20番染色体

20番染色体
Gバンド染色後のヒト20番染色体ペア。1
つは母親由来、もう1つは父親由来。

ヒト男性の核型図における20番染色体対。
特徴
長さ（bp）66,210,255 bp
(CHM13)
遺伝子の数516（CCDS）[1]
タイプ常染色体
セントロメアの位置メタセントリック[2]
（28.1 Mbp [3]）
完全な遺伝子リスト
CCDS遺伝子リスト
HGNC遺伝子リスト
ユニプロット遺伝子リスト
NCBI遺伝子リスト
外部マップビューア
アンサンブル20番染色体
エントレズ20番染色体
NCBI20番染色体
UCSC20番染色体
完全なDNA配列
参照シーケンスNC_000020 (ファスタ)
ジェンバンクCM000682 (ファスタ)

20番染色体は、ヒトの23対の染色体のうちの1つです。20番染色体は約6,600万塩基対（ DNAの構成要素）に及び、細胞内の総DNA量の2～2.5%を占めています。20番染色体は2001年に完全に配列決定され、5,900万塩基対以上を含むと報告されました。[4] その後、配列解析の改良と修正により、20番染色体の長さは6,600万塩基対強に更新されました。[5]

遺伝子

遺伝子の数

以下は、ヒト20番染色体の遺伝子数の推定値の一部です。研究者によってゲノムアノテーションの手法が異なるため、各染色体上の遺伝子数の予測値は異なります（技術的な詳細については、遺伝子予測を参照してください）。様々なプロジェクトの中でも、共同コンセンサスコーディングシーケンスプロジェクト（CCDS）は非常に保守的な戦略を採用しています。そのため、CCDSによる遺伝子数予測は、ヒトのタンパク質コード遺伝子の総数の下限値を表しています。[6]

推定タンパク質コード遺伝子非コードRNA遺伝子偽遺伝子ソース発売日
CCDS516——[1]2016年9月8日
HGNC519191297[7]2017年5月12日
アンサンブル540594247[8]2017年3月29日
ユニプロット550——[9]2018年2月28日
NCBI555487333[10] [11] [12]2017年5月19日

遺伝子リスト

以下は、ヒトの 20 番染色体上の遺伝子の部分的なリストです。完全なリストについては、右側の情報ボックスのリンクを参照してください。

病気と障害

20番染色体上の遺伝子に関連する疾患には次のようなものがある：[13]

細胞遺伝学的バンド

ヒト染色体20のGバンド表意文字
解像度850bphsのヒト染色体20番のGバンド[18]
キリスト腕[19]バンド[20]ISCN
開始[21]		ISCN
停止[21]		ベースペア
開始		ベースペア
ストップ		ステイン[22]密度
20p13033315,100,000グネグ
20p12.33335135,100,0019,200,000gpos75
20p12.25136249,200,00112,000,000グネグ
20p12.162491512,000,00117,900,000gpos75
20p11.23915116417,900,00121,300,000グネグ
20p11.221164127521,300,00122,300,000gpos25
20p11.211275144122,300,00125,700,000グネグ
20p11.11441160825,700,00128,100,000アセン
20q11.11608177428,100,00130,400,000アセン
20q11.211774192730,400,00133,500,000グネグ
20q11.221927205133,500,00135,800,000gpos25
20q11.232051223235,800,00139,000,000グネグ
20q122232243939,000,00143,100,000gpos75
20q13.112439257843,100,00143,500,000グネグ
20q13.122578275843,500,00147,800,000gpos25
20q13.132758307747,800,00151,200,000グネグ
20q13.23077329951,200,00156,400,000gpos75
20q13.313299338256,400,00157,800,000グネグ
20q13.323382349357,800,00159,700,000gpos50
20q13.333493377059,700,00164,444,167グネグ

