輸送業者分類データベース

トランスポーター分類データベースTCDB)は、イオンチャネルを含む膜輸送タンパク質の国際生化学分子生物学連合(IUBMB)承認の分類システムです[1] [2] [3]

分類

分類の上位レベルと、3D構造が既知のタンパク質の例:

1.チャネルと孔

1.A α型チャネル

1.B.βバレルポリンおよびその他の外膜タンパク質

1.C孔形成毒素(タンパク質およびペプチド)

1.D 非リボソーム合成チャネル

  • 1.D.1グラミシジンAチャネルファミリー
  • 1.D.2 チャネル形成シリンゴマイシンファミリー
  • 1.D.3 チャネル形成シリンゴペプチンファミリー
  • 1.D.4 トラーシンチャネル形成ファミリー
  • 1.D.5アラメチシンまたはペプタイボル抗生物質チャネル形成ファミリー
  • 1.D.6 複合型ポリ3-ヒドロキシ酪酸Ca 2+チャネル(cPHB-CC)ファミリー
  • 1.D.7 ベティコリン家
  • 1.D.8サポニンファミリー
  • 1.D.9 ポリグルタミンイオンチャネル(PG-IC)ファミリー
  • 1.D.10セラミド形成チャネルファミリー
  • 1.D.11サーファクチンファミリー
  • 1.D.12 ボーベリシン(ボーベリシン)ファミリー
  • 1.D.13 DNA送達両親媒性ペプチド抗生物質(DAPA)
  • 1.D.14 合成ロイシン/セリン両親媒性チャネル形成ペプチド(l/S-SCP)ファミリー
  • 1.D.15ダプトマイシン(ダプトマイシン)ファミリー
  • 1.D.16 合成両親媒性細孔形成ヘプタペプチド(SAPH)ファミリー
  • 1.D.17 組み合わせ設計によるポア形成βシートペプチドファミリー
  • 1.D.18 孔形成グアノシン-胆汁酸抱合体ファミリー
  • 1.D.19 Ca 2+チャネル形成薬、ジギトキシンファミリー
  • 1.D.20 細孔形成ポリエンマクロライド抗生物質/真菌剤(PMAA)ファミリー
  • 1.D.21 脂質ナノポア(LipNP)ファミリー
  • 1.D.22 プロトン輸送性カロテノイド色素、ゼアキサンチンファミリー
  • 1.D.23 フェニレンエチニレンポア形成抗菌剤(PEPA)ファミリー
  • 1.D.24 海綿動物ポリテオナミドB(pTB)ファミリー
  • 1.D.25 アリールアミンフォルダマー(AAF)ファミリー
  • 1.D.26 ジヒドロデヒドロジコニフェリルアルコール9'-O-β-D-グルコシド(DDDC9G)ファミリー
  • 1.D.27 チオ尿素イソスターズファミリー
  • 1.D.28 リポペプタイボルファミリー
  • 1.D.29 大環状オリゴコール酸ファミリー
  • 1.D.30 人工ヒドラジド付加ピラー[5]アレーンチャネル(HAPA-C)ファミリー
  • 1.D.31アンフォテリシンBファミリー
  • 1.D.32 孔形成ノビシジンファミリー
  • 1.D.33 チャネル形成ポリテオナミドBファミリー
  • 1.D.34 チャネル形成オリゴエステルボラ両親媒性化合物
  • 1.D.35 孔形成環状リポデプシペプチドファミリー
  • 1.D.36 オリゴボルネンイオンチャネルファミリー
  • 1.D.37 ハイビカスライドCファミリー
  • 1.D.38 環状ペプチドナノチューブ(cPepNT)ファミリー
  • 1.D.39 光制御アゾベンゼン系両親媒性分子イオンチャネル(AAM-IC)ファミリー
  • 1.D.40 タンパク質誘導脂質トロイダルポアファミリー
  • 1.D.41 スプロテトネート型イオノフォア(スピロヘキサノリド)ファミリー
  • 1.D.42 フェニルアラニントリペプチドピラー[5]アレーンチャネル(TPPA-C)ファミリー
  • 1.D.43 トリアゾール修飾グアノシンジヌクレオシドチャネル(TT-GDN-C)ファミリー
  • 1.D.44 酸化還元活性フェロセン(ICRF)ファミリーを有する合成イオンチャネル
  • 1.D.45 ソノポレーションおよびエレクトロポレーション膜孔(SEMP)ファミリー
  • 1.D.46 DNAナノポア(DnaNP)ファミリー
  • 1.D.47 孔形成性合成環状ペプチド(PSCP)ファミリー
  • 1.D.48 孔形成シリンゴマイシンEファミリー
  • 1.D.49 膜貫通カロテノイドラジカルチャネル(CRC)ファミリー
  • 1.D.50 両親媒性ビスカテコールアニオントランスポーター(AC-AT)ファミリー
  • 1.D.51 タンパク質ナノポア(ProNP)ファミリー
  • 1.D.52 芳香族オリゴアミドマクロサイクルナノポア(OmnNP)ファミリー
  • 1.D.53 アルファ、ガンマペプチドナノチューブ(a,gPepNT)ファミリー
  • 1.D.54 カリウム選択性ヘキシルベンゾウレイド-15-クラウン-5-エーテルイオンチャネル(HBEC)ファミリー
  • 1.D.55 ポルフィリンナノポア(PorNP)ファミリー
  • 1.D.56 α-アミノイソ酪酸(Aib)オリゴマーナノポア(AibNP)ファミリー
  • 1.D.57 脂質電気細孔(LEP)ファミリー
  • 1.D.58 陰イオン輸送プロディジオセン(プロディジオセン)ファミリー
  • 1.D.59 アニオン輸送ペレノシン(ペレノシン)ファミリー
  • 1.D.60 アルファ、ガンマ環状ペプチド(AGCP)ファミリー
  • 1.D.61 アニオンフォリック2,6-ビス(ベンゾイミダゾール-2-イル)ピリジン(ABBP)ファミリー
  • 1.D.62 ビス-トリアゾリルジグアノシン誘導体チャネル形成(TDG)ファミリー
  • 1.D.63 ペプチドベースナノポア(PepNP)ファミリー
  • 1.D.64 カーボンナノチューブ(CarNT)ファミリー
  • 1.D.65 孔形成アンフィジノール(アンフィジノール)ファミリー
  • 1.D.66 らせん状高分子ナノポア(HmmNP)ファミリー
  • 1.D.67 クラウンエーテル修飾ヘリカルペプチドイオンチャネル(CEHP)ファミリー
  • 1.D.68 細孔形成性プルロニックブロックポリマー(PPBP)ファミリー
  • 1.D.69 円錐形ナノポア(ConNP)ファミリー
  • 1.D.70 金属(Au/Ag/Pt/グラフェン)ナノポア(MetNP)ファミリー
  • 1.D.71 合成TP359ペプチド(TP359)ファミリー
  • 1.D.72 塩化物キャリアトリアジン系三脚型受容体(CCTTR)ファミリー
  • 1.D.73 メソポーラスシリカナノポア(SilNP)ファミリー
  • 1.D.74 刺激応答性合成剛性p-オクチフェニルステーブポア(SSROP)ファミリー

