバリアントにも、関連する実験的証拠はない。1つのスプライスバリアントはナンセンス変異を介した分解を受けるが、もう1つのスプライスバリアントは遺伝子を直接半分にスプライスし、アミノ酸171～340を保持すると予測されている。[16]
保全
NCBI BLAST検索により、哺乳類、爬虫類、鳥類、カエル、魚類に少なくとも65%の配列同一性を持つ既知のmRNA相同遺伝子が存在することが明らかになった。 [17]
タンパク質
一般的なプロパティ
構成
下の表に示すように、KIAA1704は、通常のヒトタンパク質と比較して荷電アミノ酸（D、K、KR、KRED）の割合が著しく高く、その相同タンパク質内で大部分が保存されています。[5]
| 構成分析 | アミノ酸（AA）含有量 ホモ・サピエンス | AA 豊富ハツカネズミ | AA 豊富さガルス・ガルス | AA 豊富さアフリカツメガエル |
|---|---|---|---|---|
| D++ | 42（12.4％） | 37（10.7％） | 35（10％） | 33（9.8％） |
| V-- | 6（1.8％） | 9（2.6％） | 9（2.6％） | ----- |
| K+ | 37（10.9％） | 37（10.7％） | ----- | ----- |
| L- | 17（5.0％） | 17（4.9％） | 19（5.4％） | ----- |
| KR+ | 62（18.2％） | 62（17.9％） | 60（17.1％） | 56（16.6％） |
| KRED++ | 134（39.4％） | 135（39.0％） | 135（38.6％） | 122（36.1％） |
| ED+ | 72（21.2％） | 73（21.1％） | 75（21.4％） | 66（19.5％） |
| LVIFM- | 54（15.9％） | 59（17.1％） | 58（16.6％） | 57（16.9％） |
保全
KIAA1704は、植物にもタンパク質相同遺伝子を有しており、以下の表に相同性の降順で示しています。 哺乳類は89%の相同性を持ち、最も高い保存レベルを示し、次いで鳥類、カエル、魚類、無脊椎動物、昆虫、植物と続きます。[17]
| 属と種 | 通称 | 受入番号 | 配列長（aa） | ヒトタンパク質との配列同一性（％）！ ！ヒトタンパク質との配列類似性（％） | 人類の分岐までの進化時間（百万年） | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ホモ・サピエンス | 人間 | NP_061029.2 | 340 | 100 | 100 | 0 |
| パン・トログロダイト | チンパンジー | XP_509661.2 | 340 | 99 | 100 | 6.4 |
| マカカ・ムラッタ | アカゲザル | XP_001094145 | 344 | 97 | 98 | 29.2 |
| アフリカトビネズミ | アフリカサバンナゾウ | XP_003412655 | 341 | 95 | 98 | 98.8 |
| イノシシ | イノシシ | XP_001924228 | 346 | 89 | 95 | 92.4 |
| ハツカネズミ | ねずみ | NP_080453.2 | 346 | 89 | 93 | 94.4 |
| ガルス・ガルス | チキン | NP_001006270 | 350 | 67 | 78 | 371.2 |
| テニオピギア・グッタタ | キンカチョウ | XP_002198724 | 342 | 70 | 81 | 400.1 |
| アフリカツメガエル | ニシツメガエル | NP_001072786 | 338 | 62 | 74 | 400.1 |
| アフリカツメガエル | アフリカツメガエル | NP_001089474 | 337 | 61 | 74 | 661.2 |
| ダニオ・レリオ | ゼブラフィッシュ | NP_001003473 | 405 | 49 | 61 | 782.7 |
| サッコグロスス・コワレフスキー | ドングリ虫 | XP_002738946 | 350 | 43 | 60 | 1369 |
| イエカ（Culex quinquefasciatus） | 南部イエ蚊 | XP_001847636.1 | 335 | 41 | 57 | 782.7 |
| アナナスショウジョウバエ | ミバエ | XP_001954135 | 348 | 34 | 50 | 1215.8 |
| グリシンマックス | 大豆 | XP_003556198 | 569 | 32 | 51 | 1369 |
| プッチニア・グラミニス | 茎さび病 | XP_003328471 | 346 | 29 | 46 | 1215.8 |
保存されたドメイン
保存 ドメインに関しては、これまでのところ、保存モチーフGPALPP(GF)に関する情報はあまりないようです。このモチーフは、この高電荷タンパク質における中性領域を表しています。
DUF3752は真核生物に多く見られ、長さは140～163アミノ酸である。pfam 12572に属し、スーパーファミリーcl13947に属する[18]。
| 保護地域 | ホモ・サピエンスの アミノ酸部位 | 電荷（酸性、塩基性、中性） |
|---|---|---|
| ポリセリン | 41～49 | 中性 |
| ポリアスパラギン酸 | 81-88 | 酸性 |
| GPALPP(GF) | 7～14; 32～37; 92～99; 112～119 | 中性 |
| IIGP | 110–113; 146-149 | 中性 |
| DUF3752 | 196-333 | 塩基性（pI =10.51） |
タンパク質統計解析（SAPS）ツールによって提供される情報。[5]
翻訳後の修正
KIAA1704は、ExPASyツール によって、糖化、O結合型糖鎖付加、セリンリン酸化、スレオニンリン酸化、およびいくつかのキナーゼ特異的リン酸化（PKC、PKA、およびCKII）を含むいくつかの保存された翻訳後修飾を受けると予測されている。[6]
二次構造
タンパク質のC末端側には、4つの保存されたαヘリックスが予測されている。N末端はコイル状領域が優勢であると予測される。[19]
細胞内局在
ExPASy PSORTは核に局在する確率を74%と予測する。[6]
参考文献
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