参考文献

  1. ^ ab 「検索結果 - 20[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("has ccds"[Properties] AND alive[prop]) - Gene」。NCBI。Homo sapiensのCCDSリリース20。2016年9月8日。 2017年5月28日閲覧。
  2. ^ トム・ストラチャン、アンドリュー・リード（2010年4月2日）『ヒト分子遺伝学』ガーランド・サイエンス、p.45、ISBN 978-1-136-84407-2。
  3. ^ ab ゲノム装飾ページ、NCBI。ホモ・サピエンスのイデオグラムデータ（850 bphs、アセンブリGRCh38.p3）。最終更新日2014年6月3日。2017年4月26日閲覧。
  4. ^ Deloukas P; et al. (2001). 「ヒト20 番染色体のDNA配列と比較解析」Nature 414 (6866): 865– 871. Bibcode :2001Natur.414..865D. doi : 10.1038/414865a . PMID  11780052.
  5. ^ 「ホモ・サピエンス染色体20、GRCh37.p13 一次アセンブリ」国立生物工学情報センター. 2013年10月17日閲覧。
  6. ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). 「ニワトリとブドウの間：ヒト遺伝子数の推定」Genome Biol . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077. PMID  20441615 . 
  7. ^ 「20番染色体の統計とダウンロード数」HUGO遺伝子命名委員会. 2017年5月12日. 2017年5月19日閲覧。
  8. ^ 「第20染色体：ホモ・サピエンス染色体概要」Ensembl Release 88. 2017年3月29日. 2017年5月19日閲覧。
  9. ^ 「ヒト染色体20：エントリー、遺伝子名、MIMへの相互参照」UniProt . 2018年2月28日. 2018年3月16日閲覧。
  10. ^ 「検索結果 - 20[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) - 遺伝子」. NCBI . 2017年5月19日. 2017年5月20日閲覧。
  11. ^ 「検索結果 - 20[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ( ("genetype miscrna"[Properties] OR "genetype ncrna"[Properties] OR "genetype rrna"[Properties] OR "genetype trna"[Properties] OR "genetype scrna"[Properties] OR "genetype snrna"[Properties] OR "genetype snorna"[Properties]) NOT "genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) - Gene」。NCBI 。 2017年5月19日。2017年5月20日閲覧。
  12. ^ 「検索結果 - 20[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype pseudo"[Properties] AND alive[prop]) - 遺伝子」. NCBI . 2017年5月19日. 2017年5月20日閲覧。
  13. ^ Gilbert F (1997). 「疾患遺伝子と染色体：ヒトゲノムの疾患マップ」Genet Test . 1 (3): 225– 229. doi :10.1089/gte.1997.1.225. PMID  10464650.
  14. ^ ゲノム装飾ページ、NCBI。ホモ・サピエンスのイデオグラムデータ（400 bphs、アセンブリGRCh38.p3）。最終更新日2014年3月4日。2017年4月26日閲覧。
  15. ^ NCBIゲノムデコレーションページ。ホモ・サピエンスのイデオグラムデータ（550 bphs、アセンブリGRCh38.p3）。最終更新日2015年8月11日。2017年4月26日閲覧。
  16. ^ 国際ヒト細胞遺伝学命名法常設委員会（2013年）. ISCN 2013: ヒト細胞遺伝学命名法のための国際システム（2013年）. Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7。
  17. ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). 「ヒト染色体画像のバンドレベル解像度の推定」2012年 第9回国際コンピュータサイエンス・ソフトウェアエンジニアリング会議 (JCSSE) . pp.  276– 282. doi :10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID  16666470。
  18. ^ NCBIゲノムデコレーションページ。ホモ・サピエンスのイデオグラムデータ（850 bphs、アセンブリGRCh38.p3）。最終更新日2014年6月3日。2017年4月26日閲覧。
  19. ^ 「 p」: 短い腕、「 q」: 長い腕。
  20. ^ 細胞遺伝学的バンドの命名法については、記事locus を参照してください。
  21. ^ ab これらの値（ISCN開始/終了）は、ISCN書籍『国際ヒト細胞遺伝学命名法』（2013年）のバンド/表意文字の長さに基づいています。任意の単位です。
  22. ^ gpos : G バンドで陽性に染色される領域。通常、 AT が豊富で遺伝子が乏しい。gneg : G バンドで陰性に染色される領域。通常、CGが豊富で遺伝子が豊富。acenセントロメア 。var : 可変領域。stalk :茎。
ウィキメディア・コモンズには、ヒト染色体20に関連するメディアがあります。
  • 国立衛生研究所。「20番染色体」。Genetics Home Reference。2004年8月3日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2017年5月6日閲覧。
  • 「20番染色体」。ヒトゲノムプロジェクト情報アーカイブ 1990–2003 。 2017年5月6日閲覧。
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