1.F小胞融合細孔

  • 1.F.1 シナプトソーム小胞融合孔(SVF-Pore)ファミリー
  • 1.F.2 八量体エクソシスト(エクソシスト)ファミリー
  • 1.G.1 ウイルスポア形成膜融合タンパク質1(VMFP1)ファミリー
  • 1.G.2 ウイルス性膜孔形成融合タンパク質2(VMFP2)ファミリー
  • 1.G.3 ウイルス性膜孔形成融合タンパク質3(VMFP3)ファミリー
  • 1.G.4 ウイルス性膜孔形成融合タンパク質4(VMFP4)ファミリー
  • 1.G.5 ウイルス性膜孔形成融合タンパク質5(VMFP5)ファミリー
  • 1.G.6 ヘパドナウイルスS融合タンパク質(HBV-Sタンパク質)ファミリー
  • 1.G.7 レオウイルスFAST融合タンパク質(R-FAST)ファミリー
  • 1.G.8 アレナウイルス融合タンパク質(AV-FP)ファミリー
  • 1.G.9 シンシチン(シンシチン)ファミリー
  • 1.G.10 単純ヘルペスウイルス膜融合複合体(HSV-MFC)ファミリー
  • 1.G.11 ポックスウイルス細胞侵入タンパク質複合体(PEP-C)ファミリー
  • 1.G.12 鳥類白血病ウイルスgp95融合タンパク質(ALV-gp95)ファミリー
  • 1.G.13 オルソレオウイルス融合関連小膜貫通型(FAST)ファミリー
  • 1.G.14 インフルエンザウイルスヘマグルチニン/融合孔形成タンパク質(インフルエンザ-H/FPP)ファミリー
  • 1.G.15 オートグラファ・カリフォルニカ核多角体病ウイルス主要エンベロープ糖タンパク質GP64(GP64)ファミリー
  • 1.G.16 ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)融合ペプチド(HIV-FP)ファミリー
  • 1.G.17 牛白血病ウイルスエンベロープ糖タンパク質(BLV-Env)ファミリー
  • 1.G.18 スパイク糖タンパク質前駆体(SARS-FP)ファミリーにおけるSARS-CoV融合ペプチド
  • 1.G.19 ロタウイルス孔形成膜融合複合体(ロタウイルスMFC)ファミリー
  • 1.G.20 ハンタウイルスGcエンベロープ融合糖タンパク質(Gc-EFG)ファミリー
  • 1.G.21 エプスタイン・バーウイルス(ヒトヘルペスウイルス4)Gp42(Gp42)ファミリー
  • 1.G.22 サイトメガロウイルス(ヒトヘルペスウイルス5型)糖タンパク質gO(gO)ファミリー

1.H 細胞間チャネル

  • 1.H.1クローディンタイトジャンクション(クローディン1)ファミリー
  • 1.H.2 無脊椎動物PMP22-Claudin(Claudin2)​​ファミリー

1.I 膜結合チャネル

2. 電気化学ポテンシャル駆動型トランスポーター

2.B 非リボソーム合成ポーター

  • 2.B.1 バリノマイシンキャリアファミリー
  • 2.B.2モネンシン
  • 2.B.3ニゲリシンファミリー
  • 2.B.4 マクロテトロライド系抗生物質(MA)ファミリー
  • 2.B.5 大環状ポリエーテル(MP)ファミリー
  • 2.B.6イオノマイシンファミリー
  • 2.B.7 膜貫通αヘリックスペプチドリン脂質転座(TMP-PLT)ファミリー
  • 2.B.8バフィロマイシンA1(バフィロマイシン)ファミリー
  • 2.B.9細胞透過性ペプチド(CPP)機能ファミリー
  • 2.B.10 合成CPP、トランスポータンファミリー
  • 2.B.11カルシマイシンまたはA23187キャリア型イオンフォアファミリー
  • 2.B.12サリノマイシンファミリー
  • 2.B.13 テトラピロール大環状アニオンアンチポーター(TPMC-AA)ファミリー
  • 2.B.14 ラサロシドAまたはX-537Aイオン交換膜(ラサロシド)ファミリー
  • 2.B.15 トリスチオ尿素三脚型塩化物キャリア(TTT-CC)ファミリー
  • 2.B.16 ハロゲン結合含有複合アニオンキャリア(HCAC)ファミリー
  • 2.B.17 イソフタラミン誘導体H + :Cl 共輸送体(IDC)ファミリー
  • 2.B.18 ピリジン-2,6-ジカルボキサミン誘導体(PDCA)H+:Cl 共輸送体ファミリー
  • 2.B.19 カリックス(4)ピロール誘導体(C4P)ファミリー
  • 2.B.20 プロディジオシン(プロディジオシン)塩化物/重炭酸塩交換分子ファミリー
  • 2.B.21 オルトフェニレンジアミンビス尿素誘導体アニオントランスポーター(oPDA-U)ファミリー
  • 2.B.22 イミダゾリウム官能基化アニオントランスポーター(IAT)ファミリー
  • 2.B.23 ホモ四量体膜貫通型Zn 2+ /Co 2+ :プロトン合成アンチポーター、ロッカー(ロッカー)ファミリー
  • 2.B.24 2,6-ビス(ベンズイミダゾール-2-イル)ピリジンアニオンキャリア(BBP-AC)ファミリー
  • 2.B.25 ペプチド媒介脂質フリップフロップ(PLFF)ファミリー
  • 2.B.26 ビス(イミダゾリル)官能基化ビス(クロロイル)共役基(BIBCC)ファミリー
  • 2.B.27 トリス尿素アニオントランスポーターファミリー
  • 2.B.29 アニオンフォリック海洋アルカロイドタンブジャミンファミリー

2.C イオン勾配駆動型エネルギー供給因子

  • 2.C.1 外膜受容体(OMR)を介した能動輸送のエネルギー供給に関与する補助タンパク質TonB-ExbB-ExbD/TolA-TolQ-TolR(TonB)ファミリー

3.A. PP結合加水分解駆動型輸送体

  • 3.A.1 BtuCD、モリブデン酸取り込みトランスポーター、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子などを含むABCトランスポーター
  • 3.A.2 H +またはNa +を転座するF型ATPaseV型ATPase、A型ATPaseスーパーファミリー
  • 3.A.3 P型ATPaseスーパーファミリー
  • 3.A.4ヒ素酸塩-アンチモン酸塩流出ファミリー
  • 3.A.5一般分泌経路(Sec)トランスロコン(プレタンパク質トランスロカーゼSecY)
  • 3.A.6 タイプIII(毒性関連)分泌経路(IIISP)ファミリー
  • 3.A.7 タイプIV(接合DNA-タンパク質転移またはVirB)分泌経路(IVSP)ファミリー
  • 3.A.8 ミトコンドリアタンパク質トランスロカーゼ(MPT)ファミリー
  • 3.A.9 葉緑体エンベロープタンパク質トランスロカーゼ(CEPTまたはTic-Toc)ファミリー
  • 3.A.10 H +、 Na +転座ピロホスファターゼファミリー
  • 3.A.11 細菌のコンピテンス関連DNAトランスポーター(DNA-T)ファミリー
  • 3.A.12 隔壁DNAトランスロケータ(S-DNA-T)ファミリー
  • 3.A.13 糸状ファージ輸出体(FPhE)ファミリー
  • 3.A.14 フィンブリリン/タンパク質輸出体(FPE)ファミリー
  • 3.A.15 外膜タンパク質分泌主終末枝(MTB)ファミリー
  • 3.A.16 小胞体レトロトランスロコン(ER-RT)ファミリー
  • 3.A.17 ファージT7インジェクティソーム(T7インジェクティソーム)ファミリー
  • 3.A.18 核mRNA輸出体(mRNA-E)ファミリー
  • 3.A.19 TMS認識/挿入複合体(TRC)ファミリー
  • 3.A.20 ペルオキシソームタンパク質輸入体(PPI)ファミリー
  • 3.A.21 C末端アンカー型膜タンパク質生合成/挿入複合体(TAMP-B)ファミリー
  • 3.A.22 転写共役TREX/TAP核mRNA輸出複合体(TREX)ファミリー
  • 3.A.23 VI型共生/毒性分泌経路(VISP)ファミリー
  • 3.A.24 VII型またはESX型タンパク質分泌システム(T7SS)ファミリー
  • 3.A.25 共生細菌特異的ERAD様機構(SELMA)ファミリー
  • 3.A.26 マラリア原虫の輸送タンパク質トランスロコン(PTEX)ファミリー

3.B 脱炭酸駆動型トランスポーター

  • 3.B.1 Na +輸送性カルボン酸脱炭酸酵素(NaT-DC)ファミリー

3.C メチル基転移駆動型トランスポーター

  • 3.C.1 Na +輸送メチルテトラヒドロメタノプテリン:コエンザイムMメチルトランスフェラーゼ(NaT-MMM)ファミリー

3.D. 酸化還元駆動型トランスポーター

これらには、コエンザイムQ-シトクロムc還元酵素シトクロムbc1)、シトクロムb6f複合体、ギ酸脱水素酵素、呼吸性硝酸還元酵素コハク酸-コエンザイムQ還元酵素(フマル酸還元酵素)、コハク酸脱水素酵素など、多くの膜貫通型シトクロムb様タンパク質が含まれます。電子伝達系を参照してください

  • 3.D.1 H +またはNa +を転座するNADH脱水素酵素(「複合体I」)ファミリー
  • 3.D.2 プロトン輸送トランスヒドロゲナーゼ(PTH)ファミリー
  • 3.D.3プロトン輸送キノール:シトクロムc還元酵素スーパーファミリー
  • 3.D.4プロトン輸送性シトクロム酸化酵素(COX)スーパーファミリー
  • 3.D.5 Na +転座型NADH:キノン脱水素酵素(Na-NDHまたはNQR)ファミリー
  • 3.D.6 推定イオン(H +または Na +)転座NADH:フェレドキシン酸化還元酵素(NFOまたはRNF)ファミリー
  • 3.D.7 H 2 :ヘテロジスルフィド酸化還元酵素(HHO)ファミリー
  • 3.D.8 Na +または H +ポンプホルミルメタノフラン脱水素酵素(FMF-DH)ファミリー
  • 3.D.9 H +転座F420H2デヒドロゲナーゼ(F420H2DH)ファミリー
  • 3.D.10 原核生物のコハク酸脱水素酵素(SDH)ファミリー

3.E. 光吸収駆動型トランスポーター

4. グループ転座分子

4.A リン酸基転移を駆動力とするグループ転座分子

4.B ニコチンアミドリボヌクレオシド取り込みトランスポーター

  • 4.B.1 ニコチンアミドリボヌクレオシド(NR)取り込み酵素(PnuC)ファミリー

4.C アシルCoAリガーゼ共役トランスポーター

  • 4.C.1 提案された脂肪酸トランスポーター(FAT)ファミリー
  • 4.C.2 カルニチンO-アシルトランスフェラーゼ(CrAT)ファミリー
  • 4.C.3 アシルCoAチオエステラーゼ(AcoT)ファミリー

4.D 多糖合成酵素/輸出酵素

  • 4.D.1 推定ベクトルグリコシル重合酵素(VGP)ファミリー
  • 4.D.2 グリコシルトランスフェラーゼ2(GT2)ファミリー
  • 4.D.3 グリカングルコシルトランスフェラーゼ(OpgH)ファミリー

4.E. 液胞ポリリン酸ポリメラーゼ触媒グループトランスロケーター

  • 4.E.1 液胞(アシドカルシソーム)ポリリン酸ポリメラーゼ(V-PPP)ファミリー

5. 輸送電子キャリア

5.A 膜貫通2電子移動キャリア

  • 5.A.1 ジスルフィド結合酸化還元酵素D(DsbD)ファミリー
  • 5.A.2 ジスルフィド結合酸化還元酵素B(DsbB)ファミリー
  • 5.A.3 原核生物のモリブドプテリン含有酸化還元酵素(PMO)ファミリー

5.B 膜貫通1電子伝達キャリア

  • 5.B.1 食細胞(gp91phoxNADPHオキシダーゼファミリー
  • 5.B.2 真核生物シトクロムb561(Cytb561)ファミリー
  • 5.B.3 ジオバクターナノワイヤ電子移動(G-NET)ファミリー
  • 5.B.4 植物光化学系I超複合体(PSI)ファミリー
  • 5.B.5 細胞外金属酸化還元酵素(EMOR)ファミリー
  • 5.B.6 膜貫通上皮抗原タンパク質3鉄還元酵素(STEAP)ファミリー
  • 5.B.7イェズ(イェズ)家
  • 5.B.8 外膜透過型電子伝達ポリン/シトクロム複合体(ET-PCC)ファミリー
  • 5.B.9 ポリン-シトクロムc(Cyc2)ファミリー

8. 輸送に関わる付随的要因

8.A 補助輸送タンパク質

8.B チャネルとキャリアを標的とするリボソーム合成タンパク質/ペプチド毒素

8.C チャネルとキャリアを標的とする非リボソーム合成毒素

9. 不完全な特徴を持つ輸送システム

9.A 生化学的メカニズムが不明な既知のトランスポーター

9.B 推定輸送タンパク質

9.C 機能的に特徴付けられた配列を欠くトランスポーター

参考文献

  1. ^ Saier, Milton H.; Reddy, Vamsee S.; Tamang, Dorjee G.; Västermark, Åke (2014年1月). 「トランスポーター分類データベース」. Nucleic Acids Research . 42 (D1): D251 – D258 . doi :10.1093/nar/gkt1097 . PMC  3964967. PMID  24225317
  2. ^ Saier, MH; Yen, MR; Noto, K.; Tamang, DG; Elkan, C. (2009年1月1日). 「トランスポーター分類データベース:最近の進歩」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース): D274 – D278 . doi :10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586. PMID  19022853 .  
  3. ^ Saier, MH; Tran, CV; Barabote, RD (2006年1月1日). 「TCDB:膜輸送タンパク質の解析と情報のためのトランスポーター分類データベース」. Nucleic Acids Research . 34 (90001): D181 – D186 . doi :10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385. PMID  16381841 .  
  • 輸送業者分類データベース
  • qmul.ac.ukのリスト
  • Saier MH, Tran CV, Barabote RD (2006年1月). 「TCDB:膜輸送タンパク質の解析と情報のためのトランスポーター分類データベース」. Nucleic Acids Res . 34 (データベース号): D181–6. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385.  PMID 16381841  .
  • Busch W, Saier MH (2002). 「トランスポーター分類(TC)システム、2002年」. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol . 37 (5): 287– 337. doi :10.1080/10409230290771528. PMID  12449427. S2CID  10558982.
  • 薬理学におけるヒトトランスポーターの分類
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